PDB-5bsg: Crystal structure of Medicago truncatula (delta)1-Pyrroline-5-Car...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bsg

タイトル

Crystal structure of Medicago truncatula (delta)1-Pyrroline-5-Carboxylate Reductase (MtP5CR) in complex with NADP+

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / proline biosynthesis / decamer / P5C / plant protein

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Ruszkowski, M. / Nocek, B. / Forlani, G. / Dauter, Z.

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2015
タイトル: The structure of Medicago truncatula delta (1)-pyrroline-5-carboxylate reductase provides new insights into regulation of proline biosynthesis in plants.
著者: Ruszkowski, M. / Nocek, B. / Forlani, G. / Dauter, Z.

履歴

登録	2015年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bsg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5bseC 5bsfC 5bshC 2izzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5bsf-d 5bsh-d 5bse-d 5uat-1 5uav-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase

F: Pyrroline-5-carboxylate reductase

G: Pyrroline-5-carboxylate reductase

H: Pyrroline-5-carboxylate reductase

I: Pyrroline-5-carboxylate reductase

J: Pyrroline-5-carboxylate reductase

ヘテロ分子

298 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.239, 100.300, 100.786
Angle α, β, γ (deg.)	68.130, 85.760, 89.300
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	SER	SER	A	A	3 - 274	6 - 277
2	1	ILE	ILE	SER	SER	B	B	3 - 274	6 - 277
1	2	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	5 - 273	8 - 276
2	2	PRO	PRO	LEU	LEU	C	C	5 - 273	8 - 276
1	3	ILE	ILE	LEU	LEU	A	A	4 - 273	7 - 276
2	3	ILE	ILE	LEU	LEU	D	D	4 - 273	7 - 276
1	4	ILE	ILE	SER	SER	A	A	3 - 274	6 - 277
2	4	ILE	ILE	SER	SER	E	E	3 - 274	6 - 277
1	5	ILE	ILE	SER	SER	A	A	3 - 274	6 - 277
2	5	ILE	ILE	SER	SER	F	F	3 - 274	6 - 277
1	6	ILE	ILE	LEU	LEU	A	A	6 - 273	9 - 276
2	6	ILE	ILE	LEU	LEU	G	G	6 - 273	9 - 276
1	7	ILE	ILE	SER	SER	A	A	3 - 274	6 - 277
2	7	ILE	ILE	SER	SER	H	H	3 - 274	6 - 277
1	8	ILE	ILE	SER	SER	A	A	3 - 274	6 - 277
2	8	ILE	ILE	SER	SER	I	I	3 - 274	6 - 277
1	9	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	5 - 273	8 - 276
2	9	PRO	PRO	LEU	LEU	J	J	5 - 273	8 - 276
1	10	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	5 - 273	8 - 276
2	10	PRO	PRO	LEU	LEU	C	C	5 - 273	8 - 276
1	11	ILE	ILE	LEU	LEU	B	B	4 - 273	7 - 276
2	11	ILE	ILE	LEU	LEU	D	D	4 - 273	7 - 276
1	12	ILE	ILE	SER	SER	B	B	3 - 274	6 - 277
2	12	ILE	ILE	SER	SER	E	E	3 - 274	6 - 277
1	13	ILE	ILE	SER	SER	B	B	3 - 274	6 - 277
2	13	ILE	ILE	SER	SER	F	F	3 - 274	6 - 277
1	14	ILE	ILE	LEU	LEU	B	B	6 - 273	9 - 276
2	14	ILE	ILE	LEU	LEU	G	G	6 - 273	9 - 276
