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- PDB-5bug: Crystal structure of human phosphatase PTEN oxidized by H2O2 -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 5bug
タイトルCrystal structure of human phosphatase PTEN oxidized by H2O2
要素Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
キーワードHYDROLASE / C2 domain / disulfide / oxidized
機能・相同性
機能・相同性情報


PTEN Loss of Function in Cancer / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 3-phosphatase activity / negative regulation of keratinocyte migration / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate 3-phosphatase activity / negative regulation of synaptic vesicle clustering / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase / phosphatidylinositol phosphate phosphatase activity / rhythmic synaptic transmission / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 3-phosphatase activity / central nervous system myelin maintenance ...PTEN Loss of Function in Cancer / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 3-phosphatase activity / negative regulation of keratinocyte migration / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate 3-phosphatase activity / negative regulation of synaptic vesicle clustering / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase / phosphatidylinositol phosphate phosphatase activity / rhythmic synaptic transmission / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 3-phosphatase activity / central nervous system myelin maintenance / negative regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / phosphatidylinositol-3-phosphate phosphatase activity / central nervous system neuron axonogenesis / postsynaptic density assembly / neuron-neuron synaptic transmission / presynaptic membrane assembly / Regulation of PTEN mRNA translation / synapse maturation / Negative regulation of the PI3K/AKT network / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / cellular response to electrical stimulus / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of axonogenesis / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase activity / Transcriptional Regulation by MECP2 / myelin sheath adaxonal region / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of organ growth / forebrain morphogenesis / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / negative regulation of focal adhesion assembly / phosphatidylinositol dephosphorylation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / anaphase-promoting complex binding / Schmidt-Lanterman incisure / dentate gyrus development / ubiquitin ligase activator activity / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / phosphatidylinositol biosynthetic process / dendritic spine morphogenesis / negative regulation of cell size / maternal behavior / spindle assembly involved in female meiosis / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / molecular function inhibitor activity / protein serine/threonine phosphatase activity / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of neuron projection development / ubiquitin-specific protease binding / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / social behavior / locomotor rhythm / adult behavior / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / positive regulation of intracellular signal transduction / phosphoprotein phosphatase activity / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / negative regulation of osteoblast differentiation / prepulse inhibition / multicellular organismal response to stress / synapse assembly / protein dephosphorylation / protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Regulation of PTEN localization / negative regulation of cell migration / central nervous system development / cell projection / PDZ domain binding / TP53 Regulates Metabolic Genes / locomotory behavior / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell motility / regulation of protein stability / PML body / beta-catenin binding / cytoplasmic side of plasma membrane / Regulation of PTEN stability and activity / Ovarian tumor domain proteases / Downstream TCR signaling / cell migration / negative regulation of neuron projection development
類似検索 - 分子機能
Bifunctional phosphatidylinositol trisphosphate phosphatase/dual specificity phosphatase PTEN / PTEN, phosphatase domain / : / Immunoglobulin-like - #1110 / Inositol hexakisphosphate / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. ...Bifunctional phosphatidylinositol trisphosphate phosphatase/dual specificity phosphatase PTEN / PTEN, phosphatase domain / : / Immunoglobulin-like - #1110 / Inositol hexakisphosphate / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Polymorphic toxin system, DSP-PTPase phosphatase / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / C2 domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lee, C.-U. / Bier, D. / Hennig, S. / Grossmann, T.N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationGR3592/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Redox Modulation of PTEN Phosphatase Activity by Hydrogen Peroxide and Bisperoxidovanadium Complexes.
著者: Lee, C.U. / Hahne, G. / Hanske, J. / Bange, T. / Bier, D. / Rademacher, C. / Hennig, S. / Grossmann, T.N.
履歴
登録2015年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 2.02024年1月10日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
B: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
C: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
D: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,8328
ポリマ－149,2314
非ポリマー6004
水13,529751
1
A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4582
ポリマ－37,3081
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4582
ポリマ－37,3081
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4582
ポリマ－37,3081
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4582
ポリマ－37,3081
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)206.870, 206.830, 87.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-660-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN / Mutated in multiple advanced cancers 1 / Phosphatase and tensin homolog


分子量: 37307.805 Da / 分子数: 4 / 断片: PTEN wt 14-351 delta 286-309 / 変異: Deletion 286-309 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTEN, MMAC1, TEP1 / プラスミド: pFH1
詳細 (発現宿主): Bacmid DNA derived from pFH1 transformed in DH10Bac E. coli
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P60484, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase, phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 4 / 断片: L-tartrate / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 751 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 1.25 M L-tartrat, 7.5% glycerol / PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月12日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.5
11K, H, -L20.5
反射最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 73497 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 57.846 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.961 / Net I/σ(I): 19.82 / Num. measured all: 881196
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.4-2.50.7761.5851.5995199834883471.66100
2.5-2.60.8631.1732.1885407712071191.225100
2.6-2.70.9180.8233.1876859612861260.858100
2.7-2.80.9620.6164.1866226532753270.643100
2.8-2.90.9770.4315.8656363457045700.45100
2.9-30.9880.3167.8649418404340430.33100
3-3.10.9880.2749.1641674347734770.286100
3.1-40.9990.09324.1922067118233182320.097100
4-610.04149.9813314711294112930.043100
6-80.9990.03950.7633239282428240.041100
8-1010.02764.7710471101810170.02999.9
10-1510.02975.9591547777770.03100
15-200.9990.03369.721101921920.035100
2010.03458.2812581671530.03891.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7 Å48.76 Å
Translation7 Å48.76 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1d5r

1d5r


解像度: 2.4→48.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.1913 / WRfactor Rwork: 0.1612 / FOM work R set: 0.845 / SU B: 4.186 / SU ML: 0.102 / SU R Cruickshank DPI: 0.06 / SU Rfree: 0.0435 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2106 3663 5 %RANDOM
Rwork0.1752 ---
obs0.1769 69833 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 165.18 Å2 / Biso mean: 62.403 Å2 / Biso min: 29.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--32.28 Å20 Å20 Å2
2---31.41 Å20 Å2
3---63.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10338 0 40 751 11129
Biso mean--80.83 57.49 -
残基数----1256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01910682
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.029847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6791.95214449
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.458322648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.39751252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.67423.601547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.754151785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3651559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02112085
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8486.3135020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8496.3125019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1619.4666268
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 264 -
Rwork0.309 5034 -
all-5298 -
obs--99.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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