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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jaw | ||||||
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タイトル | Structure of a beta galactosidase with inhibitor | ||||||
![]() | Beta-galactosidase, putative, bgl35A | ||||||
![]() | HYDROLASE / beta galactosidase / inhibitor / aziridine | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Offen, W. / Davies, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Towards broad spectrum activity-based glycosidase probes: synthesis and evaluation of deoxygenated cyclophellitol aziridines. 著者: Schroder, S.P. / van de Sande, J.W. / Kallemeijn, W.W. / Kuo, C.L. / Artola, M. / van Rooden, E.J. / Jiang, J. / Beenakker, T.J.M. / Florea, B.I. / Offen, W.A. / Davies, G.J. / Minnaard, A.J. ...著者: Schroder, S.P. / van de Sande, J.W. / Kallemeijn, W.W. / Kuo, C.L. / Artola, M. / van Rooden, E.J. / Jiang, J. / Beenakker, T.J.M. / Florea, B.I. / Offen, W.A. / Davies, G.J. / Minnaard, A.J. / Aerts, J.M.F.G. / Codee, J.D.C. / van der Marel, G.A. / Overkleeft, H.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 856.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 700.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 531.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 556.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 155 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 220.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4d1iS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62127.023 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-terminally his tagged construct without predicted native signal peptide 由来: (組換発現) ![]() 株: Ueda107 / 遺伝子: bgl35A, CJA_2707 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-UUU / ( #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.54 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 2.7 M Na acetate pH 7.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月21日 | |||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.6→81.99 Å / Num. obs: 650665 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6 | |||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 94.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4d1i 解像度: 1.6→81.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.024 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.018 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THERE IS INSUFFICIENT DENSITY TO ALLOW RELIABLE MODELLING OF THE N-TERMINAL HIS TAG OR OF RESIDUE 36 IN CHAINS A-H, AND OF RESIDUES A 435- ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THERE IS INSUFFICIENT DENSITY TO ALLOW RELIABLE MODELLING OF THE N-TERMINAL HIS TAG OR OF RESIDUE 36 IN CHAINS A-H, AND OF RESIDUES A 435-436, B 434-444, C 441-443, D 441-445, E 441-446, F 435-448, G 440-447, H 434-441 AND H 445-448.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.339 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→81.99 Å
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拘束条件 |
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