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- PDB-6trq: S.c. Scavenger Decapping Enzyme DcpS in complex with the capped R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6trq
タイトルS.c. Scavenger Decapping Enzyme DcpS in complex with the capped RNA dinucleotide m7G-GU
要素m7GpppX diphosphatase
キーワードHYDROLASE / mRNA decapping / mRNA degradation / decapping
機能・相同性
機能・相同性情報


exoribonuclease activator activity / m7G(5')pppN diphosphatase complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-independent decay / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / RNA 7-methylguanosine cap binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay ...exoribonuclease activator activity / m7G(5')pppN diphosphatase complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-independent decay / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / RNA 7-methylguanosine cap binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / response to osmotic stress / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / response to nutrient / cellular response to starvation / P-body / response to heat / response to oxidative stress / protein heterodimerization activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Scavenger mRNA decapping enzyme DcpS/DCS2 / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
L-GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / PHOSPHONATE / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / m7GpppX diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.944 Å
データ登録者Fuchs, A.-L. / Neu, A. / Sprangers, R.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council616052 ドイツ
German Research FoundationSFB 960/2, B12 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Molecular basis of the selective processing of short mRNA substrates by the DcpS mRNA decapping enzyme.
著者: Fuchs, A.L. / Wurm, J.P. / Neu, A. / Sprangers, R.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.02024年3月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: m7GpppX diphosphatase
B: m7GpppX diphosphatase
C: m7GpppX diphosphatase
D: m7GpppX diphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,48714
ポリマ－160,8444
非ポリマー2,64310
水362
1
A: m7GpppX diphosphatase
B: m7GpppX diphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6476
ポリマ－80,4222
非ポリマー1,2264
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12790 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area27580 Å2
手法PISA
2
C: m7GpppX diphosphatase
D: m7GpppX diphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8408
ポリマ－80,4222
非ポリマー1,4186
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12820 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area27610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.761, 104.103, 189.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 7 through 54 or resid 67...
21(chain B and (resid 7 through 54 or resid 67...
31(chain C and (resid 7 through 54 or resid 67...
41(chain D and (resid 7 through 182 or (resid 185...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETGLUGLU(chain A and (resid 7 through 54 or resid 67...AA7 - 542 - 49
12PROPROCYSCYS(chain A and (resid 7 through 54 or resid 67...AA67 - 15462 - 149
13LYSLYSMETMET(chain A and (resid 7 through 54 or resid 67...AA160 - 195155 - 190
14ASNASNLYSLYS(chain A and (resid 7 through 54 or resid 67...AA201 - 344196 - 339
21METMETGLUGLU(chain B and (resid 7 through 54 or resid 67...BB7 - 542 - 49
22PROPROGLUGLU(chain B and (resid 7 through 54 or resid 67...BB67 - 18262 - 177
23GLYGLYLYSLYS(chain B and (resid 7 through 54 or resid 67...BB6 - 3441 - 339
24GLYGLYLYSLYS(chain B and (resid 7 through 54 or resid 67...BB6 - 3441 - 339
25GLYGLYLYSLYS(chain B and (resid 7 through 54 or resid 67...BB6 - 3441 - 339
26GLYGLYLYSLYS(chain B and (resid 7 through 54 or resid 67...BB6 - 3441 - 339
27GLYGLYLYSLYS(chain B and (resid 7 through 54 or resid 67...BB6 - 3441 - 339
28GLYGLYLYSLYS(chain B and (resid 7 through 54 or resid 67...BB6 - 3441 - 339
29GLYGLYLYSLYS(chain B and (resid 7 through 54 or resid 67...BB6 - 3441 - 339
31METMETGLUGLU(chain C and (resid 7 through 54 or resid 67...CC7 - 542 - 49
32PROPROCYSCYS(chain C and (resid 7 through 54 or resid 67...CC67 - 15462 - 149
33LYSLYSGLUGLU(chain C and (resid 7 through 54 or resid 67...CC160 - 182155 - 177
34LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 7 through 54 or resid 67...CC185180
35GLYGLYILEILE(chain C and (resid 7 through 54 or resid 67...CC6 - 3451 - 340
36GLYGLYILEILE(chain C and (resid 7 through 54 or resid 67...CC6 - 3451 - 340
37GLYGLYILEILE(chain C and (resid 7 through 54 or resid 67...CC6 - 3451 - 340
38GLYGLYILEILE(chain C and (resid 7 through 54 or resid 67...CC6 - 3451 - 340
39GLYGLYILEILE(chain C and (resid 7 through 54 or resid 67...CC6 - 3451 - 340
41METMETGLUGLU(chain D and (resid 7 through 182 or (resid 185...DD7 - 1822 - 177
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 7 through 182 or (resid 185...DD185180
43GLYGLYLYSLYS(chain D and (resid 7 through 182 or (resid 185...DD6 - 3441 - 339
44GLYGLYLYSLYS(chain D and (resid 7 through 182 or (resid 185...DD6 - 3441 - 339
45GLYGLYLYSLYS(chain D and (resid 7 through 182 or (resid 185...DD6 - 3441 - 339
46GLYGLYLYSLYS(chain D and (resid 7 through 182 or (resid 185...DD6 - 3441 - 339

