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- PDB-5bp0: X-ray crystal structure of Lymnaea stagnalis acetylcholine bindin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bp0
タイトルX-ray crystal structure of Lymnaea stagnalis acetylcholine binding protein (Ls-AChBP) in complex with 5-Fluoronicotine (TI-4650)
要素Acetylcholine-binding protein
キーワードACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN / AChBP / nicotine / acetylcholine
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-fluoronicotine / PHOSPHATE ION / Acetylcholine-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bobango, J. / Sankaran, B. / Park, J.F. / Wu, J. / Talley, T.T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Comparisons of Binding Affinities for Neuronal Nicotinic Receptors (NNRs) and AChBPs
著者: Bobango, J. / Sankaran, B. / Park, J.F. / Wu, J. / Talley, T.T.
履歴
登録2015年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholine-binding protein
B: Acetylcholine-binding protein
C: Acetylcholine-binding protein
D: Acetylcholine-binding protein
E: Acetylcholine-binding protein
F: Acetylcholine-binding protein
G: Acetylcholine-binding protein
H: Acetylcholine-binding protein
I: Acetylcholine-binding protein
J: Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,42930
ポリマ－248,59510
非ポリマー2,83420
水5,927329
1
A: Acetylcholine-binding protein
B: Acetylcholine-binding protein
C: Acetylcholine-binding protein
D: Acetylcholine-binding protein
E: Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,11617
ポリマ－124,2975
非ポリマー1,81812
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15830 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area39110 Å2
手法PISA
2
F: Acetylcholine-binding protein
G: Acetylcholine-binding protein
H: Acetylcholine-binding protein
I: Acetylcholine-binding protein
J: Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,31313
ポリマ－124,2975
非ポリマー1,0168
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14840 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area39170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.470, 129.040, 122.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Acetylcholine-binding protein / AchBP


分子量: 24859.496 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / 細胞株 (発現宿主): HEK GNT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P58154
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-FN1 / 5-fluoronicotine / 3-fluoro-5-[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]pyridine


分子量: 180.222 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13FN2
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.26 M ammonium phosphate, 35% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 88 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月13日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→55.16 Å / Num. obs: 95633 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 42.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) all% possible all
2.4-2.466.50.82.74498669130.35198.2
10.73-55.167.10.04740.7793311160.01998.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
xia20.3.3.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 4ZJT & 4ZK1

4zjt

4zk1


解像度: 2.4→55.16 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 4792 5.01 %
Rwork0.198 --
obs0.2 95579 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→55.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15410 0 182 329 15921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115957
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27221873
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0395473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062802
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.42730.32841650.27622913X-RAY DIFFRACTION97
2.4273-2.45580.3141670.24992962X-RAY DIFFRACTION99
2.4558-2.48580.32611690.25913012X-RAY DIFFRACTION99
2.4858-2.51720.36171820.27082985X-RAY DIFFRACTION99
2.5172-2.55040.3261540.24813049X-RAY DIFFRACTION100
2.5504-2.58530.33091440.23963051X-RAY DIFFRACTION100
2.5853-2.62220.27231680.23462959X-RAY DIFFRACTION99
2.6222-2.66140.36071340.23143079X-RAY DIFFRACTION100
2.6614-2.7030.291770.22332948X-RAY DIFFRACTION99
2.703-2.74730.28021460.21643039X-RAY DIFFRACTION99
2.7473-2.79460.30641770.22762997X-RAY DIFFRACTION99
2.7946-2.84550.2951700.22983002X-RAY DIFFRACTION99
2.8455-2.90020.30251540.2312973X-RAY DIFFRACTION100
2.9002-2.95940.27591760.21833057X-RAY DIFFRACTION100
2.9594-3.02370.29841290.20183024X-RAY DIFFRACTION100
3.0237-3.09410.24131580.20373041X-RAY DIFFRACTION100
3.0941-3.17140.27851740.21293034X-RAY DIFFRACTION100
3.1714-3.25720.27681540.20753008X-RAY DIFFRACTION100
3.2572-3.3530.26121580.22213062X-RAY DIFFRACTION100
3.353-3.46120.2821670.21032997X-RAY DIFFRACTION100
3.4612-3.58490.24591580.19863050X-RAY DIFFRACTION100
3.5849-3.72840.24361510.19353065X-RAY DIFFRACTION100
3.7284-3.8980.23621710.18413006X-RAY DIFFRACTION100
3.898-4.10350.22681540.1853066X-RAY DIFFRACTION100
4.1035-4.36050.22281510.16333073X-RAY DIFFRACTION100
4.3605-4.6970.18951490.1483024X-RAY DIFFRACTION100
4.697-5.16940.19541450.16163087X-RAY DIFFRACTION100
5.1694-5.91660.19451570.17993072X-RAY DIFFRACTION100
5.9166-7.45140.231730.20113056X-RAY DIFFRACTION100
7.4514-55.17470.21141600.1933096X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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