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Yorodumi- PDB-5bsf: Crystal structure of Medicago truncatula (delta)1-Pyrroline-5-Car... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bsf | ||||||
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Title | Crystal structure of Medicago truncatula (delta)1-Pyrroline-5-Carboxylate Reductase (MtP5CR) in complex with NAD+ | ||||||
Components | Pyrroline-5-carboxylate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / proline biosynthesis / decamer / P5C / plant protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Medicago truncatula (barrel medic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Ruszkowski, M. / Nocek, B. / Forlani, G. / Dauter, Z. | ||||||
Citation | Journal: Front Plant Sci / Year: 2015 Title: The structure of Medicago truncatula delta (1)-pyrroline-5-carboxylate reductase provides new insights into regulation of proline biosynthesis in plants. Authors: Ruszkowski, M. / Nocek, B. / Forlani, G. / Dauter, Z. #1: Journal: J. Mol. Biol. / Year: 2005 Title: Crystal structures of delta1-pyrroline-5-carboxylate reductase from human pathogens Neisseria meningitides and Streptococcus pyogenes. Authors: Nocek, B. / Chang, C. / Li, H. / Lezondra, L. / Holzle, D. / Collart, F. / Joachimiak, A. #2: Journal: New Phytol. / Year: 2014 Title: (delta)1-Pyrroline-5-carboxylate reductase from Arabidopsis thaliana: stimulation or inhibition by chloride ions and feedback regulation by proline depend on whether NADPH or NADH acts as co-substrate. Authors: Giberti, S. / Funck, D. / Forlani, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5bsf.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5bsf.ent.gz | 859.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5bsf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5bsf_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5bsf_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | |
Data in XML | 5bsf_validation.xml.gz | 120.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5bsf_validation.cif.gz | 164.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bsf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bsf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5bseSC 5bsgC 5bshC 2izzS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28788.066 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Medicago truncatula (barrel medic) / Gene: MTR_7g090160 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 Gold (DE3) References: UniProt: G7KRM5, pyrroline-5-carboxylate reductase #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Chemical | ChemComp-MPO / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: Morpheus screen (Molecular Dimensions) A7 solution (100 mM HEPES/MOPS buffer pH 7.5, 10% polyethylene glycol 4000, 20% glycerol, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2). |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 2, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→40 Å / Num. obs: 266309 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.2 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 17.69 / Num. measured all: 978057 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2IZZ, 5BSE Resolution: 1.85→39.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.1691 / WRfactor Rwork: 0.1501 / FOM work R set: 0.8604 / SU ML: 0.077 / SU Rfree: 0.0966 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.097 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 150.76 Å2 / Biso mean: 41.4 Å2 / Biso min: 18.33 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→39.13 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.9 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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