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
m7GpppX diphosphatase / DCS-1 / Hint-related 7meGMP-directed hydrolase 1 / Protein Dcs1p / Scavenger mRNA-decapping enzyme DcpS


分子量: 40210.883 Da / 分子数: 4 / 変異: H268N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: DCS1, YLR270W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q06151, 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase

-
非ポリマー , 6種, 12分子

#2: 化合物 ChemComp-2PO / PHOSPHONATE / ホスホン酸ジアニオン


分子量: 79.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO3P
#3: 化合物 ChemComp-U / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


タイプ: RNA linking / 分子量: 324.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#4: 化合物 ChemComp-0G / L-GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE


タイプ: L-RNA linking / 分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#5: 化合物 ChemComp-M7G / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 7-メチルグアノシン-7-イウム5′-二りん酸


分子量: 458.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O11P2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM NaCl 100 mM Hepes pH 7.5 1.6 M NH4SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99997 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→47.306 Å / Num. obs: 70791 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.338 % / Biso Wilson estimate: 58.022 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.312 / Rrim(I) all: 0.325 / Χ2: 0.884 / Net I/σ(I): 9.11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.94-3.0213.6352.471.1936147274526510.6342.56596.6
3.02-3.113.8912.0071.5236852265526530.7562.08399.9
3.1-3.1913.7761.6961.8535570258325820.851.761100
3.19-3.2913.5131.4312.233917251125100.8771.486100
3.29-3.413.2431.0822.932484245324530.9231.125100
3.4-3.5212.4640.853.4829651238023790.940.887100
3.52-3.6513.2290.6594.6430282229122890.9660.68699.9
3.65-3.813.9070.4956.2930511219521940.9820.514100
3.8-3.9713.7990.4057.429350212821270.9850.42100
3.97-4.1613.6190.3039.2827851204520450.9890.315100
4.16-4.3913.4110.21712.0125937193419340.9940.225100
4.39-4.6612.5180.15614.4822796182118210.9980.162100
4.66-4.9813.4340.13916.623361173917390.9980.145100
4.98-5.3813.8520.16615.1122412161816180.9970.173100
5.38-5.8913.4730.17814.3220277150515050.9940.185100
5.89-6.5812.8050.16114.9417312135213520.9960.168100
6.58-7.612.3720.12318.2215118122212220.9970.128100
7.6-9.3113.30.07329.9613898104510450.9990.076100
9.31-13.1711.9390.04839.2599338328320.9990.05100
13.17-47.30611.7140.04836.9257755094930.9990.0596.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.91 Å47.31 Å
Translation7.91 Å47.31 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5bv3

