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- PDB-5bwn: Crystal Structure of SIRT3 with a H3K9 Peptide Containing a Myris... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bwn
タイトルCrystal Structure of SIRT3 with a H3K9 Peptide Containing a Myristoyl Lysine
要素
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
  • myristoyl H3K9 peptide
キーワードPEPTIDE/HYDROLASE / Hydrolase / PEPTIDE-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of catalase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / positive regulation of superoxide dismutase activity / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / peptidyl-lysine deacetylation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein deacetylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation ...positive regulation of catalase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / positive regulation of superoxide dismutase activity / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / peptidyl-lysine deacetylation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein deacetylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / NAD+ binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / nucleosomal DNA binding / aerobic respiration / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / euchromatin / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / structural constituent of chromatin / nucleosome / transferase activity / positive regulation of cell growth / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / protein heterodimerization activity / enzyme binding / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily ...SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.3C / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.942 Å
データ登録者Gai, W. / Liu, D.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of SIRT3 reveal that the alpha 2-alpha 3 loop and alpha 3-helix affect the interaction with long-chain acyl lysine.
著者: Gai, W. / Li, H. / Jiang, H. / Long, Y. / Liu, D.
履歴
登録2015年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: myristoyl H3K9 peptide
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7703
ポリマ－35,7052
非ポリマー651
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.102, 54.691, 117.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド myristoyl H3K9 peptide


分子量: 1302.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q6NXT2*PLUS
#2: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial / hSIRT3 / Regulatory protein SIR2 homolog 3 / SIR2-like protein 3


分子量: 34402.445 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 118-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT3, SIR2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NTG7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Ammonium tartrate dibasic (pH 7.0), 20% w/v PEG 3350, 0.01M Urea

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月21日 / 詳細: M
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 21698 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 11.98 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 97.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1-2155モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GLT

3glt


解像度: 1.942→41.279 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2745 1998 9.61 %RANDOM
Rwork0.2261 ---
obs0.2308 20783 96.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.942→41.279 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2226 0 1 111 2338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072282
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9553102
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9211849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007402
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9425-1.9910.34981440.28081347X-RAY DIFFRACTION98
1.991-2.04490.3231370.27431305X-RAY DIFFRACTION96
2.0449-2.1050.31181450.2481351X-RAY DIFFRACTION97
2.105-2.1730.31291390.23871314X-RAY DIFFRACTION97
2.173-2.25060.28631390.23251318X-RAY DIFFRACTION96
2.2506-2.34070.28521410.23561319X-RAY DIFFRACTION95
2.3407-2.44730.28081420.23091326X-RAY DIFFRACTION96
2.4473-2.57630.29091400.22861322X-RAY DIFFRACTION96
2.5763-2.73770.26161430.23291347X-RAY DIFFRACTION96
2.7377-2.9490.30021440.22361351X-RAY DIFFRACTION97
2.949-3.24560.27221450.2261370X-RAY DIFFRACTION98
3.2456-3.7150.27691480.21311377X-RAY DIFFRACTION97
3.715-4.67950.21781400.20291315X-RAY DIFFRACTION92
4.6795-41.28820.28231510.23061423X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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