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- PDB-2lfo: NMR structure of cl-BABP/SS complexed with glycochenodeoxycholic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lfo
タイトルNMR structure of cl-BABP/SS complexed with glycochenodeoxycholic and glycocholic acids
要素Fatty acid-binding protein, liver
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / heterotypic complex / bile acid binding protein / liver / bile acids / disulphide bridge
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCOCHOLIC ACID / Fatty acid-binding protein, liver
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Tomaselli, S. / Cogliati, C. / Pagano, K. / Zetta, L. / Zanzoni, S. / Assfalg, M. / Molinari, H. / Ragona, L.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2012
タイトル: A disulfide bridge allows for site-selective binding in liver bile acid binding protein thereby stabilising the orientation of key amino acid side chains.
著者: Tomaselli, S. / Assfalg, M. / Pagano, K. / Cogliati, C. / Zanzoni, S. / Molinari, H. / Ragona, L.
履歴
登録2011年7月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0173
ポリマ－14,1021
非ポリマー9152
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50best HADDOCK score
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, liver / Fatty acid-binding protein 1 / Liver basic FABP / LB-FABP / Liver bile acid-binding protein / L- ...Fatty acid-binding protein 1 / Liver basic FABP / LB-FABP / Liver bile acid-binding protein / L-BABP / Liver-type fatty acid-binding protein / L-FABP


分子量: 14102.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: FABP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80226
#2: 化合物 ChemComp-GCH / GLYCOCHOLIC ACID / N-CHOLYLGLYCINE / グリココ-ル酸


分子量: 465.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H43NO6
#3: 化合物 ChemComp-CHO / GLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID / グリコケノデオキシコ-ル酸


分子量: 449.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H43NO5 / コメント: 可溶化剤*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The first 10 (1-10) structures of the deposited bundle correspond to cluster 2( see paper) and the second ten structures (11-20) belong to cluster 1 (see paper)
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D HNCO
1523D (H)CCH-TOCSY
1633D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY aliphatic
1813D 1H-13C NOESY aromatic
1923D F1-[13C]-filtered, F2-[13C]-separated, F3-[15N,13C]-edited NOESY-HSQC
1102F1/F2-[15N,13C]-filtered NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 0.5 mM Glycochenodeoxycholic acid, 0.75 mM glycocholic acid, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 0.5 mM Glycochenodeoxycholic acid, 0.75 mM glycocholic acid, 100% D2O100% D2O
30.5 mM [U-99% 15N] protein, 0.5 mM Glycochenodeoxycholic acid, 0.75 mM Glycocholic acid, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMprotein_1-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.5 mMGlycochenodeoxycholic acid-21
0.75 mMglycocholic acid-31
0.5 mMprotein_1-4[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.5 mMGlycochenodeoxycholic acid-52
0.75 mMglycocholic acid-62
0.5 mMprotein_1-7[U-99% 15N]3
0.5 mMGlycochenodeoxycholic acid-83
0.75 mMGlycocholic acid-93
試料状態イオン強度: 30 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker DMXBrukerDMX5002
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.26Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
HADDOCK2.1Alexandre Bonvin精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: REFINEMENT IN EXPLICIT SOLVENT
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: best HADDOCK score / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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