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万見
- PDB-5b21: Dimer structure of murine Nectin-1 D1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b21
タイトルDimer structure of murine Nectin-1 D1
要素murine Nectin-1 D1
キーワードCELL ADHESION / Cell Adhesion Molecules / CAM / Immunoglobulin-like domains
機能・相同性
機能・相同性情報


Nectin/Necl trans heterodimerization / desmosome organization / protein localization to cell junction / Adherens junctions interactions / lens morphogenesis in camera-type eye / growth cone membrane / enamel mineralization / camera-type eye morphogenesis / cell-cell contact zone / virion binding ...Nectin/Necl trans heterodimerization / desmosome organization / protein localization to cell junction / Adherens junctions interactions / lens morphogenesis in camera-type eye / growth cone membrane / enamel mineralization / camera-type eye morphogenesis / cell-cell contact zone / virion binding / apical junction complex / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of synapse assembly / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / cell adhesion molecule binding / adherens junction / axon guidance / cell-cell adhesion / retina development in camera-type eye / presynaptic membrane / signaling receptor activity / iron ion transport / carbohydrate binding / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / neuron projection / axon / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / virion attachment to host cell / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nectin-1 / Nectin-1, first immunoglobulin (Ig) domain / Nectin-1, second immunoglobulin (Ig) domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain ...Nectin-1 / Nectin-1, first immunoglobulin (Ig) domain / Nectin-1, second immunoglobulin (Ig) domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Sangawa, T. / Takebe, K. / Suzuki, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dimer structure of murine Nectin-1 D1
著者: Sangawa, T. / Takebe, K. / Suzuki, M.
履歴
登録2015年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: murine Nectin-1 D1
B: murine Nectin-1 D1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3792
ポリマ－25,3792
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.320, 78.320, 70.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 murine Nectin-1 D1 / Herpes virus entry mediator C / HveC / Poliovirus receptor-related protein 1


分子量: 12689.452 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31-144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pvrl1, Hvec, Prr1 / プラスミド: pFastBac-1 / 細胞株 (発現宿主): Sf-9 / 器官 (発現宿主): ovary
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9JKF6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 40% PEG3350, 70 mM Na-citrate pH 5.0 / PH範囲: 5.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→39.16 Å / Num. obs: 12470 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.238→2.318 Å / 冗長度: 7 % / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
iMOSFLMデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ALP

3alp


解像度: 2.24→39.16 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 307 4.76 %
Rwork0.2036 --
obs0.206 6449 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→39.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1771 0 0 18 1789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021823
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6632478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.126668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003324
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.24-3.52970.29331660.24533002
3.52970.24261410.18853140
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.22581.0402-0.87592.56350.30912.2792-0.05380.2591-0.213-0.1390.0072-0.37690.30180.1341-0.00570.6645-0.10120.10010.3098-0.00540.5071-21.700710.496-7.244
21.69890.15560.93733.6630.41111.7203-0.28340.226-0.2035-0.42710.2751-0.08220.3277-0.14550.01930.7635-0.27560.11450.4968-0.05210.4667-43.04921.0613-6.7929
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 31 through 144)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 31 through 144)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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