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- PDB-5bkn: Crystallographic structure of a cubic crystal form of STMV (84.5 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bkn
タイトルCrystallographic structure of a cubic crystal form of STMV (84.5 degree rotation) grown from chloride
要素
  • Coat protein
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードVIRUS / anions / RNA / ion channel / fivefold vertex / crystallization
機能・相同性Satellite virus coat domain superfamily / viral capsid / structural molecule activity / RNA / RNA (> 10) / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者McPherson, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Structures of additional crystal forms of Satellite tobacco mosaic virus grown from a variety of salts.
著者: McPherson, A.
履歴
登録2021年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
S: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
T: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
V: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Y: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
a: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
e: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
h: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
i: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
m: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
n: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
TT: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
UU: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
WW: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
bb: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
kk: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ll: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
qq: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)404,92579
ポリマ－403,66339
非ポリマー1,26240
水11,331629
1
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
S: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
T: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
V: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Y: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
a: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
e: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
h: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
i: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
m: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
n: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
TT: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
UU: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
WW: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
bb: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
kk: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ll: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
qq: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子

A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
S: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
T: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
V: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Y: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
a: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
e: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
h: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
i: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
m: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
n: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
TT: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
UU: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
WW: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
bb: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
kk: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ll: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
qq: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子

A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
N: Coat protein
O: Coat protein
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
S: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
T: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
V: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
X: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Y: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
a: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
e: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
h: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
i: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
m: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
n: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
GG: Coat protein
HH: Coat protein
II: Coat protein
JJ: Coat protein
KK: Coat protein
TT: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
UU: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
WW: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
bb: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
kk: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ll: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
qq: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,214,776237
ポリマ－1,210,990117
非ポリマー3,786120
水2,000111
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)234.650, 234.650, 234.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number195
Space group name H-MP23
Space group name HallP223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11KK-201-

CL

21L-332-

HOH

31JJ-311-

HOH

41bb-204-

HOH

51bb-208-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 20分子 ABCDEFGHIJKLMNOGGHHIIJJKK

#1: タンパク質
Coat protein


分子量: 17533.949 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
参照: UniProt: P17574

-
RNA鎖 , 10種, 19分子 PSaTVXYTTUUeqqhillmWWkknbb

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 2588.689 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide octamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1930.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide hexamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 2917.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide nonamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
#5: RNA鎖
RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 3247.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide decamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
#6: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 3629.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide dodecamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
#7: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 2098.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide heptamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
#8: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 1792.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide hexamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
#9: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 2710.535 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide nonamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
#10: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 2404.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA uridine nucleotide octamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)
#11: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 3905.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: arbitrary RNA adenine nucleotide dodecamer
由来: (天然) Satellite tobacco mosaic virus (ウイルス)

-
非ポリマー , 3種, 669分子

#12: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 % / 解説: large octahedra
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates using .6 ml reservoirs. The drops were composed of equal volumes of a 5 mg/ml virus stock solution of 0.1 M phosphate at ...詳細: Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion in Cryschem plates using .6 ml reservoirs. The drops were composed of equal volumes of a 5 mg/ml virus stock solution of 0.1 M phosphate at pH 6.5, and the reservoir solution, which was 8% NaCl w/v in 0.1 M phosphate at pH 6.0. Crystallization was at 4 degrees C.

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→75 Å / Num. obs: 85962 / % possible obs: 1 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 43.53 Å2 / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 3→3.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 7300 / CC1/2: 0.967

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OQ8

4oq8


解像度: 3→65.08 Å / SU ML: 0.3763 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.0308
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2551 4512 5.27 %
Rwork0.2078 81137 -
obs0.2103 85649 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→65.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22508 2974 40 629 26151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005526752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.823537158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05874454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00684319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.923610266
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.030.3751520.32772618X-RAY DIFFRACTION97.67
3.03-3.070.34021260.29572702X-RAY DIFFRACTION98.98
3.07-3.110.32461600.2882668X-RAY DIFFRACTION99.65
3.11-3.150.32251330.26542690X-RAY DIFFRACTION99.96
3.15-3.190.32871570.26362680X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.230.29561360.23842728X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.280.30851550.25042706X-RAY DIFFRACTION99.97
3.28-3.330.31911690.23932695X-RAY DIFFRACTION99.97
3.33-3.380.30741630.23932624X-RAY DIFFRACTION99.82
3.38-3.430.3241690.24022714X-RAY DIFFRACTION99.83
3.43-3.490.30341390.23132697X-RAY DIFFRACTION99.89
3.49-3.560.29141240.23342722X-RAY DIFFRACTION99.89
3.56-3.620.28821570.22472698X-RAY DIFFRACTION99.72
3.62-3.70.26431370.20712668X-RAY DIFFRACTION99.82
3.7-3.780.26221690.2072740X-RAY DIFFRACTION99.66
3.78-3.870.22351350.19042675X-RAY DIFFRACTION99.4
3.87-3.960.23751460.18482662X-RAY DIFFRACTION99.26
3.96-4.070.2541560.18622702X-RAY DIFFRACTION99.2
4.07-4.190.23211140.17922743X-RAY DIFFRACTION98.96
4.19-4.320.1941440.17992666X-RAY DIFFRACTION98.8
4.33-4.480.23291920.16262676X-RAY DIFFRACTION99.41
4.48-4.660.18681660.15252668X-RAY DIFFRACTION99.37
4.66-4.870.2171770.15782677X-RAY DIFFRACTION98.89
4.87-5.130.1971670.15632667X-RAY DIFFRACTION99.61
5.13-5.450.23351090.18532773X-RAY DIFFRACTION99.93
5.45-5.870.22761690.19212730X-RAY DIFFRACTION99.93
5.87-6.460.25231330.21142775X-RAY DIFFRACTION100
6.46-7.390.24511580.21132752X-RAY DIFFRACTION100
7.4-9.30.21771340.19482786X-RAY DIFFRACTION100
9.31-65.080.24251660.23672835X-RAY DIFFRACTION98.3
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 89.4076366131 Å / Origin y: 175.216636296 Å / Origin z: 28.67716789 Å
111213212223313233
T0.283656331782 Å2-0.0632675932198 Å2-3.67895244569E-5 Å2-0.348031308145 Å20.0355294637125 Å2--0.10401325559 Å2
L0.214864806811 °20.0693341308798 °2-0.119754852656 °2-0.253956094684 °20.0482804939303 °2--0.242766880491 °2
S-0.0400117127796 Å °0.223253053268 Å °0.019638882457 Å °-0.201609984806 Å °0.0605837168585 Å °-0.0622211452562 Å °-0.112102835209 Å °0.0433438554644 Å °0.00951598125889 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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