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- PDB-5b2t: Crystal structure of the Streptococcus pyogenes Cas9 VRER variant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b2t
タイトルCrystal structure of the Streptococcus pyogenes Cas9 VRER variant in complex with sgRNA and target DNA (TGCG PAM)
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9
  • Guide RNA
  • Non-target DNA, DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*G)-3')
  • Target DNA
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / CRISPR-Cas9 / genome engineering / HYDROLASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. ...CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hirano, S. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for the Altered PAM Specificities of Engineered CRISPR-Cas9
著者: Hirano, S. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2016年2月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22017年10月4日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guide RNA
B: CRISPR-associated endonuclease Cas9
C: Target DNA
D: Non-target DNA, DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,05623
ポリマ－196,2234
非ポリマー83319
水10,953608
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23580 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area72340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.967, 69.448, 188.199
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.670, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 Target DNA


分子量: 8479.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis
由来: (合成) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
#4: DNA鎖 Non-target DNA, DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*G)-3')


分子量: 2457.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 Guide RNA


分子量: 26209.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription
由来: (合成) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
#2: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9 / SpyCas9


分子量: 159076.234 Da / 分子数: 1
Mutation: D10A, C80L, C574E, H840A, D1135V, G1218R, R1335E, T1337R
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
株: serotype M1 / 遺伝子: cas9, csn1, SPy_1046 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 627分子

#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 15-17% PEG 3350, 0.4 M KSCN, 0.1 M Tris-acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.011 Å / Num. obs: 103625 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.4 % / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.10_2155: ???精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UN3

4un3


解像度: 2.2→49.011 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2233 5152 4.97 %
Rwork0.204 --
obs0.205 103608 94.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.15 Å2 / Biso mean: 56.6207 Å2 / Biso min: 22.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→49.011 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10499 2464 37 608 13608
Biso mean--51.6 44.07 -
残基数----1443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43418721
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0342179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021972
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8217826
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.2250.34851810.29893332351396
2.225-2.25120.29021700.29123287345795
2.2512-2.27860.33561640.28543292345695
2.2786-2.30750.30111690.27533298346795
2.3075-2.33780.28441850.26383223340895
2.3378-2.36990.24671540.2533275342994
2.3699-2.40370.26332000.25783210341094
2.4037-2.43960.26631670.25763194336192
2.4396-2.47770.29931500.25452901305185
2.4777-2.51830.2871830.26053106328991
2.5183-2.56180.2681780.24253347352597
2.5618-2.60840.25761650.2433314347997
2.6084-2.65850.27831830.24123361354497
2.6585-2.71280.27861670.2343379354697
2.7128-2.77180.28051850.23633298348396
2.7718-2.83620.23661610.22683287344896
2.8362-2.90720.2791810.23413354353596
2.9072-2.98570.24841670.23633284345195
2.9857-3.07360.26471690.23173254342394
3.0736-3.17280.21381280.22923223335191
3.1728-3.28620.23211640.21463053321788
3.2862-3.41770.23811770.20173386356398
3.4177-3.57320.22751800.19473356353697
3.5732-3.76150.19771780.18693397357597
3.7615-3.99710.20231740.17393366354096
3.9971-4.30550.18171660.17143349351595
4.3055-4.73850.1771770.1593091326889
4.7385-5.42340.15881800.16593405358597
5.4234-6.830.19621750.18293445362097
6.83-49.02340.19521740.17483389356393
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.716-0.5364-0.48164.6042.49126.4557-0.19770.2266-0.44290.86230.23030.16790.9235-0.2959-0.02770.68910.00360.03350.4972-0.04080.5159-10.90534.515272.1057
21.24360.0804-0.46280.5930.22882.00830.053-0.02040.09010.16050.0065-0.03810.41660.0314-0.03460.3298-0.06920.00360.289-0.03710.33478.70363.44731.6962
31.8641-2.7907-0.1894.20380.12159.84020.49710.15670.0903-0.95860.5162-0.16250.8079-0.2262-0.98381.13860.1355-0.01531.1035-0.10340.550723.9617-15.7218-2.3915
43.9228-0.4668-0.2583.9216-0.44061.69680.0195-0.1723-0.09660.06690.6099-0.13760.52160.1013-0.60331.22510.0709-0.01070.8334-0.15570.602321.6273-19.42796.062
51.59830.150.17090.2707-0.2570.53620.080.01530.12030.0187-0.03060.11770.0464-0.0378-0.05430.2865-0.0915-0.00490.3017-0.03670.3122-3.1139.778429.8308
61.36781.1933-0.72791.935-0.71411.64780.2857-0.39860.34240.3166-0.6917-0.6744-0.97120.47620.39080.989-0.33220.08820.79630.14281.0848-37.692915.244836.9723
70.4523-0.1057-0.05010.2731-0.05530.6903-0.0101-0.1342-0.03030.2004-0.0059-0.12210.03250.23490.01170.4207-0.0645-0.06490.3477-0.01160.364911.33796.728951.0973
81.18560.79760.85141.89510.45181.2861-0.1527-0.07290.03250.45230.2176-0.2024-0.2402-0.0028-0.04920.5790.07030.03940.3684-0.07270.389-11.048419.186569.2408
92.539-2.14990.6692.4627-0.48351.1263-0.1504-0.30540.21680.35180.2399-0.61250.25540.0743-0.09820.6357-0.0027-0.05140.4735-0.07750.6538-11.7351-12.713566.993
101.22640.0334-0.44140.5772-0.04850.8758-0.122-0.0227-0.24140.0810.1320.07180.2844-0.0809-0.00410.3897-0.13980.0150.3288-0.02420.3756-28.908-13.718639.7372
111.18570.8591-0.28343.40760.27851.57670.1330.3049-0.728-0.1918-0.04-0.03610.47530.0209-0.07130.4947-0.0705-0.00790.4435-0.11690.5724-8.8025-15.464624.8411
120.8438-0.4612-1.19011.05260.30572.0314-0.201-0.2637-0.06750.40720.25040.24060.57470.03390.00680.6485-0.06890.04120.53960.02040.3884-6.84634.957965.268
132.1978-0.80380.95552.6871-1.52521.05140.26410.6768-0.729-0.7063-0.0283-0.75410.6363-0.0728-0.22050.6309-0.1610.14360.4325-0.2490.7006-11.0607-15.337720.3046
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 30 )A11 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 35 )A31 - 35
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 36 through 40 )A36 - 40
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 41 through 70 )A41 - 70
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 71 through 81 )A71 - 81
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 3 through 625 )B3 - 625
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 626 through 750 )B626 - 750
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 751 through 953 )B751 - 953
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 954 through 1366 )B954 - 1366
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 11 through 28 )C11 - 28
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 5 through 12 )D5 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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