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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ds2 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF SGPB:OMTKY3-COO-LEU18I | ||||||
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / serine proteinase / protein inhibitor / ovomucoid / canonical inhibitor / ester bond / SGPB / OMTKY3 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() streptogrisin B / molecular function inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Bateman, K.S. / Huang, K. / Anderson, S. / Lu, W. / Qasim, M.A. / Laskowski Jr., M. / James, M.N.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Contribution of peptide bonds to inhibitor-protease binding: crystal structures of the turkey ovomucoid third domain backbone variants OMTKY3-Pro18I and OMTKY3-psi[COO]-Leu18I in ...タイトル: Contribution of peptide bonds to inhibitor-protease binding: crystal structures of the turkey ovomucoid third domain backbone variants OMTKY3-Pro18I and OMTKY3-psi[COO]-Leu18I in complex with Streptomyces griseus proteinase B (SGPB) and the structure of the free inhibitor, OMTKY-3-psi[CH2NH2+]-Asp19I 著者: Bateman, K.S. / Huang, K. / Anderson, S. / Lu, W. / Qasim, M.A. / Laskowski Jr., M. / James, M.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 417.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 419 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18665.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P00777, streptogrisin B |
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#2: タンパク質 | 分子量: 5586.273 Da / 分子数: 1 / Fragment: THIRD DOMAIN (OMTKY3) / Mutation: ESTER BOND BETWEEN THR17I-LEU18I(1LU) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: THE PEPTIDE LINKAGE BETWEEN THR17I AND LEU18I(1LU) HAS BEEN REPLACED BY AN ESTER BOND. 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.53 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: PEG 4000, sodium potassium phosphate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: used seeding / PH range low: 7.1 / PH range high: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5417 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 61078 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.86 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.288 / % possible all: 47.1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 18894 / Num. measured all: 61078 / Rmerge(I) obs: 0.12 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.71 Å / % possible obs: 47.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor all: 0.183 | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.012 |