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- PDB-5b3n: The crystal structure of anti-H4K20me1_scFv, 15F11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b3n
タイトルThe crystal structure of anti-H4K20me1_scFv, 15F11
要素anti-H4K20me1_scFv
キーワードIMMUNE SYSTEM / Histone modification / scFv / intrabody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Kujirai, T. / Horikoshi, N. / Kurumizaka, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology25116002 日本
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: A Genetically Encoded Probe for Live-Cell Imaging of H4K20 Monomethylation
著者: Sato, Y. / Kujirai, T. / Arai, R. / Asakawa, H. / Ohtsuki, C. / Horikoshi, N. / Yamagata, K. / Ueda, J. / Nagase, T. / Haraguchi, T. / Hiraoka, Y. / Kimura, A. / Kurumizaka, H. / Kimura, H.
履歴
登録2016年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Database references
改定 2.02017年7月5日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / diffrn_source / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.src_method / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 2.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: anti-H4K20me1_scFv


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2461
ポリマ－27,2461
非ポリマー00
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)130.825, 130.825, 130.825
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-364-

HOH

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要素

#1: 抗体 anti-H4K20me1_scFv


分子量: 27246.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: Sodium acetate, poly-gamma-glutamic acid polymer, and PEG2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月27日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator , Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 29161 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 28 % / Biso Wilson estimate: 20.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/av σ(I): 24.714 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.94-2.0111.80.403199.4
2.01-2.0913.50.3771100
2.09-2.18150.3381100
2.18-2.315.90.298199.9
2.3-2.4420.40.2681100
2.44-2.6323.30.222199.9
2.63-2.928.80.165199.9
2.9-3.3240.80.12199.9
3.32-4.1851.20.0821100
4.18-5054.90.073199.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000706cデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER2.5.1位相決定
HKL-2000706cデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GHW

2ghw


解像度: 1.94→43.608 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 20.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 1463 5.06 %
Rwork0.2031 --
obs0.2051 28897 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.11 Å2 / Biso mean: 22.4597 Å2 / Biso min: 10.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→43.608 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1791 0 0 135 1926
Biso mean---25.82 -
残基数----232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0852486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.25658
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.9401-2.00950.32151450.30626782823
2.0095-2.08990.34851330.28926852818
2.0899-2.1850.30681460.259727062852
2.185-2.30020.27311390.242726812820
2.3002-2.44430.26491560.225927032859
2.4443-2.6330.25651540.225427142868
2.633-2.8980.24851460.206627312877
2.898-3.31720.23991500.201227482898
3.3172-4.17880.2121430.15828042947
4.1788-43.61930.18471510.155329843135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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