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- PDB-5b01: Structure of a prenyltransferase in its unbound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b01
タイトルStructure of a prenyltransferase in its unbound form
要素MoeN5
キーワードTRANSFERASE / prenyltransferase / alpha-helical fold
機能・相同性Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / MoeN5
機能・相同性情報
生物種Streptomyces ghanaensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Ko, T.-P. / Zhang, L. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and function of a prenyltransferase
著者: Zhang, L. / Chen, C.-C. / Ko, T.-P. / Guo, R.-T. / Oldfield, E.O.
履歴
登録2015年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MoeN5
B: MoeN5
C: MoeN5
D: MoeN5
E: MoeN5
F: MoeN5
G: MoeN5
H: MoeN5
I: MoeN5
J: MoeN5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,58310
ポリマ－322,58310
非ポリマー00
水00
1
A: MoeN5
B: MoeN5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5172
ポリマ－64,5172
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
2
C: MoeN5
D: MoeN5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5172
ポリマ－64,5172
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA
3
E: MoeN5
F: MoeN5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5172
ポリマ－64,5172
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
4
G: MoeN5
H: MoeN5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5172
ポリマ－64,5172
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19990 Å2
手法PISA
5
I: MoeN5
J: MoeN5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5172
ポリマ－64,5172
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.604, 106.604, 310.713
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質
MoeN5 / prenyltransferase


分子量: 32258.320 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces ghanaensis (バクテリア)
遺伝子: moeN5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A010

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1 / 詳細: 0.2M Na2HPO4, 16% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→25 Å / Num. obs: 44521 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 3.45→3.57 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B00

5b00


解像度: 3.45→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 2090 5 %Random
Rwork0.225 ---
obs-41758 92.3 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.44 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20030 0 0 0 20030

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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