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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5b1a | ||||||||||||
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タイトル | Bovine heart cytochrome c oxidase in the fully oxidized state at 1.5 angstrom resolution | ||||||||||||
![]() | (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 13 | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Proton pump / Heme / Respiratory chain | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation ...Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / aerobic respiration / central nervous system development / respiratory electron transport chain / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Yano, N. / Muramoto, K. / Shimada, A. / Takemura, S. / Baba, J. / Fujisawa, H. / Mochizuki, M. / Shinzawa-Itoh, K. / Yamashita, E. / Tsukihara, T. / Yoshikawa, S. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Mg2+-containing Water Cluster of Mammalian Cytochrome c Oxidase Collects Four Pumping Proton Equivalents in Each Catalytic Cycle. 著者: Yano, N. / Muramoto, K. / Shimada, A. / Takemura, S. / Baba, J. / Fujisawa, H. / Mochizuki, M. / Shinzawa-Itoh, K. / Yamashita, E. / Tsukihara, T. / Yoshikawa, S. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 10 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 10.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 148.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 197.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 26分子 ANBOCPDQERFSGTHUIVJWKXLYMZ
#1: タンパク質 | 分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 29957.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 17179.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 12453.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 10684.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 9629.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 10039.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 8537.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 6682.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 6365.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5449.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4967.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-糖 , 1種, 4分子 
#28: 糖 | ChemComp-DMU / |
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-非ポリマー , 15種, 3651分子 




























#14: 化合物 | ChemComp-HEA / #15: 化合物 | #16: 化合物 | #17: 化合物 | #18: 化合物 | #19: 化合物 | ChemComp-PGV / ( #20: 化合物 | ChemComp-TGL / #21: 化合物 | #22: 化合物 | ChemComp-CHD / #23: 化合物 | #24: 化合物 | #25: 化合物 | ChemComp-CDL / #26: 化合物 | ChemComp-PEK / ( #27: 化合物 | #29: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.49 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6.8 / 詳細: PEG 4000, Sodium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 50 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→200 Å / Num. obs: 1041861 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 32.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.52 Å / 冗長度: 14.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: The authors state that the distance between O1 and O2 of peroxide was fixed at 1.55 angstrom during structure refinement.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.012 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40 Å
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拘束条件 |
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