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- PDB-5b8b: Crystal structure of reduced chimeric E.coli AhpC1-186-YFSKHN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b8b
タイトルCrystal structure of reduced chimeric E.coli AhpC1-186-YFSKHN
要素Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alkylhydroperoxide reductase / AhpC / Peroxiredoxins / chimeric
機能・相同性
機能・相同性情報


response to alkyl hydroperoxide / respiratory burst involved in inflammatory response / alkyl hydroperoxide reductase complex / hydroperoxide reductase activity / NADH-dependent peroxiredoxin / cellular response to sulfate starvation / NADH-dependent peroxiredoxin activity / negative regulation of T cell differentiation / leukocyte activation / siderophore biosynthetic process ...response to alkyl hydroperoxide / respiratory burst involved in inflammatory response / alkyl hydroperoxide reductase complex / hydroperoxide reductase activity / NADH-dependent peroxiredoxin / cellular response to sulfate starvation / NADH-dependent peroxiredoxin activity / negative regulation of T cell differentiation / leukocyte activation / siderophore biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / thioredoxin peroxidase activity / defense response to tumor cell / response to hydroperoxide / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / Detoxification of Reactive Oxygen Species / antioxidant activity / T cell homeostasis / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / thymus development / hydrogen peroxide catabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / peroxidase activity / response to oxidative stress / cellular response to oxidative stress / regulation of apoptotic process / response to lipopolysaccharide / positive regulation of MAPK cascade / negative regulation of apoptotic process / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin ...Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkyl hydroperoxide reductase C / Peroxiredoxin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kamariah, N. / Sek, M.F. / Eisenhaber, B. / Eisenhaber, F. / Gruber, G.
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Transition steps in peroxide reduction and a molecular switch for peroxide robustness of prokaryotic peroxiredoxins.
著者: Kamariah, N. / Sek, M.F. / Eisenhaber, B. / Eisenhaber, F. / Gruber, G.
#1: ジャーナル: Acta Cryst D / 年: 2014
タイトル: The ups and downs in AhpF: Structure, mechanism and ensemble formation of the Alkylhydroperoxide Reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
著者: Dip, P.V. / Kamariah, N. / Manimekalai, M.S.S. / Nartey, W. / Balakrishna, A.M. / Eisenhaber, F. / Eisenhaber, B. / Gruber, G.
履歴
登録2016年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
I: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
J: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
F: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
G: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
H: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,86624
ポリマ－214,52110
非ポリマー1,34514
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.494, 135.654, 106.489
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 160 / Label seq-ID: 1 - 160

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CE
4DF
5EH
6FG
7GI
8HJ
9IC
10JD

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.407122, -0.866027, -0.290256), (-0.864603, -0.46786, 0.183221), (-0.294473, 0.176363, -0.939245)122.61417, 190.8903, 25.52711
3given(0.421763, 0.544724, 0.724839), (0.038971, 0.787791, -0.614709), (-0.905868, 0.287509, 0.311033)-75.82171, 40.78556, -5.68726
4given(0.436168, -0.581192, 0.687003), (-0.583011, -0.764062, -0.276238), (0.68546, -0.280044, -0.672101)64.23018, 234.28349, 64.16537
5given(0.484793, 0.045585, -0.87344), (0.47045, 0.828282, 0.304346), (0.737328, -0.558455, 0.3801)20.91525, 9.6996, 74.60953
6given(-0.466715, -0.517387, -0.717278), (-0.469069, -0.542748, 0.696706), (-0.749768, 0.661616, 0.010619)99.51662, 183.14513, -48.2071
7given(-0.999161, -0.030495, 0.027333), (0.040522, -0.832644, 0.552324), (0.005915, 0.552969, 0.833181)31.09749, 215.11931, -63.90782
8given(-0.459341, 0.525082, -0.716446), (0.830765, 0.539427, -0.13729), (0.314382, -0.658261, -0.684)-29.69081, 48.34546, 114.954
9given(-0.441422, 0.858267, 0.261772), (0.563009, 0.492082, -0.663985), (-0.69869, -0.145718, -0.700428)-91.80576, 70.97549, 66.38319
10given(-0.438604, -0.044551, 0.897575), (-0.005183, -0.998628, -0.052099), (0.898665, -0.027503, 0.437772)5.68661, 249.37231, 4.02761

