PDB-5bq9: Crystal structure of uncharacterized protein lpg1496 Legionella p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bq9

タイトル

Crystal structure of uncharacterized protein lpg1496 Legionella pneumophila subsp. pneumophila

要素

Uncharacterized protein

キーワード

Unknown Function / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

: / lpg1496 N-terminal domain / SidE, PDE domain / SidE phosphodiesterase (PDE) domain / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2785 Å

データ登録者

Chang, C. / Morar, M. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the Legionella pneumophila lem10 effector reveals a new member of the HD protein superfamily.
著者: Morar, M. / Evdokimova, E. / Chang, C. / Ensminger, A.W. / Savchenko, A.

履歴

登録	2015年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月27日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bq9.cif.gz	352.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bq9.ent.gz	293.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bq9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5bq9_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bq9_full_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示
XML形式データ	5bq9_validation.xml.gz	31.7 KB	表示
CIF形式データ	5bq9_validation.cif.gz	44.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/5bq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/5bq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5lq1-d 3skj-2 3dto-2 3cky-2 6huy-1 4mw9-2 6eod-2 3wih-1 5e70-3 3nze-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC108101

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

136 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein

ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.439, 76.625, 76.688
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.660, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 68007.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg1496 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q5ZVE4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Uncharacterized protein

分子量: 68007.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg1496 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q5ZVE4

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 0.15M Magnesium Chloride, 0.1M Tris, 24% PEG 3350, 5% DMSO. 0.5M Calcium Chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月27日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.278→50 Å / Num. all: 38964 / Num. obs: 38820 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 26.78 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.103 / Χ²: 0.803 / Net I/av σ(I): 21.768 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 265782

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.278-2.34	6.5	0.861	1928	0.839	0.363	0.936	0.881	98.8
2.34-2.38	6.6	0.716	1924	0.878	0.3	0.777	0.868	99.7
2.38-2.43	6.6	0.596	1903	0.903	0.249	0.647	0.874	99
2.43-2.48	6.7	0.573	1955	0.911	0.238	0.621	0.844	99.4
2.48-2.53	6.7	0.514	1917	0.912	0.213	0.557	0.857	99.7
2.53-2.59	6.8	0.433	1935	0.944	0.179	0.469	0.841	99.4
2.59-2.66	6.8	0.364	1926	0.959	0.15	0.394	0.848	99.5
2.66-2.73	6.9	0.31	1930	0.973	0.127	0.336	0.851	100
2.73-2.81	6.9	0.257	1930	0.972	0.105	0.278	0.855	99.6
2.81-2.9	6.9	0.203	1931	0.982	0.082	0.219	0.864	99.7
2.9-3	7	0.165	1936	0.987	0.067	0.178	0.835	99.8
3-3.12	7	0.133	1940	0.988	0.054	0.143	0.833	99.8
3.12-3.26	7	0.111	1948	0.987	0.045	0.12	0.849	99.9
3.26-3.44	6.9	0.086	1933	0.989	0.035	0.093	0.858	99.9
3.44-3.65	6.9	0.067	1943	0.993	0.027	0.072	0.837	99.9
3.65-3.93	6.9	0.054	1957	0.995	0.022	0.058	0.807	99.8
3.93-4.33	6.8	0.042	1946	0.995	0.017	0.046	0.666	99.9
4.33-4.95	7	0.037	1966	0.996	0.015	0.04	0.596	99.9
4.95-6.24	7.3	0.038	1968	0.995	0.015	0.041	0.583	99.9
6.24-50	6.8	0.036	2004	0.996	0.015	0.039	0.649	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2785→32.363 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.36 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2263	3470	4.96 %
R_work	0.18	66472	-
obs	0.1822	38572	90.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.99 Å² / B_iso mean: 45.2715 Å² / B_iso min: 6.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2785→32.363 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6738	0	0	198	6936
B_iso mean	-	-	-	36.76	-
残基数	-	-	-	-	866

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6931
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.594	9395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	1010
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1209
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.11	2494

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2785-2.3097	0.2518	59	0.2066	1364	1423	45
2.3097-2.3427	0.2497	88	0.2183	1906	1994	66
2.3427-2.3776	0.2878	118	0.2054	2141	2259	73
2.3776-2.4148	0.268	131	0.2061	2161	2292	75
2.4148-2.4543	0.2585	125	0.2154	2315	2440	79
2.4543-2.4967	0.2764	101	0.2129	2360	2461	81
2.4967-2.542	0.2861	149	0.2107	2545	2694	86
2.542-2.5909	0.2705	125	0.2072	2615	2740	89
2.5909-2.6438	0.244	155	0.2124	2743	2898	92
2.6438-2.7012	0.2548	106	0.2129	2779	2885	96
2.7012-2.764	0.2768	166	0.1938	2891	3057	98
2.764-2.8331	0.2337	146	0.1971	2879	3025	99
2.8331-2.9097	0.2438	155	0.1877	2926	3081	100
2.9097-2.9952	0.234	153	0.1941	2889	3042	99
2.9952-3.0918	0.2596	156	0.1886	2931	3087	100
3.0918-3.2022	0.2386	177	0.1913	2878	3055	100
3.2022-3.3303	0.2206	163	0.1907	2945	3108	100
3.3303-3.4817	0.2471	202	0.1792	2852	3054	100
3.4817-3.6651	0.2141	160	0.1664	2885	3045	99
3.6651-3.8943	0.1585	175	0.1543	2899	3074	99
3.8943-4.1944	0.2203	131	0.1504	2902	3033	99
4.1944-4.6155	0.1878	145	0.1475	2890	3035	99
4.6155-5.2808	0.2614	118	0.1634	2966	3084	100
5.2808-6.6438	0.1855	153	0.1946	2908	3061	100
6.6438-32.3663	0.1924	113	0.168	2902	3015	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3121	0.123	-0.0194	0.2057	0.094	0.0657	-0.0864	-0.0303	0.3143	0.0285	-0.1863	0.1539	0.4555	0.1828	-0.0058	0.8427	0.0704	-0.0821	0.6503	-0.0301	0.3385	142.2483	-14.7414	43.9709
2	0.0365	-0.0111	-0.0812	0.0226	0.075	0.3524	-0.0806	-0.0386	0.0036	-0.0719	-0.0578	-0.058	0.11	-0.2582	-0.3764	0.5426	-0.0175	-0.1143	0.3648	0.0246	0.0663	139.1949	-9.0174	32.4134
3	0.6854	-0.0205	-0.3575	1.0017	0.2818	0.6517	-0.0958	-0.0238	0.0126	0.0192	0.0573	0.0934	0.0911	-0.0258	-0.0144	0.0443	0.0232	0.0035	0.0468	0.0129	0.1214	138.6914	5.2624	2.74
4	0.8752	-0.2036	0.1384	0.326	0.1869	0.2147	0.7519	0.0376	0.0559	0.1159	-0.3917	0.0264	-0.5447	0.0887	0.1788	0.6181	-0.1254	0.075	0.632	0.0048	0.2525	120.4066	23.1776	-34.3969
5	1.0715	-0.1564	0.2749	0.9254	0.0334	0.544	-0.093	-0.0026	0.0067	-0.0202	0.0855	0.0052	-0.1028	-0.0106	-0.0008	0.0668	-0.0178	-0.0005	0.0714	-0.0023	0.0421	102.7064	8.6801	-3.3533

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 99 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 100 through 302 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 303 through 590 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid -5 through 124 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 125 through 590 )	B

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