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万見
- PDB-5b88: RRM-like domain of DEAD-box protein, CsdA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b88
タイトルRRM-like domain of DEAD-box protein, CsdA
要素ATP-dependent RNA helicase DeaD
キーワードRNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA strand annealing activity / mRNA stabilization / RNA catabolic process / cellular response to cold / response to cold / positive regulation of translation / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / RNA helicase activity / RNA helicase ...RNA strand annealing activity / mRNA stabilization / RNA catabolic process / cellular response to cold / response to cold / positive regulation of translation / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / RNA helicase activity / RNA helicase / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cold-shock protein, DEAD box A, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase DeaD / CsdA, RNA recognition motif / DeaD helicase C-terminal disordered region / RNA helicase DeaD dimerization domain / DEAD box helicase DbpA/CsdA, RNA-binding domain / DbpA RNA binding domain / : / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site ...Cold-shock protein, DEAD box A, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase DeaD / CsdA, RNA recognition motif / DeaD helicase C-terminal disordered region / RNA helicase DeaD dimerization domain / DEAD box helicase DbpA/CsdA, RNA-binding domain / DbpA RNA binding domain / : / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase DeaD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Xu, L. / Peng, J. / Zhang, J. / Wu, J. / Tang, Y. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Insights into the Structure of Dimeric RNA Helicase CsdA and Indispensable Role of Its C-Terminal Regions.
著者: Xu, L. / Wang, L. / Peng, J. / Li, F. / Wu, L. / Zhang, B. / Lv, M. / Zhang, J. / Gong, Q. / Zhang, R. / Zuo, X. / Zhang, Z. / Wu, J. / Tang, Y. / Shi, Y.
履歴
登録2016年6月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DeaD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4491
ポリマ－9,4491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6100 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DeaD / Cold-shock DEAD box protein A / Translation factor W2


分子量: 9448.825 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM-like domain, UNP residues 482-564 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: deaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A9P6, RNA helicase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC
132isotropic13D CBCA(CO)NH
142isotropic13D C(CO)NH
152isotropic13D HBHA(CO)NH
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
172isotropic13D HN(CA)CB
182isotropic13D 1H-15N NOESY
191isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RRM-like domain, 100% D2O15N,13C_SD2O100% D2O
solution21 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RRM-like domain, 90% H2O/10% D2O15N,13C_SH2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMRRM-like domain[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1 mMRRM-like domain[U-99% 13C; U-99% 15N]2
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 bar / 温度: 25 C

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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