PDB-5bv3: Yeast Scavenger Decapping Enzyme in complex with m7GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bv3

タイトル

Yeast Scavenger Decapping Enzyme in complex with m7GDP

要素

m7GpppX diphosphatase

キーワード

HYDROLASE / scavenger decapping enzyme / cap structure / decapping enzyme / substrate inhibition / protein dynamics

機能・相同性

機能・相同性情報

exoribonuclease activator activity / m7G(5')pppN diphosphatase complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-independent decay / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / RNA 7-methylguanosine cap binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Neu, A. / Neu, U. / Sprangers, R.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: An excess of catalytically required motions inhibits the scavenger decapping enzyme.
著者: Neu, A. / Neu, U. / Fuchs, A.L. / Schlager, B. / Sprangers, R.

履歴

登録	2015年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月19日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月26日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.0	2024年11月6日	Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bv3.cif.gz	534.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bv3.ent.gz	441.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bv3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5bv3_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bv3_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5bv3_validation.xml.gz	53.2 KB	表示
CIF形式データ	5bv3_validation.cif.gz	69 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/5bv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/5bv3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1xmmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6trq-2 6trq-1 1uvn-1 4ko4-1 3usc-1 4iud-d 4a8f-2 3uqy-1 1h2r-d 4urh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (8) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (8) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: m7GpppX diphosphatase

B: m7GpppX diphosphatase

C: m7GpppX diphosphatase

D: m7GpppX diphosphatase

ヘテロ分子

163 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: m7GpppX diphosphatase

B: m7GpppX diphosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: m7GpppX diphosphatase

D: m7GpppX diphosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.990, 104.520, 189.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	LYS	LYS	A	A	7 - 344	2 - 339
2	1	MET	MET	LYS	LYS	B	B	7 - 344	2 - 339
1	2	MET	MET	ILE	ILE	A	A	7 - 345	2 - 340
2	2	MET	MET	ILE	ILE	C	C	7 - 345	2 - 340
1	3	MET	MET	ILE	ILE	A	A	7 - 342	2 - 337
2	3	MET	MET	ILE	ILE	D	D	7 - 342	2 - 337
1	4	GLY	GLY	LYS	LYS	B	B	6 - 344	1 - 339
2	4	GLY	GLY	LYS	LYS	C	C	6 - 344	1 - 339
1	5	GLY	GLY	ILE	ILE	B	B	6 - 342	1 - 337
2	5	GLY	GLY	ILE	ILE	D	D	6 - 342	1 - 337
1	6	GLY	GLY	ILE	ILE	C	C	6 - 342	1 - 337
2	6	GLY	GLY	ILE	ILE	D	D	6 - 342	1 - 337

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.367595, -0.929849, 0.015945), (-0.929871, -0.367765, -0.009434), (0.014636, -0.011359, -0.999828)	13.37316, 21.33419, 116.020493
3	given	(1), (1), (1)
4	given	(0.36545, -0.930654, 0.018135), (-0.930711, -0.365646, -0.008928), (0.014939, -0.013616, -0.999796)	13.27253, 21.307501, 116.029846

#1: タンパク質	m7GpppX diphosphatase / DCS-1 / Hint-related 7meGMP-directed hydrolase 1 / Protein Dcs1p / Scavenger mRNA-decapping enzyme DcpS 分子量: 40210.883 Da / 分子数: 4 / 断片: Dcs1p, UNP residues 8-350 / 変異: H268N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: DCS1, YLR270W / プラスミド: pETM-1060 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q06151, 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-M7G / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 458.235 Da / 分子数: 2 / 断片: 7-methylguanosine diphosphate / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₁P₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM Hepes, 100 mM NaCl, 1.6 M AmSO4 / PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年11月27日

放射

モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 83079 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.31 % / B_iso Wilson estimate: 50.217 Å² / R_merge F obs: 0.183 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_rim(I) all: 0.089 / Χ²: 0.991 / Net I/σ(I): 12.57 / Num. measured all: 361983

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.25-2.31		1.177	0.716	2.32	20444	6132	6099	0.851	99.5
2.31-2.37		1	0.582	2.72	19918	5961	5933	0.693	99.5
2.37-2.44		0.894	0.617	3.12	23639	5828	5806	0.704	99.6
2.44-2.52		0.727	0.543	3.79	25789	5631	5622	0.609	99.8
2.52-2.6		0.597	0.45	4.46	25100	5465	5447	0.504	99.7
2.6-2.69		0.499	0.366	5.17	24446	5327	5319	0.411	99.8
2.69-2.79		0.377	0.279	6.43	23401	5105	5095	0.312	99.8
2.79-2.9		0.282	0.213	7.93	22761	4956	4948	0.239	99.8
2.9-3.03		0.217	0.164	9.6	21627	4745	4732	0.184	99.7
3.03-3.18		0.158	0.121	11.97	20808	4525	4511	0.136	99.7
3.18-3.35		0.109	0.094	14.73	19662	4312	4300	0.105	99.7
3.35-3.56		0.075	0.074	18.04	18699	4113	4086	0.082	99.3
3.56-3.8		0.053	0.057	22.06	17431	3864	3840	0.063	99.4
3.8-4.11		0.04	0.048	25.78	16379	3619	3587	0.054	99.1
4.11-4.5		0.031	0.041	29.6	14892	3318	3278	0.046	98.8
4.5-5.03		0.026	0.038	31.77	13555	3033	2990	0.042	98.6
5.03-5.81		0.027	0.039	30.37	12007	2707	2659	0.044	98.2
5.81-7.12		0.027	0.038	31.22	10097	2280	2225	0.043	97.6
7.12-10.06		0.021	0.033	35.87	7760	1820	1753	0.038	96.3
	10.06	0.018	0.031	37.6	3568	1069	849	0.035	79.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XMM