1	15	ILE	ILE	SER	SER	B	B	3 - 274	6 - 277
2	15	ILE	ILE	SER	SER	H	H	3 - 274	6 - 277
1	16	ILE	ILE	SER	SER	B	B	3 - 274	6 - 277
2	16	ILE	ILE	SER	SER	I	I	3 - 274	6 - 277
1	17	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	5 - 273	8 - 276
2	17	PRO	PRO	LEU	LEU	J	J	5 - 273	8 - 276
1	18	PRO	PRO	LEU	LEU	C	C	5 - 273	8 - 276
2	18	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	5 - 273	8 - 276
1	19	PRO	PRO	LEU	LEU	C	C	5 - 273	8 - 276
2	19	PRO	PRO	LEU	LEU	E	E	5 - 273	8 - 276
1	20	PRO	PRO	LEU	LEU	C	C	5 - 273	8 - 276
2	20	PRO	PRO	LEU	LEU	F	F	5 - 273	8 - 276
1	21	ILE	ILE	LEU	LEU	C	C	6 - 273	9 - 276
2	21	ILE	ILE	LEU	LEU	G	G	6 - 273	9 - 276
1	22	PRO	PRO	LEU	LEU	C	C	5 - 273	8 - 276
2	22	PRO	PRO	LEU	LEU	H	H	5 - 273	8 - 276
1	23	PRO	PRO	LEU	LEU	C	C	5 - 273	8 - 276
2	23	PRO	PRO	LEU	LEU	I	I	5 - 273	8 - 276
1	24	PRO	PRO	SER	SER	C	C	5 - 274	8 - 277
2	24	PRO	PRO	SER	SER	J	J	5 - 274	8 - 277
1	25	ILE	ILE	LEU	LEU	D	D	4 - 273	7 - 276
2	25	ILE	ILE	LEU	LEU	E	E	4 - 273	7 - 276
1	26	ILE	ILE	LEU	LEU	D	D	4 - 273	7 - 276
2	26	ILE	ILE	LEU	LEU	F	F	4 - 273	7 - 276
1	27	ILE	ILE	LEU	LEU	D	D	6 - 273	9 - 276
2	27	ILE	ILE	LEU	LEU	G	G	6 - 273	9 - 276
1	28	ILE	ILE	LEU	LEU	D	D	4 - 273	7 - 276
2	28	ILE	ILE	LEU	LEU	H	H	4 - 273	7 - 276
1	29	ILE	ILE	LEU	LEU	D	D	4 - 273	7 - 276
2	29	ILE	ILE	LEU	LEU	I	I	4 - 273	7 - 276
1	30	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	5 - 273	8 - 276
2	30	PRO	PRO	LEU	LEU	J	J	5 - 273	8 - 276
1	31	ILE	ILE	SER	SER	E	E	3 - 274	6 - 277
2	31	ILE	ILE	SER	SER	F	F	3 - 274	6 - 277
1	32	ILE	ILE	LEU	LEU	E	E	6 - 273	9 - 276
2	32	ILE	ILE	LEU	LEU	G	G	6 - 273	9 - 276
1	33	ILE	ILE	SER	SER	E	E	3 - 274	6 - 277
2	33	ILE	ILE	SER	SER	H	H	3 - 274	6 - 277
1	34	ILE	ILE	SER	SER	E	E	3 - 274	6 - 277
2	34	ILE	ILE	SER	SER	I	I	3 - 274	6 - 277
1	35	PRO	PRO	LEU	LEU	E	E	5 - 273	8 - 276
2	35	PRO	PRO	LEU	LEU	J	J	5 - 273	8 - 276
1	36	ILE	ILE	LEU	LEU	F	F	6 - 273	9 - 276
2	36	ILE	ILE	LEU	LEU	G	G	6 - 273	9 - 276
1	37	ILE	ILE	SER	SER	F	F	3 - 274	6 - 277
2	37	ILE	ILE	SER	SER	H	H	3 - 274	6 - 277
1	38	ILE	ILE	SER	SER	F	F	3 - 274	6 - 277
2	38	ILE	ILE	SER	SER	I	I	3 - 274	6 - 277
1	39	PRO	PRO	LEU	LEU	F	F	5 - 273	8 - 276
2	39	PRO	PRO	LEU	LEU	J	J	5 - 273	8 - 276
1	40	ILE	ILE	LEU	LEU	G	G	6 - 273	9 - 276
2	40	ILE	ILE	LEU	LEU	H	H	6 - 273	9 - 276
1	41	ILE	ILE	LEU	LEU	G	G	6 - 273	9 - 276
2	41	ILE	ILE	LEU	LEU	I	I	6 - 273	9 - 276
1	42	ILE	ILE	LEU	LEU	G	G	6 - 273	9 - 276
2	42	ILE	ILE	LEU	LEU	J	J	6 - 273	9 - 276
1	43	ILE	ILE	SER	SER	H	H	3 - 274	6 - 277
2	43	ILE	ILE	SER	SER	I	I	3 - 274	6 - 277
1	44	PRO	PRO	LEU	LEU	H	H	5 - 273	8 - 276
2	44	PRO	PRO	LEU	LEU	J	J	5 - 273	8 - 276
1	45	PRO	PRO	LEU	LEU	I	I	5 - 273	8 - 276
2	45	PRO	PRO	LEU	LEU	J	J	5 - 273	8 - 276

