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万見
- PDB-5but: Crystal structure of inactive conformation of KtrAB K+ transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5but
タイトルCrystal structure of inactive conformation of KtrAB K+ transporter
要素
  • Ktr system potassium uptake protein A,Ktr system potassium uptake protein A
  • Ktr system potassium uptake protein B
キーワードMEMBRANE PROTEIN / membrane protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium:chloride symporter activity / potassium ion transmembrane transporter activity / monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TrkH potassium transport family / Cation transporter / Cation transport protein / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, N-terminal ...TrkH potassium transport family / Cation transporter / Cation transport protein / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ktr system potassium uptake protein A / Ktr system potassium uptake protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.97 Å
データ登録者Vieira-Pires, R.S. / Morais-Cabral, J.H.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
FCTFCOMP-01-0124-FEDER-028115 (PTDC/BBB-BEP/2017/2012) ポルトガル
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2016
タイトル: Dissecting the Molecular Mechanism of Nucleotide-Dependent Activation of the KtrAB K+ Transporter.
著者: Szollosi, A. / Vieira-Pires, R.S. / Teixeira-Duarte, C.M. / Rocha, R. / Morais-Cabral, J.H.
履歴
登録2015年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ktr system potassium uptake protein A,Ktr system potassium uptake protein A
C: Ktr system potassium uptake protein A,Ktr system potassium uptake protein A
E: Ktr system potassium uptake protein A,Ktr system potassium uptake protein A
G: Ktr system potassium uptake protein A,Ktr system potassium uptake protein A
I: Ktr system potassium uptake protein B
J: Ktr system potassium uptake protein B
K: Ktr system potassium uptake protein B
L: Ktr system potassium uptake protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,94312
ポリマ－320,7878
非ポリマー1564
水00
1
A: Ktr system potassium uptake protein A,Ktr system potassium uptake protein A
C: Ktr system potassium uptake protein A,Ktr system potassium uptake protein A
E: Ktr system potassium uptake protein A,Ktr system potassium uptake protein A
G: Ktr system potassium uptake protein A,Ktr system potassium uptake protein A
I: Ktr system potassium uptake protein B
J: Ktr system potassium uptake protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,5498
ポリマ－224,4716
非ポリマー782
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
K: Ktr system potassium uptake protein B
L: Ktr system potassium uptake protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3944
ポリマ－96,3162
非ポリマー782
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)307.060, 79.410, 205.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.100, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Ktr system potassium uptake protein A,Ktr system potassium uptake protein A / K(+)-uptake protein KtrA


分子量: 32038.717 Da / 分子数: 4 / 断片: regulatory domain,regulatory domain
変異: truncation of C-terminal domain,truncation of C-terminal domain
由来タイプ: 組換発現
詳細: KtrA delta C is a fusion of two N-terminal domains of KtrA through the linker LEGS. It also includes a C to V mutation.
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ktrA, yuaA, BSU31090 / プラスミド: PET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O32080
#2: タンパク質
Ktr system potassium uptake protein B / K(+)-uptake protein KtrB


分子量: 48158.039 Da / 分子数: 4 / 断片: membrane protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ktrB, yubG, BSU31100 / プラスミド: PET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O32081
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, 16-22% PEG 400, 100-200 mM CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.97→200 Å / Num. all: 12628 / Num. obs: 12628 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.07 / Net I/av σ(I): 8.56 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 42979
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
5.97-6.33.30.80.9595317900.5190.8221.696.3
6.3-6.683.40.5561.4598817480.3480.5562.498.6
6.68-7.143.50.3632.1562516150.2270.3633.599.4
7.14-7.713.50.2273.4531215210.1420.2275.199.2
7.71-8.453.50.126.3501814210.0750.12999.4
8.45-9.453.40.06710.7442612830.0420.06714.699.5
9.45-10.913.30.04614.8381811530.0290.04620.999.5
10.91-13.363.30.0416.432339710.0260.0423.598.7
13.36-18.893.30.03617.925327680.0230.03625.499.8
18.89-58.34530.0312010743580.020.03129.679.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
CNSDENR精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: KtrB from 4J7C and KtrA-deltaC from 2HMS

4j7c

2hms


解像度: 5.97→200 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.339 2316 9.5 %Random selection
Rwork0.325 21289 --
obs-12628 96.7 %-
溶媒の処理Bsol: 261.776 Å2
原子変位パラメータBiso max: 342.98 Å2 / Biso mean: 342.9982 Å2 / Biso min: 342.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--142.742 Å20 Å2-25.032 Å2
2--58.294 Å20 Å2
3---84.448 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 5.97→200 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21476 0 4 0 21480
Biso mean--342.98 --
残基数----2796
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.808
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
5.97-6.190.50282600.4541978223891.3
6.19-6.440.39782060.40972145235196.6
6.44-6.730.43692480.39112123237196.8
6.73-7.080.43372300.36752158238897.7
7.08-7.530.38372110.35962137234897.7
7.53-8.110.35442260.3412233245999.1
8.11-8.930.29622420.27092178242099.3
8.93-10.220.25912660.24322124239098.3
10.22-12.870.30512260.24642160238698.3
12.87-500.010.36352010.40142053225492.3
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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