-
要素

#1: タンパク質
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2 / Alkyl hydroperoxide reductase protein C22 / Peroxiredoxin / SCRP-23 / Sulfate starvation-induced ...Alkyl hydroperoxide reductase protein C22 / Peroxiredoxin / SCRP-23 / Sulfate starvation-induced protein 8 / SSI8 / Thioredoxin peroxidase


分子量: 21452.109 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP RESIDUES 1-186,UNP RESIDUES 193-198 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of E.coli AhpC (residues 1-186) and human Prx2 (residues 193-198)
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: K12 / 遺伝子: ahpC, b0605, JW0598, PRDX2, NKEFB, TDPX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AE08, UniProt: P32119, peroxiredoxin
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 100 mM MES pH 6.5, 5% Dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.999999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月16日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 44808 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 2.9 % / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N8J

1n8j


解像度: 3.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.847 / SU B: 61.738 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.529 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28366 2147 5 %RANDOM
Rwork0.24858 ---
obs0.25033 40616 88.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 81.836 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20 Å22.24 Å2
2---0.99 Å2-0 Å2
3----1.32 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13005 0 70 19 13094
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01913357
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9461.9418097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.816328470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.57851639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.48424.59647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.149152205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4091560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21990
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023089
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3945.2136586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3945.2136585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7227.8178215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.7227.8178216
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.255.2796771
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.245.2226716
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.4667.8269799
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.76940.50814067
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.76840.50914068
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2468 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.570.5
Bmedium positional0.410.5
Cmedium positional0.440.5
Dmedium positional0.480.5
Emedium positional0.390.5
Fmedium positional0.380.5
Gmedium positional0.440.5
Hmedium positional0.360.5
Imedium positional0.370.5
Jmedium positional0.390.5
Amedium thermal2.372
Bmedium thermal2.792
Cmedium thermal2.932
Dmedium thermal2.512
Emedium thermal2.052
Fmedium thermal3.052
Gmedium thermal2.952
Hmedium thermal3.22
Imedium thermal3.342
Jmedium thermal1.892
LS精密化 シェル解像度: 3.102→3.182 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 101 -
Rwork0.338 2076 -
obs--61.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.94670.6183-2.14131.1113-0.39554.4033-0.00250.0110.4411-0.0950.2028-0.29780.17910.1187-0.20030.2641-0.0785-0.22290.12020.04550.554854.8718111.431823.7343
22.197-0.95272.07424.1041-0.07134.15730.359-0.0193-0.14830.2556-0.3799-0.58150.210.27930.02090.2834-0.0581-0.17760.21060.10840.282441.526495.59916.4987
35.8665-1.4558-1.09122.00941.06733.5394-0.0672-0.6890.3105-0.07990.2219-0.6242-0.22260.3745-0.15470.4571-0.0338-0.25620.2258-0.10770.432427.232113.835-17.843
45.2384-1.0621-2.11982.93871.16284.4844-0.0205-0.65150.14840.30180.0701-0.08710.09440.3906-0.04960.33160.0383-0.31120.24560.01890.37580.313109.823-17.252
54.0356-0.9175-0.03593.405-0.82123.75930.03730.39770.0408-0.2818-0.2752-0.00190.16120.16850.23790.1886-0.0059-0.08620.07620.05110.0999-15.146138.387-6.996
64.218-1.6401-0.49015.07280.73880.944-0.05880.2489-0.0359-0.2691-0.10230.1283-0.0667-0.13290.16110.27280.0244-0.15210.037-0.03630.106-27.464134.38416.788
72.2723-0.0528-0.41952.26681.99756.2201-0.0474-0.0742-0.0384-0.0169-0.02210.2429-0.0681-0.54520.06950.112-0.0138-0.08430.14920.13650.2336-12.62151.91141.026
82.1777-1.8531-0.54866.07111.6372.72680.2060.1829-0.07540.089-0.12740.2063-0.0204-0.0954-0.07850.1762-0.0088-0.11230.02280.02150.1103-3.021135.07260.095
92.92720.65131.85173.05660.74022.931-0.0073-0.51130.15170.4437-0.1318-0.2172-0.3461-0.25840.13910.5236-0.0457-0.24730.18070.07230.206130.556135.44560.752
106.23970.64850.94382.4989-0.12083.0232-0.3637-0.33140.39720.12580.26350.1038-0.2108-0.1870.10020.41730.0458-0.16850.13080.04230.131139.965110.62354.703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 164
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 162
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 162
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 164
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 165
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 163
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 162
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 165
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 161
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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