PDB-5bwz: Crystal structure of S39E HDAC8 in complex with Droxinostat

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bwz

タイトル

Crystal structure of S39E HDAC8 in complex with Droxinostat

要素

Histone deacetylase 8

キーワード

Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / arginase/deacetylase fold / hydrolase / histone deacetylase / enzyme inhibitor-complex / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

histone decrotonylase activity / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / regulation of telomere maintenance / mitotic sister chromatid cohesion / histone deacetylase activity / nuclear chromosome / Notch-HLH transcription pathway / histone deacetylase complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Decroos, C. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Phosphorylation of Histone Deacetylase 8: Structural and Mechanistic Analysis of the Phosphomimetic S39E Mutant.
著者: Welker Leng, K.R. / Castaneda, C.A. / Decroos, C. / Islam, B. / Haider, S.M. / Christianson, D.W. / Fierke, C.A.

履歴

登録	2015年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bwz.cif.gz	308.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bwz.ent.gz	249.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bwz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5bwz_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bwz_full_validation.pdf.gz	460 KB	表示
XML形式データ	5bwz_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	5bwz_validation.cif.gz	53.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/5bwz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/5bwz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ewfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ths-2 4qa3-1 4rn0-1 4qri-d 4rn2-2 3ezp-2 4qa3-2 7jvu-2 6hsk-2 5tht-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone deacetylase 8

B: Histone deacetylase 8

ヘテロ分子

87.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Histone deacetylase 8

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Histone deacetylase 8

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.379, 84.390, 94.639
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.37, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Histone deacetylase 8 / HD8 分子量: 43274.027 Da / 分子数: 2 / 変異: S39E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC8, HDACL1, CDA07 / プラスミド: pHD2-Xa-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BY41, histone deacetylase

-
非ポリマー , 5種, 773分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-XCH / Droxinostat / 4-(4-chloro-2-methylphenoxy)-N-hydroxybutanamide / 4-(4-クロロ-2-メチルフェノキシ)-N-ヒドロキシブタンアミド分子量: 243.687 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₄ClNO₃
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M BisTris (pH 6.5), 6% (w/v) PEG 8000, 4 mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月13日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→43 Å / Num. obs: 110604 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.59→1.65 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	DEV_1833	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EWF

3ewf

解像度: 1.59→42.98 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.16	5539	5.01 %
R_work	0.142	-	-
obs	0.143	110566	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→42.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5467	0	44	764	6275

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5860
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.25	8007
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.417	2126
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	882
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1032

