PDB-5bvq: Ligand-unbound pFABP4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bvq

タイトル

Ligand-unbound pFABP4

要素

fatty acid-binding protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN /

Fatty acid-binding protein /

beta-barrel protein (Βバレル) / Gentoo penguin (Pygoscelis papua)

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to linoleic acid /

stearic acid binding /

linoleic acid binding /

oleic acid binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid transport /

細胞核 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Pygoscelis papua (ジェンツーペンギン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Lee, J.H. / Lee, C.W. / Do, H.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the ligand-binding specificity of fatty acid-binding proteins (pFABP4 and pFABP5) in gentoo penguin
著者: Lee, C.W. / Kim, J.E. / Do, H. / Kim, R.O. / Lee, S.G. / Park, H.H. / Chang, J.H. / Yim, J.H. / Park, H. / Kim, I.C. / Lee, J.H.

履歴

登録	2015年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月16日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bvq.cif.gz	66.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bvq.ent.gz	49.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bvq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/5bvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/5bvq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5bvsC 5bvtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bvs-2 1g5w-d 4bvm-d 4d6a-d 6mov-d 6xvy-2 5woz-d 4ych-d 6qrn-d 6s2s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: fatty acid-binding protein

B: fatty acid-binding protein

29.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: fatty acid-binding protein

登録者が定義した集合体
15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: fatty acid-binding protein

登録者が定義した集合体
15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.001, 61.001, 143.994
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	fatty acid-binding protein / 分子量: 14962.997 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pygoscelis papua (ジェンツーペンギン) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K0MJN3*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris (pH 8.3), 27% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 17556 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 21.9 % / Net I/σ(I): 87.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データスケーリング

精密化

解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 7.578 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29624	852	4.9 %	RANDOM
R_work	0.24004	-	-	-
obs	0.24291	16639	99.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.412 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2092	0	0	108	2200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.02	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2046
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.984	1.946	2850
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.875	3	4714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.699	5	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.59	25.306	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.54	15	410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.377	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	330
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	466
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.763	3.886	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.721	3.882	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.29	5.814	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.297	5.817	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.323	4.334	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.319	4.332	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.706	6.289	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.977	31.291	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.965	31.145	2367
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.102→2.156 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.454	64	-
R_work	0.291	1233	-
obs	-	-	100 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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