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 分子量: 28788.066 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 遺伝子: MTR_7g090160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: G7KRM5, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS 分子量: 209.263 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1958 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.41 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus screen (Molecular Dimensions) A7 solution (100 mM HEPES/MOPS buffer pH 7.5, 10% polyethylene glycol 4000, 20% glycerol, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2).

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月15日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 225659 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 28.9 Å² / R_merge F obs: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_rim(I) all: 0.136 / Χ²: 1.011 / Net I/σ(I): 10.74 / Num. measured all: 732206

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2.06		3.2	0.606	0.728	1.98	111750	37578	34743	0.876	92.5
2.06-2.2			0.779	0.459	3.46	112627	35310	34275	0.552	97.1
2.2-2.38			0.888	0.301	5.17	105294	32910	32073	0.362	97.5
2.38-2.61			0.937	0.213	7.17	96973	30289	29596	0.256	97.7
2.61-2.91			0.977	0.13	10.72	87486	27360	26826	0.156	98
2.91-3.36			0.99	0.081	15.73	76872	24201	23771	0.097	98.2
3.36-4.11			0.996	0.048	23.41	63479	20417	20050	0.058	98.2
4.11-5.78			0.997	0.038	28.4	49473	15854	15595	0.046	98.4
	5.78		0.998	0.031	32.68	28252	8895	8730	0.038	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IZZ

2izz

解像度: 1.95→39.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / WR_factor R_free: 0.1638 / WR_factor R_work: 0.1377 / FOM work R set: 0.864 / SU ML: 0.092 / SU R_free: 0.112 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS WERE ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.178	2257	1 %	RANDOM
R_work	0.155	-	-	-
obs	0.156	223400	97.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.18 Å² / B_iso mean: 31.34 Å² / B_iso min: 8.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.29 Å²	-0.79 Å²	0.02 Å²
2-	-	0.29 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→39.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19777	0	620	1964	22361
B_iso mean	-	-	33.92	34.21	-
残基数	-	-	-	-	2712

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	21063
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	20706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.826	2.015	28664
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.706	3	47786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.706	5	2779
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.733	24.394	685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.296	15	3520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.559	15	107
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	3372
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	23527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	4254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.797	1.337	11026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.794	1.336	11025
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.646	1.986	13829

