PDB-5bk5: Crystal structure of the anti-circumsporozoite protein 663 germli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bk5

タイトル

Crystal structure of the anti-circumsporozoite protein 663 germline antibody

要素

663 germline antibody, heavy chain
663 germline antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Circumsporozoite protein / Fab

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Scally, S.W. / Bosch, A. / Triller, G. / Wardemann, H. / Julien, J.P.

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2017
タイトル: Natural Parasite Exposure Induces Protective Human Anti-Malarial Antibodies.
著者: Triller, G. / Scally, S.W. / Costa, G. / Pissarev, M. / Kreschel, C. / Bosch, A. / Marois, E. / Sack, B.K. / Murugan, R. / Salman, A.M. / Janse, C.J. / Khan, S.M. / Kappe, S.H.I. / Adegnika, ...

履歴

登録	2017年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5bk5_validation.pdf.gz	498.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bk5_full_validation.pdf.gz	512.2 KB	表示
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CIF形式データ	5bk5_validation.cif.gz	78.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/5bk5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/5bk5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5bk0C 5bk3C 6azmC 6azxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yhy-2 5ezl-2 1cly-d 5mx3-1 5eoq-d 2orb-2 5v7r-d 6y1n-d 4nrx-3 1vpo-d 5mp5-2 6azx-2 5wuv-d 1hq4-1 4kvc-d 4r7n-6 4odu-1 6x1s-2 3qg7-d 6x1v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

B: 663 germline antibody, heavy chain

H: 663 germline antibody, heavy chain

A: 663 germline antibody, light chain

G: 663 germline antibody, light chain

D: 663 germline antibody, heavy chain

F: 663 germline antibody, heavy chain

C: 663 germline antibody, light chain

E: 663 germline antibody, light chain

ヘテロ分子

192 kDa, 8 ポリマー
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1

B: 663 germline antibody, heavy chain

A: 663 germline antibody, light chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48 kDa, 2 ポリマー
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2

H: 663 germline antibody, heavy chain

G: 663 germline antibody, light chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.9 kDa, 2 ポリマー
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3

D: 663 germline antibody, heavy chain

C: 663 germline antibody, light chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48 kDa, 2 ポリマー
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4

F: 663 germline antibody, heavy chain

E: 663 germline antibody, light chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.177, 134.171, 111.796
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.24, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	663 germline antibody, heavy chain 分子量: 23606.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	663 germline antibody, light chain 分子量: 23980.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 200 mM MgCl2, 20% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→40 Å / Num. obs: 36998 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.6 % / R_pim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 6.41
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3460 / R_pim(I) all: 0.422 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
SHELXPREP		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 663 Fab

解像度: 3→39.038 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.47

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3142	1847	5 %
R_work	0.2569	-	-
obs	0.2598	36970	98.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→39.038 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12886	0	84	0	12970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	13256
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.786	18058
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.156	7880
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	2072
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2294

