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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bv3 | ||||||
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タイトル | Yeast Scavenger Decapping Enzyme in complex with m7GDP | ||||||
![]() | m7GpppX diphosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / scavenger decapping enzyme / cap structure / decapping enzyme / substrate inhibition / protein dynamics | ||||||
機能・相同性 | ![]() exoribonuclease activator activity / m7G(5')pppN diphosphatase complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-independent decay / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / RNA 7-methylguanosine cap binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay ...exoribonuclease activator activity / m7G(5')pppN diphosphatase complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-independent decay / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / RNA 7-methylguanosine cap binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / response to osmotic stress / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cellular response to starvation / response to nutrient / P-body / response to heat / response to oxidative stress / protein heterodimerization activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Neu, A. / Neu, U. / Sprangers, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An excess of catalytically required motions inhibits the scavenger decapping enzyme. 著者: Neu, A. / Neu, U. / Fuchs, A.L. / Schlager, B. / Sprangers, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 533.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 441.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1xmmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40210.883 Da / 分子数: 4 / 断片: Dcs1p, UNP residues 8-350 / 変異: H268N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DCS1, YLR270W / プラスミド: pETM-1060 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q06151, 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM Hepes, 100 mM NaCl, 1.6 M AmSO4 / PH範囲: 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年11月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 83079 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.31 % / Biso Wilson estimate: 50.217 Å2 / Rmerge F obs: 0.183 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 12.57 / Num. measured all: 361983 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1XMM 解像度: 2.25→19.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.2305 / WRfactor Rwork: 0.1963 / FOM work R set: 0.7532 / SU B: 18.374 / SU ML: 0.212 / SU R Cruickshank DPI: 0.2745 / SU Rfree: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 147.13 Å2 / Biso mean: 54.795 Å2 / Biso min: 25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.25→19.89 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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