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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bkn | ||||||
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タイトル | Crystallographic structure of a cubic crystal form of STMV (84.5 degree rotation) grown from chloride | ||||||
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![]() | VIRUS / anions / RNA / ion channel / fivefold vertex / crystallization | ||||||
機能・相同性 | Satellite virus coat domain superfamily / viral capsid / structural molecule activity / RNA / RNA (> 10) / Coat protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McPherson, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of additional crystal forms of Satellite tobacco mosaic virus grown from a variety of salts. 著者: McPherson, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 20分子 ABCDEFGHIJKLMNOGGHHIIJJKK
#1: タンパク質 | 分子量: 17533.949 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P17574 |
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-RNA鎖 , 10種, 19分子 PSaTVXYTTUUeqqhillmWWkknbb
#2: RNA鎖 | 分子量: 2588.689 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide octamer 由来: (天然) ![]() #3: RNA鎖 | | 分子量: 1930.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide hexamer 由来: (天然) ![]() #4: RNA鎖 | | 分子量: 2917.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide nonamer 由来: (天然) ![]() #5: RNA鎖 | 分子量: 3247.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide decamer 由来: (天然) ![]() #6: RNA鎖 | 分子量: 3629.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide dodecamer 由来: (天然) ![]() #7: RNA鎖 | | 分子量: 2098.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide heptamer 由来: (天然) ![]() #8: RNA鎖 | 分子量: 1792.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide hexamer 由来: (天然) ![]() #9: RNA鎖 | 分子量: 2710.535 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide nonamer 由来: (天然) ![]() #10: RNA鎖 | | 分子量: 2404.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide octamer 由来: (天然) ![]() #11: RNA鎖 | | 分子量: 3905.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide dodecamer 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 669分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#12: 化合物 | ChemComp-CL / #13: 化合物 | ChemComp-MG / #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 % / 解説: large octahedra |
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結晶化 | 温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates using .6 ml reservoirs. The drops were composed of equal volumes of a 5 mg/ml virus stock solution of 0.1 M phosphate at ...詳細: Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates using .6 ml reservoirs. The drops were composed of equal volumes of a 5 mg/ml virus stock solution of 0.1 M phosphate at pH 6.5, and the reservoir solution, which was 8% NaCl w/v in 0.1 M phosphate at pH 6.0. Crystallization was at 4 degrees C. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→75 Å / Num. obs: 85962 / % possible obs: 1 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 43.53 Å2 / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 21.2 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 7300 / CC1/2: 0.967 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4OQ8 解像度: 3→65.08 Å / SU ML: 0.3763 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.0308 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→65.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 89.4076366131 Å / Origin y: 175.216636296 Å / Origin z: 28.67716789 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |