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- PDB-5brp: Crystal structure of Bacillus licheniformis trehalose-6-phosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5brp
タイトルCrystal structure of Bacillus licheniformis trehalose-6-phosphate hydrolase (TreA), mutant R201Q, in complex with PNG
要素Glycoside Hydrolase Family 13
キーワードHYDROLASE / trehalose-6-phosphate / PNG / GH13 family / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha,alpha-phosphotrehalase activity / trehalose catabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Trehalose-6-phosphate hydrolase / Maltogenic Amylase, C-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal domain / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II ...Trehalose-6-phosphate hydrolase / Maltogenic Amylase, C-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal domain / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-nitrophenyl alpha-D-glucopyranoside / Glycoside Hydrolase Family 13
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis ATCC 14580 = DSM 13 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Hsiao, C.-D. / Lin, M.-G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Bacillus licheniformis trehalose-6-phosphate hydrolase structures suggest keys to substrate specificity
著者: Lin, M.-G. / Chi, M.-C. / Naveen, V. / Li, Y.-C. / Lin, L.-L. / Hsiao, C.-D.
履歴
登録2015年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside Hydrolase Family 13
B: Glycoside Hydrolase Family 13
C: Glycoside Hydrolase Family 13
D: Glycoside Hydrolase Family 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,45411
ポリマ－266,4534
非ポリマー1,0017
水29,9591663
1
A: Glycoside Hydrolase Family 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9393
ポリマ－66,6131
非ポリマー3262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area21930 Å2
手法PISA
2
B: Glycoside Hydrolase Family 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9393
ポリマ－66,6131
非ポリマー3262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area22010 Å2
手法PISA
3
C: Glycoside Hydrolase Family 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9393
ポリマ－66,6131
非ポリマー3262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area21850 Å2
手法PISA
4
D: Glycoside Hydrolase Family 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6382
ポリマ－66,6131
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area22190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.252, 97.388, 108.539
Angle α, β, γ (deg.)80.30, 88.15, 72.18
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Glycoside Hydrolase Family 13 / trehalose-6-phosphate hydrolase


分子量: 66613.242 Da / 分子数: 4 / 変異: R201Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis ATCC 14580 = DSM 13 (バクテリア)
株: ATCC 14580 = DSM 13 / 遺伝子: treA, BL03069 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q65MI2, EC: 3.2.1.93
#2: 糖 ChemComp-PNG / 4-nitrophenyl alpha-D-glucopyranoside / 4'-NITROPHENYL-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSIDE / 4-nitrophenyl alpha-D-glucoside / 4-nitrophenyl D-glucoside / 4-nitrophenyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 301.249 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C12H15NO8
識別子タイププログラム
4'-nitrophenyl-a-D-glucopyranosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1663 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M magnesium acetate hexahydrate, 2% Tacsimate (pH 4.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 0.985 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 141603 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
AUTOMAR1.8.1_1168位相決定
Coot0.7.1モデル構築
HKL-2000data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BRQ

5brq


解像度: 2.05→30 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 1997 1.41 %
Rwork0.1708 --
obs0.1714 141228 97.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18344 0 67 1663 20074
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00818914
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09125613
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5616982
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082595
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053338
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0468-2.09790.30291220.24968674X-RAY DIFFRACTION42
2.0979-2.15460.25981400.207310058X-RAY DIFFRACTION48
2.1546-2.21790.22971470.19559951X-RAY DIFFRACTION49
2.2179-2.28940.28151420.22389788X-RAY DIFFRACTION48
2.2894-2.37110.26551460.187310048X-RAY DIFFRACTION49
2.3711-2.46590.24151320.179310002X-RAY DIFFRACTION49
2.4659-2.57780.24831470.182110035X-RAY DIFFRACTION49
2.5778-2.71340.26321430.187810077X-RAY DIFFRACTION49
2.7134-2.88290.24381430.183910066X-RAY DIFFRACTION49
2.8829-3.10470.22421490.185610070X-RAY DIFFRACTION49
3.1047-3.41560.21721440.173410100X-RAY DIFFRACTION49
3.4156-3.90650.18231510.152210113X-RAY DIFFRACTION49
3.9065-4.90880.17711410.134510156X-RAY DIFFRACTION49
4.9088-19.54710.16351500.147510093X-RAY DIFFRACTION49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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