1xmm

解像度: 2.25→19.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / WR_factor R_free: 0.2305 / WR_factor R_work: 0.1963 / FOM work R set: 0.7532 / SU B: 18.374 / SU ML: 0.212 / SU R Cruickshank DPI: 0.2745 / SU R_free: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2481	4133	5 %	RANDOM
R_work	0.2215	-	-	-
obs	0.2228	78749	98.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.13 Å² / B_iso mean: 54.795 Å² / B_iso min: 25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.37 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.63 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→19.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10329	0	97	146	10572
B_iso mean	-	-	48.38	43.39	-
残基数	-	-	-	-	1289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	10681
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	9954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.354	1.955	14534
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.214	2.998	22817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.934	5	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.862	24.721	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.843	15	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.417	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	11962
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.134	5.752	5151
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.134	5.752	5150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.207	7.235	6416

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	16592	0.14
1	2	B	16592	0.14
2	1	A	19258	0.05
2	2	C	19258	0.05
3	1	A	16094	0.14
3	2	D	16094	0.14
4	1	B	16413	0.14
4	2	C	16413	0.14
5	1	B	17925	0.05
5	2	D	17925	0.05
6	1	C	16062	0.14
6	2	D	16062	0.14

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.411	301	-
R_work	0.391	5709	-
all	-	6010	-
obs	-	-	99.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2749	-0.0181	-0.0284	0.6462	0.4047	2.5384	0.0578	0.3989	-0.099	-0.2761	-0.0845	0.0302	0.4531	-0.2662	0.0267	0.6732	-0.0405	-0.0265	0.0618	-0.011	0.0148	31.5816	-12.9992	32.9962
2	1.2692	0.186	0.7402	1.6183	0.4896	3.7067	-0.0893	0.1309	0.0451	-0.2287	0.0776	-0.2223	-0.2684	0.3826	0.0117	0.5277	-0.0287	0.0533	0.0722	0.0062	0.0378	41.8501	11.0072	31.9202
3	4.5287	-0.0773	-0.9126	1.3459	-0.0189	2.3129	0.0501	0.0382	-0.3279	-0.1034	-0.0695	0.1329	0.3927	-0.6338	0.0194	0.6512	-0.1165	-0.0632	0.1891	0.0037	0.0397	21.7206	-13.0966	35.5816
4	0.8672	-0.1483	0.6887	1.5851	-0.0189	4.0975	0.0065	-0.0834	0.0211	-0.0134	0.0219	0.2093	-0.258	-0.6248	-0.0284	0.4686	0.0572	0.0041	0.1649	0.0064	0.0306	23.7246	19.1744	44.487
5	0.4032	-0.6472	-0.1422	3.8143	0.3301	2.3137	-0.1337	-0.1357	0.044	0.4846	0.1735	-0.1249	0.2113	0.1858	-0.0399	0.4589	0.0365	-0.0431	0.2283	-0.0694	0.0248	36.7362	-3.0797	84.1437
6	1.5235	-0.1916	-0.241	2.0286	0.9268	4.1775	-0.1371	0.0773	-0.1925	0.2058	-0.0425	0.1302	1.0372	-0.4256	0.1796	0.7436	-0.1251	0.0899	0.2251	-0.0161	0.0359	18.7944	-21.4554	84.7145
7	0.8625	-1.0367	-0.1261	4.286	-0.7516	2.8381	-0.0266	0.0764	0.1997	0.0963	0.0777	-0.4004	-0.2368	0.2236	-0.0511	0.3948	-0.0144	-0.0231	0.2067	-0.0547	0.0769	34.2021	6.0599	80.9844
8	0.9104	-0.1373	-0.164	0.7932	0.8209	4.377	-0.0967	0.1216	0.15	-0.0643	-0.0615	0.2416	-0.0374	-0.9864	0.1582	0.5222	-0.1308	-0.0129	0.6256	-0.0591	0.1443	5.1766	-8.1782	71.7206

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 126
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	127 - 345
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	7 - 129
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	130 - 344
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	7 - 126
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	127 - 346
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	6 - 127
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	128 - 342

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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