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- PDB-5bnz: Crystal structure of Glutamine-tRNA ligase /Glutaminyl-tRNA synth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bnz
タイトルCrystal structure of Glutamine-tRNA ligase /Glutaminyl-tRNA synthetase (GlnRS) from Pseudomonas aeruginosa
要素Glutamine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / Pseudomonas aeruginosa / Glutamine--tRNA ligase / Glutaminyl-tRNA synthetase (GlnRS) / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamine-tRNA ligase / glutamine-tRNA ligase activity / glutaminyl-tRNA aminoacylation / glutamyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutamine-tRNA ligase, bacterial / Glutamine-tRNA synthetase / Glutamine-tRNA ligase, alpha-bundle domain superfamily / : / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Glutamyl-trna Synthetase; Domain 2 / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 3 / Glutamyl-tRNA Synthetase; Domain 3 / Ribosomal Protein L25; Chain P / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain ...Glutamine-tRNA ligase, bacterial / Glutamine-tRNA synthetase / Glutamine-tRNA ligase, alpha-bundle domain superfamily / : / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Glutamyl-trna Synthetase; Domain 2 / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 3 / Glutamyl-tRNA Synthetase; Domain 3 / Ribosomal Protein L25; Chain P / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / : / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / Ribosomal Protein L25; Chain P / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, catalytic domain / tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Glutamine-tRNA ligase /Glutaminyl-tRNA synthetase (GlnRS) from Pseudomonas aeruginosa
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description ...Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamine--tRNA ligase
B: Glutamine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,5138
ポリマ－128,0582
非ポリマー4556
水27,2751514
1
A: Glutamine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2564
ポリマ－64,0291
非ポリマー2283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glutamine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2564
ポリマ－64,0291
非ポリマー2283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.010, 56.020, 127.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.410, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Glutamine--tRNA ligase / Glutaminyl-tRNA synthetase / GlnRS


分子量: 64028.918 Da / 分子数: 2 / 断片: PsaeA.18222.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: glnS, PA1794 / プラスミド: PsaeA.18222.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I2U8, glutamine-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Microlytics , MCSG1 C2 opt: 100mM BisTris pH 6.5, 200mM Lithium-sulphate, 23% PEG 3350; PsaeA.18222.a.B1.PW37623 at 20 mg/ml + 2.5mM AMPPNP and MgCl2; cryo: 20% EG + AMPPNP/Gln in two steps; ...詳細: Microlytics , MCSG1 C2 opt: 100mM BisTris pH 6.5, 200mM Lithium-sulphate, 23% PEG 3350; PsaeA.18222.a.B1.PW37623 at 20 mg/ml + 2.5mM AMPPNP and MgCl2; cryo: 20% EG + AMPPNP/Gln in two steps; tray 262504b8, puck bfw9-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月26日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 119957 / Num. obs: 119747 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 11.71
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 3.31 / % possible all: 99.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
BALBES位相決定
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
PHENIXdev_2027精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1nyl

1nyl


解像度: 1.9→41.809 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2282 1999 1.67 %Random selection
Rwork0.1876 117728 --
obs0.1883 119727 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.37 Å2 / Biso mean: 22.6515 Å2 / Biso min: 7.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→41.809 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8607 0 22 1522 10151
Biso mean--52.37 32.31 -
残基数----1096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00612250
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4663380
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.94750.27591420.232883398481100
1.9475-2.00020.28791420.226283448486100
2.0002-2.0590.29891410.21783428483100
2.059-2.12550.25321430.206583638506100
2.1255-2.20140.2371410.206883648505100
2.2014-2.28960.27571430.19983508493100
2.2896-2.39380.23211410.190283898530100
2.3938-2.520.2351430.193783898532100
2.52-2.67780.25091440.195284238567100
2.6778-2.88450.21251420.190183708512100
2.8845-3.17470.22231420.184184488590100
3.1747-3.63390.21971450.171484548599100
3.6339-4.57740.18641430.154684908633100
4.5774-41.81960.20171470.18478663881099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2435-0.05220.22981.32950.57281.9160.02290.0502-0.0532-0.13720.01660.1090.0185-0.0193-0.03250.1022-0.01870.00030.09720.02750.0881147.8957-0.284743.3317
20.58980.8550.14172.54030.21140.2384-0.0764-0.01820.1139-0.38330.02740.2352-0.0396-0.06580.02920.1659-0.0155-0.01220.1383-0.00560.0987153.067522.993535.5398
30.23290.0634-0.65190.5946-0.55432.03840.00240.05620.0214-0.13390.09370.1217-0.08-0.1807-0.08990.1086-0.0213-0.02320.16120.03080.1418135.90830.70651.7064
41.56230.9539-1.01751.3411-0.75921.5303-0.0020.07490.03780.04110.02790.16720.082-0.05570.02140.1273-0.00910.04350.10960.03040.1577122.6309-23.72979.4561
50.7562-0.1078-0.12482.8319-0.41561.4488-0.00510.12890.1699-0.05760.05280.2036-0.0917-0.1661-0.03020.0793-0.01750.01880.16260.05950.1731130.8749-5.276467.363
61.41540.54420.2611.54610.33741.7671-0.0553-0.0499-0.00330.07440.0411-0.1592-0.0720.08660.020.09680.035-0.00120.0949-0.01160.104127.9823-10.66495.9898
70.25260.08290.17262.64360.84590.72780.011-0.0778-0.02880.27420.0712-0.33590.12490.0107-0.060.10730.0036-0.02260.1364-0.02740.1601136.1204-33.73770.9529
81.3541-0.4898-0.32850.46860.23980.3239-0.0525-0.12770.0060.12690.0592-0.13760.04640.02620.00510.15350.0318-0.02620.1579-0.01660.1119119.3322-11.407117.6968
91.5016-0.8461-1.06741.48750.91311.6869-0.0029-0.04350.13990.15150.04140.06430.02170.0324-0.06160.14730.03640.03990.1112-0.00650.130591.228312.994629.9055
101.4693-0.41310.05462.1506-0.18490.8156-0.0255-0.1748-0.06510.15830.04810.00340.15190.1027-0.0080.16570.05330.02210.1602-0.01590.0759103.5856-5.514822.0334
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 100 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 101 through 248 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 249 through 340 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 341 through 473 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 474 through 555 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 8 through 100 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 101 through 248 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 249 through 340 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 341 through 473 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 474 through 555 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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