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万見
- PDB-4eey: Crystal structure of human DNA polymerase eta in ternary complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eey
タイトルCrystal structure of human DNA polymerase eta in ternary complex with a cisplatin DNA adduct
要素
  • 5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*A)-3'
  • DNA polymerase eta
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA replication / DNA repair / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to UV-C / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / response to radiation ...response to UV-C / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / response to radiation / Translesion Synthesis by POLH / HDR through Homologous Recombination (HRR) / site of double-strand break / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA repair / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-Binding Zinc Finger / DNApol eta/Rev1, HhH motif / DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / : / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain ...Ubiquitin-Binding Zinc Finger / DNApol eta/Rev1, HhH motif / DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / : / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cisplatin / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase eta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Ummat, A. / Rechkoblit, O. / Jain, R. / Choudhury, J.R. / Johnson, R.E. / Silverstein, T.D. / Buku, A. / Lone, S. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for cisplatin DNA damage tolerance by human polymerase {eta} during cancer chemotherapy.
著者: Ummat, A. / Rechkoblit, O. / Jain, R. / Roy Choudhury, J. / Johnson, R.E. / Silverstein, T.D. / Buku, A. / Lone, S. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2012年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase eta
T: 5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*C)-3'
P: 5'-D(*TP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1526
ポリマ－55,3603
非ポリマー7923
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area21470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.500, 98.500, 82.603
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase eta / RAD30 homolog A / Xeroderma pigmentosum variant type protein


分子量: 48645.762 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-432 / 変異: C406M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLH, RAD30, RAD30A, XPV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y253, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*C)-3'


分子量: 3869.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: template strand
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*A)-3'


分子量: 2844.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: primer strand

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非ポリマー , 4種, 119分子

#4: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CPT / Cisplatin / diammine(dichloro)platinum


分子量: 300.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl2H6N2Pt / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15-35% PEG1500, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.0722 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→50 Å / Num. all: 19767 / Num. obs: 19734 / % possible obs: 99.85 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.32→2.38 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MR2

3mr2


解像度: 2.32→49.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 13.707 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.484 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23253 1528 7.7 %RANDOM
Rwork0.17834 ---
all0.18247 19764 --
obs0.18247 18206 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.458 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å2-0.2 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→49.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3255 388 32 116 3791
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1342.1095221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0285423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.33223.65137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.10315585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0951526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2991.52113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.60523383
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.07931690
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6184.51838
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.382 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 106 -
Rwork0.211 1329 -
obs--98.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0164-0.55190.3581.3531-0.36121.01630.04840.04980.0374-0.0786-0.0918-0.08990.0740.10870.04340.0504-0.0217-00.0545-0.01350.047746.3437-7.69493.9242
25.57670.2974-3.05636.458-0.52078.00220.02160.10340.0112-0.0358-0.01290.7368-0.1119-1.0154-0.00870.00320.01270.00580.1567-0.03530.171721.64268.81013.1388
30.4358-0.0431-0.08560.8591-0.01790.53580.05330.03390.0024-0.0158-0.0388-0.1262-0.01150.1109-0.01440.04730.0044-0.00070.0604-0.00560.059545.094610.29222.0833
44.58930.58652.40933.4563-0.22445.35-0.20490.11740.0655-0.052-0.1834-0.3829-0.17570.70640.38840.11080.03440.05020.13980.07840.147169.2113-6.4266-9.4137
52.06592.0183-0.351314.1046-4.15671.59030.0689-0.19160.1191-0.5422-0.01640.4180.03690.1416-0.05250.132-0.05520.01160.13230.02430.127859.84473.851-0.8297
67.31594.3722-1.44537.4015-1.63362.86490.0605-0.42980.5026-0.4824-0.0937-0.17170.12570.63030.03310.1228-0.00040.05170.1692-0.02330.104762.31228.0811-3.1008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2A125 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3A188 - 336
4X-RAY DIFFRACTION4A337 - 432
5X-RAY DIFFRACTION5T3 - 13
6X-RAY DIFFRACTION6P1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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