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- PDB-5b3i: Homo-dimeric structure of cytochrome c' from Thermophilic Hydroge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b3i
タイトルHomo-dimeric structure of cytochrome c' from Thermophilic Hydrogenophilus thermoluteolus
要素Cytochrome c prime
キーワードELECTRON TRANSPORT / cytochrome c' / class II cytochrome c protein / heme protein
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c prime, subgroup / Cytochrome c, class II / Cytochrome c prime / Cytochrome C' / Cytochrome c class II profile. / Cytochrome c/b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c prime
類似検索 - 構成要素
生物種Hydrogenophilus thermoluteolus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Fujii, S. / Oki, H. / Kawahara, K. / Yamane, D. / Yamanaka, M. / Maruno, T. / Kobayashi, Y. / Masanari, M. / Wakai, S. / Nishihara, H. ...Fujii, S. / Oki, H. / Kawahara, K. / Yamane, D. / Yamanaka, M. / Maruno, T. / Kobayashi, Y. / Masanari, M. / Wakai, S. / Nishihara, H. / Ohkubo, T. / Sambongi, Y.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional insights into thermally stable cytochrome c' from a thermophile
著者: Fujii, S. / Oki, H. / Kawahara, K. / Yamane, D. / Yamanaka, M. / Maruno, T. / Kobayashi, Y. / Masanari, M. / Wakai, S. / Nishihara, H. / Ohkubo, T. / Sambongi, Y.
履歴
登録2016年2月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 2.02019年10月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c prime
B: Cytochrome c prime
C: Cytochrome c prime
D: Cytochrome c prime
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8708
ポリマ－59,3964
非ポリマー2,4744
水13,998777
1
A: Cytochrome c prime
B: Cytochrome c prime
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9354
ポリマ－29,6982
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area13350 Å2
手法PISA
2
C: Cytochrome c prime
D: Cytochrome c prime
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9354
ポリマ－29,6982
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area13440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.243, 72.923, 132.365
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-428-

HOH

21A-443-

HOH

31B-470-

HOH

41D-460-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome c prime


分子量: 14848.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hydrogenophilus thermoluteolus (バクテリア)
参照: UniProt: F7J213
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 / 詳細: 18% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→43.52 Å / Num. obs: 41938 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 9.57 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.58 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 404512 / Scaling rejects: 3034
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
1.89-1.966.10.3423.82145335180.61083.6
1.96-2.047.960.3314.43234040590.635096.3
2.04-2.139.850.3055.34155142070.649699.6
2.13-2.249.870.2795.64188142300.6312199.6
2.24-2.389.890.2326.44218242490.6115299.8
2.38-2.579.960.1867.74250542480.5920199.8
2.57-2.8210.110.1459.74355442900.58192100
2.82-3.2310.430.09413.84507743000.55212100
3.23-4.0710.640.0620.34650943480.52242100
4.07-43.5210.180.04625.14746044890.52175898.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
CrystalClear1.3.5データ収集
d*TREK8.0SSIデータ削減
d*TREK8.0SSIデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BBH

1bbh


解像度: 1.89→41.953 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 21.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 1997 4.77 %
Rwork0.1955 --
obs0.1978 41871 97.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→41.953 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4148 0 172 777 5097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6555964
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4191668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007764
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.93730.33351160.3022313X-RAY DIFFRACTION80
1.9373-1.98970.30271330.26762657X-RAY DIFFRACTION93
1.9897-2.04820.271400.23732816X-RAY DIFFRACTION98
2.0482-2.11430.28391440.22932882X-RAY DIFFRACTION100
2.1143-2.18990.25251430.21162853X-RAY DIFFRACTION100
2.1899-2.27750.26531450.20662888X-RAY DIFFRACTION100
2.2775-2.38120.29421440.20012882X-RAY DIFFRACTION100
2.3812-2.50670.25181450.19642891X-RAY DIFFRACTION100
2.5067-2.66370.26031450.20312898X-RAY DIFFRACTION100
2.6637-2.86940.2351470.19962915X-RAY DIFFRACTION100
2.8694-3.1580.26571460.19232929X-RAY DIFFRACTION100
3.158-3.61480.19761470.17272943X-RAY DIFFRACTION100
3.6148-4.55340.20551490.15882984X-RAY DIFFRACTION100
4.5534-41.96310.21381530.17563023X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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