5bv3


解像度: 2.944→47.306 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2631 3547 5.02 %
Rwork0.2043 --
obs0.2072 67044 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 189.21 Å2 / Biso mean: 82.52 Å2 / Biso min: 31.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.944→47.306 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10753 0 236 2 10991
Biso mean--95.7 37.8 -
残基数----1309
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6258X-RAY DIFFRACTION14.782TORSIONAL
12B6258X-RAY DIFFRACTION14.782TORSIONAL
13C6258X-RAY DIFFRACTION14.782TORSIONAL
14D6258X-RAY DIFFRACTION14.782TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9442-2.98450.36261290.3578249993
2.9845-3.02720.40721450.362735100
3.0272-3.07230.37511380.35352655100
3.0723-3.12030.36931440.32772672100
3.1203-3.17150.36451490.3452706100
3.1715-3.22620.4261390.33142652100
3.2262-3.28480.38631420.3122696100
3.2848-3.3480.3241430.28482713100
3.348-3.41630.32541420.26952671100
3.4163-3.49060.34951410.26672718100
3.4906-3.57170.32161440.25542665100
3.5717-3.6610.3091380.24442715100
3.661-3.760.26891420.22252657100
3.76-3.87060.34121430.20582697100
3.8706-3.99540.26521430.18292717100
3.9954-4.13810.22081390.17172668100
4.1381-4.30370.24991380.16562690100
4.3037-4.49940.20561410.14712698100
4.4994-4.73650.20071460.14022709100
4.7365-5.03290.18661420.13862644100
5.0329-5.4210.17091450.15132718100
5.421-5.96560.23921420.16112682100
5.9656-6.82660.25961440.18322707100
6.8266-8.59240.23691390.16312686100
8.5924-47.3060.21611490.178267499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2293-0.4746-0.3260.77640.36542.1682-0.15580.31980.0159-0.43240.0230.07510.2884-0.52480.11231.185-0.1015-0.03930.50570.00290.400930.4907-12.726832.3783
20.80020.17210.51511.38470.16864.3117-0.06510.0940.0553-0.22770.0743-0.0866-0.06720.233-0.01220.7888-0.00430.04550.3250.02610.375841.972610.835431.9232
31.3360.1864-0.11550.9114-0.5131.7936-0.063-0.2543-0.2278-0.35920.10660.06550.4978-0.5544-0.03610.9631-0.1192-0.03780.59380.01790.398622.771-11.319636.0746
41.59610.41390.21781.86961.0926.65380.09680.09150.0615-0.0897-0.13030.0867-0.3495-0.64670.02940.67230.07670.01680.38410.00320.410723.299219.475245.293
50.63120.91310.24941.4107-0.11022.415-0.0122-0.410.27361.2950.2768-0.5160.43270.3021-0.14890.74610.1092-0.07780.5839-0.0360.390635.6367-4.523586.8729
60.666-0.2670.00241.67190.52641.83940.0204-0.0032-0.12420.5614-0.03110.06271.055-0.13930.01341.021-0.01870.02360.4911-0.02720.334331.093-11.198177.6853
78.2321-0.0218-4.49191.66372.80138.087-0.3498-0.6769-0.6010.2015-0.26260.15511.39560.35040.55691.42430.10250.01010.545-0.00460.463326.263-24.919198.5812
81.5102-0.9845-0.26811.13980.29973.2517-0.16350.0545-0.24880.4060.04330.18071.157-0.7050.12381.2631-0.20880.15970.6204-0.03770.481216.6247-20.128483.0076
91.9212-1.69160.3185.2036-1.20723.5721-0.2483-0.09710.27090.61790.1326-0.4025-0.37470.09030.10840.6953-0.0240.01640.4353-0.03010.288734.56545.577580.367
100.63640.23150.35062.00130.35515.3063-0.25690.25990.1327-0.22480.02490.21410.3655-1.55450.26020.6417-0.1917-0.03061.0349-0.05440.47464.4994-7.629171.3834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 127 )A7 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 128 through 346 )A128 - 346
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 6 through 138 )B6 - 138
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 139 through 344 )B139 - 344
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 7 through 81 )C7 - 81
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 82 through 153 )C82 - 153
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 154 through 193 )C154 - 193
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 194 through 345 )C194 - 345
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 6 through 127 )D6 - 127
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 128 through 344 )D128 - 344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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