PDB-5b0f: Polyketide cyclase OAC from Cannabis sativa, Y72F mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b0f

タイトル

Polyketide cyclase OAC from Cannabis sativa, Y72F mutant

要素

Olivetolic acid cyclase

キーワード

LYASE / Cannabis sativa / plant polyketide cyclase

機能・相同性

機能・相同性情報

olivetolic acid cyclase / olivetolic acid biosynthetic process / pollen tube adhesion / cannabinoid biosynthetic process / cyclase activity / terpenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cannabis sativa (アサ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Yang, X. / Matsui, T. / Mori, T. / Abe, I. / Morita, H.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for olivetolic acid formation by a polyketide cyclase from Cannabis sativa
著者: Yang, X. / Matsui, T. / Kodama, T. / Mori, T. / Zhou, X. / Taura, F. / Noguchi, H. / Abe, I. / Morita, H.

履歴

登録	2015年10月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月6日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b0f.cif.gz	101.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b0f.ent.gz	76.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b0f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5b0f_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5b0f_full_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示
XML形式データ	5b0f_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	5b0f_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/5b0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/5b0f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5b08SC 5b09C 5b0aC 5b0bC 5b0cC 5b0dC 5b0eC 5b0gC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5b0e-d 5b0g-1 5b08-d 5b0c-d 4hbm-9 3bb5-3 4jeg-d 2a8e-d 2dct-d 3bn7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Olivetolic acid cyclase

B: Olivetolic acid cyclase

ヘテロ分子

24.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.810, 63.590, 46.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.330, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Olivetolic acid cyclase 分子量: 12214.011 Da / 分子数: 2 / 変異: Y72F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cannabis sativa (アサ) / 遺伝子: OAC / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: I6WU39, olivetolic acid cyclase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.28 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 300 mM tris - Sodium citrate, 33% (w/v) PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月31日
放射	モノクロメーター: Si(1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 25752 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.598

	最高解像度	最低解像度
Rotation	44.23 Å	1.84 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B08

5b08

解像度: 1.6→44.226 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2226	1288	5 %	Random selection
R_work	0.1754	24463	-	-
obs	0.1777	25751	98.12 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.36 Å² / B_iso mean: 27.2128 Å² / B_iso min: 13.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→44.226 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1684	0	6	136	1826
B_iso mean	-	-	23.51	33.52	-
残基数	-	-	-	-	200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1735
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.005	2347
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	257
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	292
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.984	630

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5999-1.664	0.338	139	0.2593	2646	2785	97
1.664-1.7397	0.2501	143	0.2365	2709	2852	98
1.7397-1.8315	0.2777	141	0.2226	2686	2827	98
1.8315-1.9462	0.2375	143	0.1981	2716	2859	98
1.9462-2.0965	0.2422	143	0.1755	2724	2867	99
2.0965-2.3074	0.2152	144	0.1787	2728	2872	99
2.3074-2.6413	0.2141	144	0.1798	2743	2887	99
2.6413-3.3276	0.2357	147	0.1698	2790	2937	100
3.3276-44.243	0.1881	144	0.1474	2721	2865	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.685	-1.0473	-0.4628	1.0418	-0.5589	1.9802	0.2437	-0.3102	0.3219	0.0516	-0.2311	0.0206	-0.3185	0.0023	-0	0.2507	-0.0689	0.0262	0.1807	-0.0165	0.2055	5.821	3.4568	16.2656
2	0.8602	-0.8963	-0.3388	1.0001	0.4121	1.4717	-0.0033	-0.2953	-0.0598	0.0942	0.021	0.0551	0.0073	0.1333	-0	0.1959	-0.0077	-0.0129	0.2183	0.0146	0.1898	5.297	-1.6356	25.635
3	0.2058	-0.2154	0.1132	0.2799	-0.3095	0.7751	-0.0686	0.0997	-0.251	0.1663	0.2146	0.1555	0.2396	-0.3633	0	0.292	-0.054	0.0045	0.2732	0.0312	0.2985	1.7204	-8.9424	18.4426
4	1.7716	-1.6657	1.4269	1.7966	-0.9793	1.7244	0.62	0.7041	0.8524	-1.037	-0.3527	-0.4179	-0.2403	0.9081	-0.0081	0.3302	-0.0434	0.0628	0.2878	0.0613	0.3591	13.9907	4.9534	7.3704
5	0.3752	-0.414	0.272	0.494	-0.192	0.5293	-0.0671	0.2757	-0.4594	-0.0665	0.1844	0.043	0.1011	-0.251	0	0.227	-0.0454	-0.0135	0.2079	0.0095	0.2426	-0.6012	-6.6314	14.6819
6	1.5777	-0.3101	-0.4129	0.5006	-0.4202	2.3112	0.0131	-0.0161	0.0636	-0.0444	0.1095	-0.0318	-0.2012	-0.4005	0	0.2176	0.0113	0.0111	0.2339	0.0261	0.2272	-3.7669	1.0487	16.7682
7	2.3585	0.0021	-1.6997	0.8677	0.8754	3.1252	-0.1149	0.2177	-0.0935	0.1058	0.1762	-0.0532	0.1302	-0.2907	-0.0001	0.186	-0.028	-0.0229	0.202	-0.01	0.19	4.3064	-7.5952	-4.0923
8	0.1008	-0.1803	-0.0438	0.3445	0.0511	0.1995	0.1971	0.0991	0.2998	0.1302	-0.1428	0.0086	-0.3763	-0.3793	0	0.278	0.0654	0.0055	0.24	0.0437	0.2546	-4.0914	5.7797	4.8358
9	0.6136	0.6163	-0.3935	1.0158	0.3217	1.2083	-0.1816	-0.1976	-0.3525	0.3154	0.1324	-0.3556	0.2619	0.3936	0	0.2867	0.0735	-0.0394	0.3171	0.0106	0.3343	14.3091	-11.3849	2.7582
10	1.7304	-0.2415	0.285	1.0847	0.2065	0.8192	-0.0156	0.0701	0.1101	0.0643	0.1007	-0.1859	-0.2055	-0.019	0	0.1902	-0.0004	0.0105	0.1831	-0.0053	0.2415	10.7071	-2.727	-0.733

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 16 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 33 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 34 through 44 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 45 through 56 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 57 through 65 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 66 through 101 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 44 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 45 through 56 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 57 through 75 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 76 through 101 )	B

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