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- PDB-5bw4: Crystal structure of the 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bw4
タイトルCrystal structure of the 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase W203A mutant with cosubstrate SAM from Catenulisporales acidiphilia
要素16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / ribosome / aminoglycoside resistance
機能・相同性: / 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / S-ADENOSYLMETHIONINE / rRNA methyltransferase
機能・相同性情報
生物種Catenulispora acidiphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Witek, M.A. / Conn, G.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI088025 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Functional dichotomy in the 16S rRNA (m1A1408) methyltransferase family and control of catalytic activity via a novel tryptophan mediated loop reorganization.
著者: Witek, M.A. / Conn, G.L.
履歴
登録2015年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase
B: 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8204
ポリマ－57,0232
非ポリマー7972
水1,00956
1
A: 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9102
ポリマ－28,5111
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9102
ポリマ－28,5111
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.718, 83.229, 93.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase


分子量: 28511.477 Da / 分子数: 2 / 変異: W203A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Catenulispora acidiphila (バクテリア)
株: DSM 44928 / NRRL B-24433 / NBRC 102108 / JCM 14897 / 遺伝子: Caci_9046 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7Q5P8
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.85 M Ammonium Sulfate, 0.08 M Tris, pH 8.5, 3.5% DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 30535 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.4-1496位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4X1O

4x1o


解像度: 2.1→29.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 9.686 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22957 1909 6.6 %RANDOM
Rwork0.18314 ---
obs0.18618 27026 94.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.088 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3210 0 54 56 3320
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193330
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0092.0014563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91537635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8085426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.70322.931116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.4915528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9111530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02663
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0312.9551719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0312.9551719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3654.3862140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3644.392141
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.493.671611
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4893.6711612
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0165.2712424
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.08124.8823606
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.08824.8293596
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.158 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 119 -
Rwork0.24 1683 -
obs--79.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8108-0.7042.13281.01-0.71453.7797-0.06730.2752-0.1126-0.0747-0.0537-0.04640.15030.1910.12090.0777-0.00680.04070.045-0.00770.0334-5.564-18.6673.404
22.80650.7333-1.24092.1934-1.73223.8757-0.0773-0.5153-0.0850.2057-0.1227-0.1174-0.10330.10260.20.08030.05980.00490.15810.02940.0177-13.415-19.1943.531
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 227
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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