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- PDB-5b0v: Crystal Structure of Marburg virus VP40 Dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b0v
タイトルCrystal Structure of Marburg virus VP40 Dimer
要素Matrix protein VP40
キーワードVIRAL PROTEIN / Marburg virus / virus assembly protein / immunosuppression / filovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endomembrane system / host cell late endosome membrane / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / : / viral budding via host ESCRT complex / viral budding from plasma membrane / structural constituent of virion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell plasma membrane ...host cell endomembrane system / host cell late endosome membrane / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / : / viral budding via host ESCRT complex / viral budding from plasma membrane / structural constituent of virion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Matrix protein VP40, N-terminal domain / EV matrix protein / EV matrix domain superfamily / EV matrix protein, N-terminal / Matrix protein VP40 / Topoisomerase I; domain 3 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / Matrix protein VP40
類似検索 - 構成要素
生物種Lake Victoria marburgvirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Oda, S. / Bornholdt, Z.A. / Abelson, D.M. / Saphire, E.O.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of Marburg Virus VP40 Reveals a Broad, Basic Patch for Matrix Assembly and a Requirement of the N-Terminal Domain for Immunosuppression
著者: Oda, S. / Noda, T. / Wijesinghe, K.J. / Halfmann, P. / Bornholdt, Z.A. / Abelson, D.M. / Armbrust, T. / Stahelin, R.V. / Kawaoka, Y. / Saphire, E.O.
履歴
登録2015年11月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein VP40
B: Matrix protein VP40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0813
ポリマ－72,0352
非ポリマー461
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area25100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.810, 107.310, 127.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 38 - 301 / Label seq-ID: 52 - 315

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Matrix protein VP40 / Membrane-associated protein VP40


分子量: 36017.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lake Victoria marburgvirus (strain Musoke-80) (ウイルス)
株: Musoke-80 / 遺伝子: VP40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35260
#2: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 17.5% ethanol, 75mM NaCl, 10mM CHAPS, 100mM Tris-HCl, pH 7.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.979, 0.980
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.981
反射解像度: 2.81→50 Å / Num. obs: 25037 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 6.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.81→29.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 35.489 / SU ML: 0.317 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25686 828 5.1 %RANDOM
Rwork0.20182 ---
obs0.20459 15475 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.378 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.81→29.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4033 0 3 35 4071
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194042
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5461.9695516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0938867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5795507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.72124.277173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.75915575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7131519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02944
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3912.3192046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3882.3172045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4313.4592544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4313.4612545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2812.371995
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2812.3711996
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1763.4992971
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.72121.30716138
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.72121.30916136
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 13386 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.806→2.878 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 45 -
Rwork0.317 1111 -
obs--98.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1491-0.4790.68962.725-0.50321.2192-0.0631-0.0814-0.01130.0241-0.04070.0003-0.0716-0.13580.10380.28860.0290.0150.0253-0.00020.040628.39493.725334.7479
21.6443-0.08570.71531.6471-0.0572.74770.05030.22050.076-0.35030.0039-0.06880.00620.028-0.05430.2420.01190.03920.03530.01920.023720.335727.27451.9498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 303
2X-RAY DIFFRACTION2B36 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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