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.0811	0.4394	141	0.3585	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0811-3.1717	0.3937	143	0.3193	2709	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1717-3.274	0.3911	141	0.3069	2674	X-RAY DIFFRACTION	98
3.274-3.391	0.354	142	0.3047	2704	X-RAY DIFFRACTION	99
3.391-3.5267	0.3578	141	0.2869	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5267-3.6871	0.3219	141	0.2685	2683	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6871-3.8813	0.3118	143	0.2564	2710	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8813-4.1242	0.2937	143	0.2495	2707	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1242-4.4423	0.2829	141	0.219	2682	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4423-4.8885	0.2908	142	0.2105	2717	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8885-5.5942	0.2578	143	0.2167	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5942-7.0413	0.3125	142	0.2566	2720	X-RAY DIFFRACTION	98
7.0413-39.0414	0.2757	144	0.242	2752	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8272	-0.1078	0.9714	1.517	1.1176	2.5732	0.3009	-0.1043	0.3579	-0.5052	-0.1991	-0.7157	-0.7217	0.3325	-0.135	0.4182	-0.1543	0.0144	0.3466	0.0381	0.4536	74.6853	-10.0299	127.1929
2	5.3494	0.5596	-0.5522	4.3471	-1.7364	4.583	-0.0258	0.2708	0.6071	-0.4136	-0.2933	-0.5035	-0.0811	0.4945	0.4601	0.3257	0.0459	-0.1084	0.3941	0.0822	0.4903	77.5743	-9.0607	135.4874
3	3.1565	0.2563	-0.4798	3.2878	0.9939	4.7869	-0.0167	-0.4036	0.4766	0.0245	-0.1069	-1.0484	0.0268	0.5392	0.0764	0.3791	0.0373	-0.1003	0.3218	0.0076	0.651	80.3776	-12.461	136.605
4	0.0038	0.0416	-0.0071	0.1707	-0.0238	0.006	-0.3013	0.5312	-0.0696	-0.4687	0.0508	-0.001	0.29	-0.0331	0.1613	0.5503	-0.1735	-0.0242	0.3524	0.0126	0.3358	66.6505	-17.5275	119.588
5	2.1439	-0.3854	-1.2955	0.8947	0.3651	2.3678	0.0825	-0.2492	0.7393	0.147	0.1356	-0.0455	0.1381	-0.1215	-0.267	0.3767	-0.1023	-0.1444	0.3295	-0.059	0.5049	50.0286	-9.3222	122.7931
6	6.6374	-0.332	-1.2893	1.3768	1.1793	3.3104	0.1196	0.3042	1.1301	-0.4204	-0.4531	0.1649	-0.527	-0.1787	0.2537	0.586	-0.1366	-0.1305	0.3173	-0.0768	0.3592	43.8432	-2.4928	125.2291
7	3.2546	-1.9091	-0.5206	1.202	0.0032	1.028	0.3134	0.0217	0.8519	-0.1589	0.0764	0.3489	-0.0949	0.2688	-0.3252	0.3445	-0.0654	-0.1296	0.3985	-0.0405	0.8955	53.6246	-3.2306	116.7757
8	2.9299	0.0441	0.9649	0.6624	1.3753	3.141	0.2196	-0.1549	0.1283	0.2547	-0.2064	0.5408	-0.2392	-0.0654	0.0293	0.3271	-0.0681	-0.041	0.2644	-0.1184	0.3241	39.4242	-7.8766	91.2641
9	4.848	0.3696	0.5617	3.2751	0.426	3.9817	-0.0885	0.1667	0.6364	0.4558	-0.4021	0.9063	-0.3807	-0.1953	0.3303	0.3484	-0.0176	-0.0837	0.3305	-0.0602	0.5895	34.1654	-7.5411	80.6016
10	5.4922	0.1796	-0.1996	2.2628	-0.3512	5.308	0.1952	-0.2144	0.2243	0.0317	-0.4056	0.2514	0.3485	-0.9982	0.238	0.3606	-0.1343	-0.2242	0.3432	-0.0981	0.6843	30.2057	-14.1506	82.9875
11	2.1683	0.8587	-1.0449	2.4633	-2.0207	4.0476	-0.1134	0.1214	0.6503	-0.0173	-0.3173	0.4333	-0.3229	-0.0281	0.4133	0.339	-0.0898	-0.2406	0.4	0.0261	0.5325	35.3849	-7.9497	83.9856
12	0.708	-0.0667	-0.0636	1.4222	0.4037	1.5836	-0.0026	0.0802	0.4975	0.0768	-0.1289	0.0692	-0.4272	-0.1405	0.0557	0.4176	-0.0463	-0.0407	0.2881	0.2365	0.707	43.77	-6.8031	86.2514
13	0.3886	-0.7092	-0.1027	1.4074	-0.1488	1.2539	0.1767	0.0075	0.2256	-0.2312	0.077	-0.3118	-0.3218	0.3289	-0.1022	0.3391	0.2024	-0.1048	-0.0084	-0.0461	0.9677	67.4938	-7.8778	98.503
14	0.5125	0.0733	-0.5689	0.7388	0.0109	0.7956	0.2767	-0.0337	1.0898	-0.0703	-0.0226	0.2224	-0.1517	0.1168	-0.3073	0.366	0.0759	-0.0844	0.2671	0.022	0.7796	59.6597	-2.2274	93.5842
15	2.7831	0.5586	-1.4673	7.9108	-2.7533	3.6619	0.4114	0.3387	0.7752	0.0454	0.1954	0.2283	0.4525	0.0639	-0.523	0.4419	0.1261	-0.1044	0.2828	-0.0189	0.5684	62.9258	-11.8999	93.0762
