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- PDB-5b6f: Crystal structure of the Fab fragment of an anti-Leukotriene C4 m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b6f
タイトルCrystal structure of the Fab fragment of an anti-Leukotriene C4 monoclonal antibody complexed with LTC4
要素(anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBLIN / ANTI-LEUKOTRIENE C4 ANTIBODY / LEUKOTRIENE C4 / FAB FRAGMENT
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-LTX
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sugahara, M. / Ago, H. / Saino, H. / Miyano, M.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and TechnologyS1311005 日本
RIKEN 日本
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Fab fragment of an anti-Leukotriene C4 monoclonal antibody complexed with LTC4
著者: Sugahara, M. / Ago, H. / Saino, H. / Miyano, M. / Yamamoto, S. / Takahashi, Y.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Y54(L)W Mutation of Anti-leukotriene C4 Single-chain Antibody Increases Affinity to Leukotriene E4
著者: Kawakami, Y. / Kinoshita, M. / Mori, Y. / Okochi, S. / Hirano, S. / Shimoda, I. / Kanzaki, K. / Suzuki-Yamamoto, T. / Kimotoi, M. / Hori, T.
履歴
登録2016年5月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年7月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Experimental preparation / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_poly ...entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / exptl_crystal / exptl_crystal_grow / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq
Item: _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code ..._entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin kappa light chain
B: anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin gamma1 heavy chain
C: anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin kappa light chain
D: anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin gamma1 heavy chain
E: anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin kappa light chain
F: anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin gamma1 heavy chain
G: anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin kappa light chain
H: anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin gamma1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,52022
ポリマ－208,6608
非ポリマー3,86014
水22,6811259
1
A: anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin kappa light chain
B: anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin gamma1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0825
ポリマ－52,1652
非ポリマー9173
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
2
C: anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin kappa light chain
D: anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin gamma1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1786
ポリマ－52,1652
非ポリマー1,0134
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
3
E: anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin kappa light chain
F: anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin gamma1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0825
ポリマ－52,1652
非ポリマー9173
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
4
G: anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin kappa light chain
H: anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin gamma1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1786
ポリマ－52,1652
非ポリマー1,0134
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.600, 173.980, 75.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: 抗体
anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin kappa light chain


分子量: 26369.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA
#2: 抗体
anti-leukotriene C4 monoclonal antibody immunoglobulin gamma1 heavy chain


分子量: 25795.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA

-
非ポリマー , 4種, 1273分子

#3: 化合物
ChemComp-LTX / (5~{S},6~{R},7~{E},9~{E},11~{Z},14~{Z})-6-[(2~{R})-2-[[(4~{S})-4-azanyl-5-oxidanyl-5-oxidanylidene-pentanoyl]amino]-3-(2-hydroxy-2-oxoethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]sulfanyl-5-oxidanyl-icosa-7,9,11,14-tetraenoic acid / Leukotriene C4 / ロイコトリエンC4


分子量: 625.774 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H47N3O9S
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細SEQUENCE OF THE HEAVY CHAIN HAS BEEB DEPOSITED TO GENBANK WITH ACCESSION NUMBER AB538879, LIGHT ...SEQUENCE OF THE HEAVY CHAIN HAS BEEB DEPOSITED TO GENBANK WITH ACCESSION NUMBER AB538879, LIGHT CHAIN HAS BEEN DEPOSITED TO GENBANK WITH ACCESSION NUMBER AB538878.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6
詳細: 0.1 microL (0.1M MES-NaOH pH 6.0, 36% (w/v) PEGMME 5000, 0.2M NH4 sulfate, 0.6mM LTC4) + 0.1 microL (15mg/ml Fab, 10mM Na phosphate 7.0, 140mM NaCl) in paraffin oil

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39.26 Å / Num. obs: 177824 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
CNS精密化
REFMAC精密化
iMOSFLMdata processing
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→37.728 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.94 / 位相誤差: 24.19
詳細: THE STRUCTURAL FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2224 8137 4.98 %
Rwork0.1953 --
obs0.1966 163413 73.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.728 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13191 0 250 1259 14700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00513854
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94118823
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1884949
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0612097
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052397
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.1750.29657310.25714299X-RAY DIFFRACTION68
2.175-2.26210.2857450.240814331X-RAY DIFFRACTION68
2.2621-2.36510.27617500.236914320X-RAY DIFFRACTION68
2.3651-2.48970.2597880.229814522X-RAY DIFFRACTION69
2.4897-2.64570.27057870.228414670X-RAY DIFFRACTION70
2.6457-2.84990.26657630.223615107X-RAY DIFFRACTION72
2.8499-3.13660.22898110.202215944X-RAY DIFFRACTION75
3.1366-3.59010.2098820.185716542X-RAY DIFFRACTION79
3.5901-4.5220.18179360.165717360X-RAY DIFFRACTION83
4.522-37.73380.19229440.168718181X-RAY DIFFRACTION86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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