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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5b51 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of heme binding protein HmuT R242A mutant | ||||||
要素 | ABC-type transporter, periplasmic component | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Heme / ABC transporter | ||||||
機能・相同性 | : / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / ABC-type transporter, periplasmic component 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Muraki, N. / Aono, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2016 タイトル: Structural Characterization of Heme Environmental Mutants of CgHmuT that Shuttles Heme Molecules to Heme Transporters 著者: Muraki, N. / Kitatsuji, C. / Ogura, M. / Uchida, T. / Ishimori, K. / Aono, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5b51.cif.gz | 145.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5b51.ent.gz | 112.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5b51.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5b51_validation.pdf.gz | 817.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5b51_full_validation.pdf.gz | 819 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5b51_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5b51_validation.cif.gz | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/5b51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/5b51 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36061.109 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-359 / 変異: R242A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア) 株: ATCC 13032 / 遺伝子: Cgl0389 / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NTB8 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1.90 M Ammonium sulfate, 0.19 M Ammonium tartrate, 0.16 M Potassium thiocyanate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→48.68 Å / Num. obs: 96893 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 17.52 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 4.58 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5az3 解像度: 1.3→42.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.217 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.755 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→42.27 Å
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拘束条件 |
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