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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5b5v | ||||||
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タイトル | Structure of full-length MOB1b | ||||||
要素 | MOB kinase activator 1B | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / MOB1 Hippo pathway | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of protein autophosphorylation / Signaling by Hippo / hippo signaling / kinase activator activity / protein kinase activator activity / kinase binding / positive regulation of protein phosphorylation / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.193 Å | ||||||
データ登録者 | KIM, S.-Y. / Tachioka, Y. / Mori, T. / Hakoshima, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016 タイトル: Structural basis for autoinhibition and its relief of MOB1 in the Hippo pathway 著者: Kim, S.Y. / Tachioka, Y. / Mori, T. / Hakoshima, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5b5v.cif.gz | 172.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5b5v.ent.gz | 135.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5b5v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5b5v_validation.pdf.gz | 481.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5b5v_full_validation.pdf.gz | 504.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5b5v_validation.xml.gz | 30.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5b5v_validation.cif.gz | 42.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/5b5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/5b5v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25276.984 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mob1b, Mobkl1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BPB0 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 16.96 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Ammonium fluoride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→30 Å / Num. obs: 44345 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 37.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.193→29.673 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.63 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: AUTHORS STATE THAT THE LINKERS BETWEEN THE CAHIN E/F AND CHAIN A/C WERE POORLY DEFINED ON THE CURRENT MAP.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.193→29.673 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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