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万見
- PDB-5bvs: Linoleate-bound pFABP4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bvs
タイトルLinoleate-bound pFABP4
要素Fatty acid-binding protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Fatty acid-binding protein / beta-barrel protein / Gentoo penguin (Pygoscelis papua)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to linoleic acid / stearic acid binding / linoleic acid binding / oleic acid binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid transport / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LINOLEIC ACID / Fatty acid-binding protein, adipocyte
類似検索 - 構成要素
生物種Pygoscelis papua (ジェンツーペンギン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lee, J.H. / Lee, C.W. / Do, H.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the ligand-binding specificity of fatty acid-binding proteins (pFABP4 and pFABP5) in gentoo penguin
著者: Lee, C.W. / Kim, J.E. / Do, H. / Kim, R.O. / Lee, S.G. / Park, H.H. / Chang, J.H. / Yim, J.H. / Park, H. / Kim, I.C. / Lee, J.H.
履歴
登録2015年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein
B: Fatty acid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4874
ポリマ－29,9262
非ポリマー5612
水1,51384
1
A: Fatty acid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2432
ポリマ－14,9631
非ポリマー2801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area7320 Å2
手法PISA
2
B: Fatty acid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2432
ポリマ－14,9631
非ポリマー2801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area7350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.487, 60.487, 139.569
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein


分子量: 14962.997 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pygoscelis papua (ジェンツーペンギン)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K0MJN3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EIC / LINOLEIC ACID / 9,12-LINOLEIC ACID / リノ-ル酸


分子量: 280.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M CHES (pH 9.5), 30% (w/v) PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 28819 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.5 % / Net I/σ(I): 55.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
Cootモデル構築
HKL-2000data processing
精密化解像度: 2.2→29.56 Å / SU B: 4.855 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22606 749 5.1 %RANDOM
Rwork0.18689 ---
obs0.18885 13808 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.627 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2092 0 40 84 2216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.022156
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5251.962888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03634862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9615262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.43225.30698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.45715410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2721512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02474
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9753.611054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.9673.6081053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2365.3761314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.245.3771315
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8344.3381102
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.8314.3391103
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.7296.1521575
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.41229.142316
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.42529.0662304
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 59 -
Rwork0.212 992 -
obs--98.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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