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万見
- PDB-5jaw: Structure of a beta galactosidase with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jaw
タイトルStructure of a beta galactosidase with inhibitor
要素Beta-galactosidase, putative, bgl35A
キーワードHYDROLASE / beta galactosidase / inhibitor / aziridine
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
putative beta-Galactosidase from caulobacter crescentus / Domain of unknown function DUF5597 / Domain of unknown function (DUF5597) / Glycoside hydrolase, family 42, N-terminal / Beta-galactosidase / Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...putative beta-Galactosidase from caulobacter crescentus / Domain of unknown function DUF5597 / Domain of unknown function (DUF5597) / Glycoside hydrolase, family 42, N-terminal / Beta-galactosidase / Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-UUU / Beta-galactosidase, putative, bgl35A
類似検索 - 構成要素
生物種Cellvibrio japonicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Offen, W. / Davies, G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
英国
引用ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2017
タイトル: Towards broad spectrum activity-based glycosidase probes: synthesis and evaluation of deoxygenated cyclophellitol aziridines.
著者: Schroder, S.P. / van de Sande, J.W. / Kallemeijn, W.W. / Kuo, C.L. / Artola, M. / van Rooden, E.J. / Jiang, J. / Beenakker, T.J.M. / Florea, B.I. / Offen, W.A. / Davies, G.J. / Minnaard, A.J. ...著者: Schroder, S.P. / van de Sande, J.W. / Kallemeijn, W.W. / Kuo, C.L. / Artola, M. / van Rooden, E.J. / Jiang, J. / Beenakker, T.J.M. / Florea, B.I. / Offen, W.A. / Davies, G.J. / Minnaard, A.J. / Aerts, J.M.F.G. / Codee, J.D.C. / van der Marel, G.A. / Overkleeft, H.S.
履歴
登録2016年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年3月11日Group: Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _refine_hist.d_res_high
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
B: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
C: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
D: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
E: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
F: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
G: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
H: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)499,19642
ポリマ－497,0168
非ポリマー2,17934
水29,4731636
1
C: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
E: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
D: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,68524
ポリマ－248,5084
非ポリマー1,17720
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area12310 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area76080 Å2
手法PISA
2
B: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
F: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
ヘテロ分子

G: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
H: Beta-galactosidase, putative, bgl35A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,51118
ポリマ－248,5084
非ポリマー1,00314
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area11380 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area75290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.168, 115.660, 115.935
Angle α, β, γ (deg.)90.15, 90.11, 90.11
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Beta-galactosidase, putative, bgl35A


分子量: 62127.023 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminally his tagged construct without predicted native signal peptide
由来: (組換発現) Cellvibrio japonicus (strain Ueda107) (バクテリア)
株: Ueda107 / 遺伝子: bgl35A, CJA_2707 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B3PBE0, beta-galactosidase
#2: 化合物
ChemComp-UUU / (1S,2S,3S,4S,5R,6R)-5-amino-6-(hydroxymethyl)cyclohexane-1,2,3,4-tetrol


分子量: 193.198 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO5
#3: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 2.7 M Na acetate pH 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月21日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.649
11h,-k,-l20.052
11H, L, -K30.142
11H, -L, K40.158
反射解像度: 1.6→81.99 Å / Num. obs: 650665 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4d1i

4d1i


解像度: 1.6→81.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.024 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.018
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THERE IS INSUFFICIENT DENSITY TO ALLOW RELIABLE MODELLING OF THE N-TERMINAL HIS TAG OR OF RESIDUE 36 IN CHAINS A-H, AND OF RESIDUES A 435- ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THERE IS INSUFFICIENT DENSITY TO ALLOW RELIABLE MODELLING OF THE N-TERMINAL HIS TAG OR OF RESIDUE 36 IN CHAINS A-H, AND OF RESIDUES A 435-436, B 434-444, C 441-443, D 441-445, E 441-446, F 435-448, G 440-447, H 434-441 AND H 445-448.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21403 32844 5 %RANDOM
Rwork0.19689 ---
obs0.19777 650665 94.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.339 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.47 Å21.63 Å2-0.25 Å2
2---5.97 Å2-1.75 Å2
3----3.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→81.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33169 0 125 1636 34930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01934511
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0231941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9271.95147093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.351373287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.14954310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.28224.2941621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.54614.8965384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.53315197
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.25091
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02139778
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.028139
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0182.38917127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0172.38917125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5383.5921423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5383.5921424
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.272.50317384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2692.50317385
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0593.69925654
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.89419.46340477
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.89419.46340478
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.635 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.558 1965 -
Rwork0.507 38933 -
obs--80.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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