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万見
- PDB-5bns: E. coli Fabh with small molecule inhibitor 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bns
タイトルE. coli Fabh with small molecule inhibitor 2
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Fabh / Fatty acid synthesis / anti-bacterials / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / fatty acid elongation / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4VM / Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kazmirski, S.L. / McKinney, D.C.
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2016
タイトル: Antibacterial FabH Inhibitors with Mode of Action Validated in Haemophilus influenzae by in Vitro Resistance Mutation Mapping.
著者: McKinney, D.C. / Eyermann, C.J. / Gu, R.F. / Hu, J. / Kazmirski, S.L. / Lahiri, S.D. / McKenzie, A.R. / Shapiro, A.B. / Breault, G.
履歴
登録2015年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0354
ポリマ－67,0942
非ポリマー9412
水10,863603
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.907, 66.878, 162.011
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III / KAS III / EcFabH


分子量: 33547.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: fabH, b1091, JW1077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A6R0, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: 化合物 ChemComp-4VM / 1-{5-[2-fluoro-5-(hydroxymethyl)phenyl]pyridin-2-yl}-N-(quinolin-6-ylmethyl)piperidine-4-carboxamide


分子量: 470.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H27FN4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 14% PEG 4000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 m Tris / PH範囲: 7.9-8.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→31.95 Å / Num. obs: 34647 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.78 % / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.28 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
AMoRE位相決定
精密化解像度: 2.2→31.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9389 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9034 / SU R Cruickshank DPI: 0.321 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.385 / SU Rfree Blow DPI: 0.264 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.252
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2871 1731 5 %RANDOM
Rwork0.2252 ---
obs0.2283 34633 96.05 %-
原子変位パラメータBiso max: 115.45 Å2 / Biso mean: 40.11 Å2 / Biso min: 17.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1802 Å20 Å20 Å2
2---2.0998 Å20 Å2
3---5.28 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.313 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→31.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4702 0 70 603 5375
Biso mean--38.85 49.72 -
残基数----634
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1645SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes113HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes780HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4865HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion673SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6171SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4865HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6625HARMONIC21.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.62
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 123 4.26 %
Rwork0.2171 2765 -
all0.2179 2888 -
obs--94.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37330.1181-0.04740.6655-0.13390.47310.0216-0.0348-0.00050.0321-0.03650.01780.0428-0.01140.0148-0.06770.0127-0.0078-0.0253-0.0009-0.06828.970118.588169.4272
20.44970.0690.15820.5933-0.20680.98020.00130.07620.1010.0105-0.0335-0.0267-0.08550.10550.0323-0.09820.0102-0.0035-0.01480.0303-0.060618.908939.046650.4031
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|317 }A1 - 317
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|317 }B1 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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