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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bmq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of L,D-transpeptidase (Yku) from Stackebrandtia nassauensis | ||||||
要素 | ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / L / D-transpeptidases / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / transferase activity / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Stackebrandtia nassauensis | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, C. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structures of L,D-transpeptidases (Yku) 著者: Chang, C. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5bmq.cif.gz | 106.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5bmq.ent.gz | 85.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5bmq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5bmq_validation.pdf.gz | 446 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5bmq_full_validation.pdf.gz | 446 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5bmq_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5bmq_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/5bmq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/5bmq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27033.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Stackebrandtia nassauensis (strain DSM 44728 / NRRL B-16338 / NBRC 102104 / LLR-40K-21) (バクテリア) 株: DSM 44728 / NRRL B-16338 / NBRC 102104 / LLR-40K-21 / 遺伝子: Snas_6095 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3Q1D9, 加水分解酵素 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DIO / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.05 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.5, 10% dioxane |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97899 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97899 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 30882 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 0.938 / Net I/av σ(I): 28.674 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 225239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→32.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.765 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.097 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.78 Å2 / Biso mean: 29.718 Å2 / Biso min: 14.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→32.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.047→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
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