PDB-5bym: Crystal structure of the RNA-binding domain of yeast Puf5p bound ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bym

タイトル

Crystal structure of the RNA-binding domain of yeast Puf5p bound to SMX2 RNA

要素

RNA (5'-R(*UP*GP*UP*AP*CP*UP*AP*UP*A)-3')
Suppressor protein MPT5

キーワード

rna binding protein/rna / PUF RNA-binding domain / rna binding protein-rna complex

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular mRNA localization / regulation of G1 to G0 transition / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / post-transcriptional regulation of gene expression / negative regulation of translational initiation / protein-macromolecule adaptor activity / negative regulation of translation / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.708 Å

データ登録者

Qiu, C. / Hall, T.M.T.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: RNA regulatory networks diversified through curvature of the PUF protein scaffold.
著者: Wilinski, D. / Qiu, C. / Lapointe, C.P. / Nevil, M. / Campbell, Z.T. / Tanaka Hall, T.M. / Wickens, M.

履歴

登録	2015年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月30日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bym.cif.gz	171.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bym.ent.gz	135.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bym.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/5bym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/5bym	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5bz1C 5bz5C 5bzuC 5bzvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bzu-d 5bzv-d 5bz1-d 4k70-2 3k5q-d 5j2z-d 4op0-d 6noh-d 3zom-d 4bpl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Suppressor protein MPT5

C: RNA (5'-R(*UP*GP*UP*AP*CP*UP*AP*UP*A)-3')

48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.215, 100.792, 49.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Suppressor protein MPT5 / Protein HTR1 / Pumilio homology domain family member 5 分子量: 45310.414 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 201-600 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MPT5, HTR1, PUF5, YGL178W, BIC834 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39016
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(UPGPUPAPCPUPAPUPA)-3') 分子量: 2817.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#1: タンパク質

Suppressor protein MPT5 / Protein HTR1 / Pumilio homology domain family member 5

分子量: 45310.414 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 201-600 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MPT5, HTR1, PUF5, YGL178W, BIC834 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39016

#2: RNA鎖

RNA (5'-R(*UP*GP*UP*AP*CP*UP*AP*UP*A)-3')

分子量: 2817.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 15% PEG3350, 0.1M CTBP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 12843 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 38
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 73.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BYM

解像度: 2.708→42.676 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2853	1279	10 %
R_work	0.2413	-	-
obs	0.2461	12790	95.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.708→42.676 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2925	186	0	0	3111

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3179
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.712	4337
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.046	1209
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	531
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	508

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7078-2.8162	0.3897	113	0.322	1020	X-RAY DIFFRACTION	77
2.8162-2.9443	0.3793	129	0.3125	1123	X-RAY DIFFRACTION	86
2.9443-3.0995	0.3186	136	0.3228	1275	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0995-3.2936	0.3815	154	0.3006	1306	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2936-3.5478	0.3497	141	0.2707	1329	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5478-3.9046	0.2811	149	0.2416	1324	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9046-4.4691	0.2514	150	0.2192	1348	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4691-5.6285	0.2534	151	0.213	1365	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6285-42.6817	0.2445	156	0.2058	1421	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0158	3.6147	2.6588	6.4563	4.7584	3.5059	-0.209	0.3207	-0.8835	-0.251	-0.0145	-0.7779	-0.3164	0.2738	0.2898	0.673	-0.1562	0.0092	0.7914	-0.013	1.9615	46.6166	40.7519	-5.7518
2	1.9212	1.948	-0.8156	2.4818	-0.4712	0.5822	0.2761	-0.2629	1.2639	-0.017	-0.135	0.0088	-0.4492	0.2454	0.0126	0.3725	-0.1972	0.0788	0.2782	-0.1822	2.2387	36.7025	39.6905	-5.7958
3	1.7525	1.149	-1.1568	2.8855	-0.0015	1.017	0.0247	-0.181	0.5144	0.2335	0.2212	-0.2788	-0.0294	0.2338	-0.0645	0.324	-0.0568	-0.039	0.3775	-0.1003	1.5518	28.0094	33.256	-3.0164
4	4.2698	-0.5962	-2.1886	0.6315	0.3128	2.7218	-0.0312	-0.3015	-0.2552	0.0407	0.112	-0.2422	0.048	0.2527	-0.0803	0.4088	-0.0026	-0.1123	0.4044	-0.0134	1.079	11.9787	28.6745	6.5809
5	3.863	-0.1347	-2.7769	3.2859	2.2025	4.1697	0.0084	-0.5708	-0.4543	0.2241	-0.0026	0.3681	0.0653	0.1737	0.1872	0.3316	0.0021	0.0108	0.5246	0.1402	0.8307	-5.9112	30.3671	21.6688
6	5.229	-0.7357	-0.3805	2.4605	1.6914	3.8516	-0.123	-0.7554	-0.0567	0.2441	-0.0651	0.6238	-0.3112	-0.4068	0.1727	0.519	0.0455	0.102	0.7585	0.0145	0.7637	-15.8127	42.2052	31.0365
7	9.7846	1.6827	-6.7058	1.9994	-1.4343	6.0162	0.2078	-0.3981	-0.4638	-0.2275	0.4932	-1.1294	-0.3775	0.7358	-0.6555	0.8243	-0.1336	-0.0782	1.0706	-0.2699	1.1414	14.9855	41.175	21.741

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 202 through 221 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 222 through 258 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 259 through 293 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 294 through 404 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 405 through 449 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 450 through 599 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 9 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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