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万見
- PDB-5b7j: Structure model of Sap1-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b7j
タイトルStructure model of Sap1-DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*TP*T)-3')
  • Switch-activating protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / protein (タンパク質) / DNA (デオキシリボ核酸) / interaction / complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


site-specific DNA replication termination / mitotic pre-replicative complex assembly / replication fork arrest at rDNA repeats / rDNA spacer replication fork barrier binding / gene conversion at mating-type locus / DNA binding, bending / chromosome segregation / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / クロマチン ...site-specific DNA replication termination / mitotic pre-replicative complex assembly / replication fork arrest at rDNA repeats / rDNA spacer replication fork barrier binding / gene conversion at mating-type locus / DNA binding, bending / chromosome segregation / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / クロマチン / DNA binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
: / Switch activating protein 1, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Switch-activating protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Jin, C. / Hu, Y. / Ding, J. / Zhang, Y.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Sap1 is a replication-initiation factor essential for the assembly of pre-replicative complex in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe
著者: Guan, L. / He, P. / Yang, F. / Zhang, Y. / Hu, Y. / Ding, J. / Hua, Y. / Zhang, Y. / Ye, Q. / Hu, J. / Wang, T. / Jin, C. / Kong, D.
履歴
登録2016年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Switch-activating protein 1
B: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5693
ポリマ－20,5693
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3380 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10790 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Switch-activating protein 1


分子量: 13248.225 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-135 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: sap1, SPCC1672.02c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40847
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*TP*T)-3')


分子量: 3638.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*G)-3')


分子量: 3682.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
171isotropic13D CBCA(CO)NH
181isotropic13D HN(CA)CB
1121isotropic13D HNCO
192isotropic12D 1H-15N HSQC
152isotropic13D CBCA(CO)NH
162isotropic13D HN(CA)CB
1102isotropic13D HNCO
1112isotropic13D HNCA
122isotropic33D 1H-15N NOESY
132isotropic33D 1H-13C NOESY
1132isotropic33D filtered NOESY
143isotropic32D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-99% 15N][U-99% 13C; U-99% 15N] Sap1, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O15N/13C_sap190% H2O/10% D2O
solution30.5 mM DNA (5'-CAAAACAATATT-3'), 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O1H_DNA90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Sap1, 0.7 mM DNA (5'-CAAAACAATATT-3'), 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O15N/13C_complex90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMSap1[U-99% 15N][U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
0.5 mMDNA (5'-CAAAACAATATT-3')natural abundance3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
0.5 mMSap1[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.7 mMDNA (5'-CAAAACAATATT-3')natural abundance2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
試料状態イオン強度: 60 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9503

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
詳細: The structure model of the Sap1-DNA complex was derived based on the crystal structure of Sap1, the B-form DNA model based on the 3D-DART server, and the experimentally obtained inter- ...詳細: The structure model of the Sap1-DNA complex was derived based on the crystal structure of Sap1, the B-form DNA model based on the 3D-DART server, and the experimentally obtained inter-molecular distance restraints from NMR NOESY spectra.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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