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	15796	0.07
1	2	B	15796	0.07
2	1	A	15739	0.05
2	2	C	15739	0.05
3	1	A	15744	0.05
3	2	D	15744	0.05
4	1	A	15821	0.06
4	2	E	15821	0.06
5	1	A	15761	0.06
5	2	F	15761	0.06
6	1	A	15492	0.06
6	2	G	15492	0.06
7	1	A	15841	0.07
7	2	H	15841	0.07
8	1	A	15913	0.05
8	2	I	15913	0.05
9	1	A	15509	0.07
9	2	J	15509	0.07
10	1	B	15524	0.07
10	2	C	15524	0.07
11	1	B	15655	0.06
11	2	D	15655	0.06
12	1	B	15857	0.07
12	2	E	15857	0.07
13	1	B	15753	0.07
13	2	F	15753	0.07
14	1	B	15356	0.07
14	2	G	15356	0.07
15	1	B	15726	0.08
15	2	H	15726	0.08
16	1	B	15736	0.07
16	2	I	15736	0.07
17	1	B	15410	0.07
17	2	J	15410	0.07
18	1	C	15683	0.06
18	2	D	15683	0.06
19	1	C	15566	0.07
19	2	E	15566	0.07
20	1	C	15541	0.06
20	2	F	15541	0.06
21	1	C	15463	0.06
21	2	G	15463	0.06
22	1	C	15666	0.06
22	2	H	15666	0.06
23	1	C	15636	0.06
23	2	I	15636	0.06
24	1	C	15618	0.06
24	2	J	15618	0.06
25	1	D	15641	0.07
25	2	E	15641	0.07
26	1	D	15587	0.06
26	2	F	15587	0.06
27	1	D	15468	0.06
27	2	G	15468	0.06
28	1	D	15628	0.07
28	2	H	15628	0.07
29	1	D	15675	0.06
29	2	I	15675	0.06
30	1	D	15561	0.07
30	2	J	15561	0.07
31	1	E	15792	0.06
31	2	F	15792	0.06
32	1	E	15387	0.07
32	2	G	15387	0.07
33	1	E	15790	0.08
33	2	H	15790	0.08
34	1	E	15794	0.07
34	2	I	15794	0.07
35	1	E	15429	0.08
35	2	J	15429	0.08
36	1	F	15242	0.07
36	2	G	15242	0.07
37	1	F	15679	0.07
37	2	H	15679	0.07
38	1	F	15726	0.06
38	2	I	15726	0.06
39	1	F	15413	0.07
39	2	J	15413	0.07
40	1	G	15544	0.06
40	2	H	15544	0.06
41	1	G	15578	0.05
41	2	I	15578	0.05
42	1	G	15419	0.07
42	2	J	15419	0.07
43	1	H	15922	0.06
43	2	I	15922	0.06
44	1	H	15630	0.06
44	2	J	15630	0.06
45	1	I	15583	0.06
45	2	J	15583	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.95→1.995 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	150	-
R_work	0.293	14826	-
obs	-	-	87.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9772	-0.1032	-0.0933	0.5209	0.3892	0.7983	-0.0109	-0.0441	0.0427	0.073	0.1666	-0.0772	0.0223	0.0221	-0.1557	0.1633	0.0584	-0.0817	0.105	-0.026	0.1638	68.311	69.227	90.731
2	0.472	-0.0303	0.0561	0.1661	0.0795	0.2667	0.0086	0.0044	0.0237	0.0134	0.0452	-0.008	0.0409	-0.0112	-0.0538	0.175	0.0042	-0.0496	0.1265	0.0168	0.1567	48.538	60.848	67.636
3	1.0764	-0.1629	0.245	0.852	-0.409	0.831	0.0369	-0.1428	-0.0925	-0.0524	0.1833	0.0639	0.1436	-0.1302	-0.2202	0.1521	-0.077	-0.1054	0.1683	0.1212	0.141	24.919	43.443	80.288
4	0.4542	-0.0234	0.0716	0.2058	0.0852	0.2242	-0.008	0.005	-0.0375	0.024	0.0571	-0.0073	0.0029	-0.0166	-0.0492	0.1695	0.0035	-0.047	0.1368	0.018	0.1542	46.34	63.144	68.207
5	1.0455	-0.0233	0.3501	0.797	-0.4276	0.5297	-0.0956	0.0715	0.0225	0.2237	-0.0399	-0.0507	-0.2235	0.005	0.1355	0.2568	-0.0188	-0.1174	0.0407	0.0238	0.1612	58.191	111.473	67.165
6	0.5864	0.0392	0.0746	0.1337	-0.2155	0.3943	-0.0131	0.0096	0.0582	0.0288	0.012	-0.011	-0.0225	-0.0449	0.0011	0.1639	0.0194	-0.0445	0.1264	0.011	0.1706	41.922	85.767	59.835
7	1.2294	0.2016	-0.3425	0.0864	0.2215	1.6945	0.1864	-0.1284	0.2129	0.0274	-0.1091	0.0075	-0.0575	-0.3957	-0.0773	0.0567	0.0413	0.003	0.2755	-0.0169	0.1989	11.809	90.316	69.591
8	0.3012	0.1177	0.0514	0.2089	-0.1937	0.3101	0.0064	0.0015	0.0196	0.0282	0.0103	-0.0108	-0.0253	-0.0513	-0.0167	0.1664	0.0247	-0.0437	0.1272	0.0145	0.1718	40.565	87.007	57.159