16	2.5634	1.3697	0.169	2.4068	-0.3962	1.1408	0.3975	-0.3113	1.0244	-0.2834	-0.2328	-0.7521	-0.3274	-0.0282	-0.1381	0.5879	0.1351	0.0158	0.4002	-0.0806	1.3581	64.6804	0.8202	99.3861
17	3.6981	3.3878	1.1807	7.4122	0.7932	2.3124	0.3693	-0.1793	-0.0368	0.4509	-0.0878	-0.2089	0.2478	0.0345	-0.2845	0.5363	0.0287	-0.106	0.2952	-0.2255	1.1478	62.4986	-2.2422	104.6012
18	2.0071	-3.6527	-0.0731	3.6982	0.7645	3.8464	-0.5845	-0.5427	-0.7179	0.3107	0.3609	-0.4344	0.5452	-0.2207	0.2071	0.6183	-0.0661	-0.0643	0.3395	0.0996	0.7127	62.125	-18.712	153.7783
19	1.854	0.2231	-1.5002	4.493	0.4736	1.268	0.2043	-0.2964	-0.2132	0.1206	-0.3895	-0.2679	0.1555	0.0436	0.0598	0.3721	-0.0202	-0.1555	0.4649	-0.0347	0.3562	73.2393	-12.1786	151.7918
20	6.5384	0.9556	1.0705	1.9062	0.4591	4.8807	0.0168	-0.7769	0.2228	0.1898	-0.2194	-0.0319	0.2305	0.1744	0.2944	0.3527	-0.0544	-0.0422	0.3778	0.0785	0.3972	66.0354	-9.6878	155.1369
21	2.905	0.3194	0.0954	1.0756	-0.391	1.0805	-0.4092	-0.6672	-0.2689	0.318	-0.0997	-0.3618	0.4544	-0.131	0.3017	0.5819	0.1718	-0.0625	0.519	-0.3265	0.2997	61.6573	-15.9699	147.1093
22	2.0978	-0.8021	-0.1473	2.6337	0.9433	5.6004	-0.0143	-0.2068	0.218	0.1382	-0.002	0.2813	-0.3273	-0.0052	0.0362	0.2027	-0.0039	0.0061	0.2049	-0.0723	0.3056	40.7975	-18.1139	125.2514
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精密化 TLSグループ

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14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 146 through 165 )
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24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'A' and (resid 198 through 214 )
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32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 129 through 150 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 151 through 187 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 188 through 212 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 1 through 17 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 18 through 33 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 34 through 72 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resid 73 through 87 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'D' and (resid 88 through 99 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'D' and (resid 100 through 106 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'D' and (resid 107 through 145 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'D' and (resid 146 through 165 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'D' and (resid 166 through 193 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'D' and (resid 194 through 213 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 1 through 33 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 34 through 60 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 61 through 99 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 100 through 106 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 107 through 165 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 166 through 213 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'C' and (resid 1 through 32 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'C' and (resid 33 through 113 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'C' and (resid 114 through 212 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'E' and (resid 1 through 25 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'E' and (resid 26 through 61 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'E' and (resid 62 through 113 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'E' and (resid 114 through 163 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'E' and (resid 164 through 197 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'E' and (resid 198 through 214 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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