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5909-1.6089	0.2083	184	0.1845	3187	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6089-1.6279	0.199	177	0.1704	3521	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6279-1.6477	0.1979	181	0.1623	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6477-1.6686	0.1896	209	0.157	3537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6686-1.6905	0.1669	178	0.1458	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6905-1.7137	0.1788	182	0.1452	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7137-1.7382	0.1688	177	0.1423	3507	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7382-1.7641	0.1811	174	0.1403	3519	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7641-1.7917	0.1669	170	0.1352	3557	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7917-1.8211	0.1711	189	0.1337	3425	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8211-1.8525	0.1612	177	0.1378	3541	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8525-1.8861	0.1732	153	0.1343	3530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8861-1.9224	0.1622	169	0.147	3532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9224-1.9617	0.1683	203	0.1455	3483	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9617-2.0043	0.1783	178	0.1417	3506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0043-2.0509	0.1696	209	0.1448	3499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0509-2.1022	0.1573	185	0.1386	3486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1022-2.1591	0.1631	186	0.1419	3519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1591-2.2226	0.1818	184	0.1419	3513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2226-2.2943	0.1789	185	0.1443	3478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2943-2.3763	0.1492	199	0.1411	3517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3763-2.4715	0.1722	179	0.1405	3524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4715-2.5839	0.1629	195	0.1443	3490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5839-2.7201	0.163	194	0.1441	3517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7201-2.8905	0.1773	206	0.1462	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8905-3.1137	0.1668	184	0.1451	3540	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1137-3.4269	0.1484	192	0.143	3520	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4269-3.9225	0.1236	159	0.1348	3552	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9225-4.9407	0.1379	192	0.1225	3570	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9407-42.9932	0.164	189	0.1594	3556	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4663	-0.4601	-0.1707	2.1656	-0.4998	2.7912	0.0388	0.2661	0.1805	-0.166	-0.0037	0.2138	-0.1228	-0.5825	-0.0143	0.1827	0.0099	-0.0337	0.2611	-0.004	0.2326	-31.9476	-8.3696	-24.5346
2	1.1144	0.1259	-0.6675	0.6967	0.2387	1.8076	-0.0241	0.0541	-0.0943	-0.0016	-0.0045	0.2213	0.0657	-0.34	0.0345	0.1457	-0.0022	-0.0192	0.2036	0.0061	0.2231	-32.3985	-8.6689	-18.0908
3	2.1783	-0.1224	-0.4109	0.7371	0.1442	2.0092	0.0374	-0.0416	0.1654	0.012	-0.0203	0.157	-0.2301	-0.281	-0.0329	0.1526	0.0149	-0.0004	0.2082	0.0102	0.1862	-30.0338	-2.45	-12.9999
4	1.5452	-0.049	0.0599	0.709	0.3205	0.9801	-0.013	-0.3234	-0.0969	0.1375	-0.0246	0.0608	0.0402	-0.0241	0.043	0.1553	0.0157	-0.0016	0.1709	0.0343	0.1478	-17.9751	-7.3259	-6.0253
5	1.2305	0.1172	0.0194	0.8235	0.208	1.28	-0.0192	-0.031	-0.1683	-0.0189	0.013	-0.1002	0.1044	0.1409	0.0051	0.1352	0.0228	0.0023	0.1125	0.0026	0.1616	-11.3215	-9.6283	-19.9124
6	3.735	1.1519	-2.8166	1.788	-1.0218	4.7261	0.0298	-0.4704	-0.2842	0.1561	-0.1232	-0.2608	0.0726	0.2836	0.0541	0.1959	0.0323	-0.0726	0.3583	0.0651	0.2661	0.0171	-8.38	-2.8971
7	3.4867	0.9697	0.0033	2.7829	-0.464	3.1307	0.0382	-0.1348	0.0271	0.1744	-0.0607	0.2822	-0.0543	-0.7412	0.0086	0.2315	0.0474	0.0437	0.3076	-0.0284	0.2347	-28.6421	29.864	-24.2812
8	0.9673	-0.1322	0.4385	0.9721	0.0985	1.9603	-0.0247	0.0565	0.088	-0.0059	0.0283	0.2361	-0.1618	-0.3992	0.0199	0.1637	0.03	0.022	0.2298	0.0247	0.2273	-27.9222	27.3708	-31.1387
9	1.696	-0.281	0.0922	1.084	0.1283	2.0743	-0.0078	0.055	-0.0953	-0.0418	0.0107	0.1937	0.0307	-0.3314	-0.0279	0.1596	0.0111	-0.0003	0.2493	0.0238	0.187	-24.2405	23.5874	-34.4022
10	1.3345	-0.1569	0.1229	1.2061	-0.4053	1.6133	-0.0085	0.2557	0.0173	-0.1185	-0.0323	-0.0863	-0.0059	0.0542	0.0128	0.1452	-0.0114	0.008	0.1824	0.0105	0.1445	-9.3168	23.4078	-39.498
11	1.0483	-0.232	0.0649	1.0938	-0.1741	1.7024	-0.0184	-0.0341	0.141	0.13	0.0196	-0.0968	-0.219	0.0958	0.0109	0.1462	-0.0229	-0.0141	0.1093	-0.0104	0.156	-8.5593	28.0061	-23.1862
12	1.0284	-0.3446	0.0105	1.2636	-0.0835	1.8827	-0.0935	-0.0012	0.0848	0.1488	0.035	-0.2317	0.1066	0.3506	-0.0015	0.141	-0.018	-0.0465	0.1696	-0.0271	0.2151	-1.6812	20.8586	-22.1204

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 14 THROUGH 36 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 37 THROUGH 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 85 THROUGH 156 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 157 THROUGH 212 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 213 THROUGH 358 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 359 THROUGH 378 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 14 THROUGH 36 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 37 THROUGH 84 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 85 THROUGH 156 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 157 THROUGH 225 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 226 THROUGH 336 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 337 THROUGH 377 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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