9	0.7466	0.5586	0.1084	0.9839	-0.5346	0.8409	-0.0237	-0.0085	-0.0874	-0.0938	-0.0622	-0.2395	-0.0077	-0.067	0.0859	0.0905	0.0812	0.014	0.1045	0.0752	0.2862	68.478	104.662	19.871
10	0.5561	0.0188	0.0957	0.2746	0.092	0.1691	0.0162	0.0528	0.0185	0.0233	-0.0178	-0.0295	-0.0097	-0.0086	0.0016	0.1397	0.0317	-0.0437	0.1446	0.0263	0.1717	45.639	87.318	33.174
11	1.146	-0.1451	0.2012	1.2413	0.0076	0.1897	0.0432	0.1081	0.1236	0.0519	-0.0116	0.1777	0.0323	0.0027	-0.0316	0.0688	0.0471	-0.0356	0.1768	0.068	0.1977	17.476	96.704	21.248
12	0.6174	0.2657	-0.0344	0.2547	0.0128	0.2148	0.0125	0.0325	0.0291	-0.0044	-0.017	0.0049	0.0014	-0.0202	0.0045	0.1402	0.035	-0.0398	0.1437	0.0227	0.1687	45.269	85.279	30.645
13	1.6667	0.351	0.1903	1.2332	0.91	0.7062	-0.0255	0.1726	-0.3696	-0.243	0.4528	-0.5506	-0.2041	0.2833	-0.4273	0.0683	-0.0399	0.1058	0.3052	-0.239	0.4026	82.776	57.398	13.224
14	0.4382	-0.0528	0.2386	0.3748	0.0196	0.157	0.0364	0.0303	0.0153	-0.0303	-0.0067	-0.0655	0.0348	-0.0264	-0.0297	0.157	0.0253	-0.0302	0.1533	-0.004	0.1545	54.157	63.273	24.409
15	0.8181	0.5848	0.2009	1.0134	1.0846	1.6816	-0.0218	-0.1154	0.051	-0.1587	-0.2762	0.1997	-0.1234	-0.2065	0.298	0.1842	0.1701	-0.0944	0.2226	-0.0798	0.1453	32.333	54.425	2.579
16	0.5711	0.1076	0.0323	0.3491	0.0146	0.1429	0.032	0.0512	0.0117	-0.0223	0.0006	-0.0221	0.0477	-0.0116	-0.0326	0.1576	0.0299	-0.0301	0.1498	-0.0138	0.1498	53.553	60.24	25.295
17	1.9046	0.3289	0.5091	0.6762	-0.5373	0.8049	0.3076	-0.0755	-0.3565	0.1127	-0.2235	-0.1053	0.0031	0.1274	-0.0841	0.1397	-0.0076	-0.1664	0.1417	0.0757	0.2878	82.964	36.28	57.758
18	0.5594	0.3394	0.196	0.2156	0.1395	0.6114	0.1104	-0.0116	-0.0532	0.0414	-0.0258	-0.0421	0.0605	-0.0044	-0.0847	0.1741	0.0167	-0.073	0.1181	-0.0048	0.1782	55.941	46.993	45.783
19	0.6594	0.133	-0.1127	1.9733	0.4646	0.173	0.0701	-0.0034	-0.105	-0.1448	-0.0226	0.1104	0.0209	-0.003	-0.0475	0.2148	-0.0095	-0.2409	0.0063	0.0007	0.2917	37.137	22.538	38.378
20	0.708	-0.0027	0.0533	0.0116	-0.0105	0.574	0.0642	0.0225	-0.0561	0.0238	-0.0161	-0.0359	0.0655	-0.0434	-0.0481	0.17	0.0001	-0.0756	0.1106	0.0028	0.1765	54.294	46.665	48.557

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	170 - 274
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	3 - 169
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	170 - 274
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	5 - 169
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	170 - 274
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	4 - 169
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	170 - 274
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	3 - 169
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	170 - 274
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	3 - 169
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	170 - 274
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	6 - 169
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	170 - 274
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	3 - 169
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	170 - 274
17	X-RAY DIFFRACTION	17	I	3 - 169
18	X-RAY DIFFRACTION	18	I	170 - 274
19	X-RAY DIFFRACTION	19	J	5 - 169
20	X-RAY DIFFRACTION	20	J	170 - 274

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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