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- PDB-5azw: Crystal structure of p24beta1 GOLD domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5azw
タイトルCrystal structure of p24beta1 GOLD domain
要素Transmembrane emp24 domain-containing protein 2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GPI-anchored protein / p24 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of protein localization in organelle / chorion development / endoplasmic reticulum membrane organization / COPI coating of Golgi vesicle / regulation of SREBP signaling pathway / vesicle cargo loading / somite rostral/caudal axis specification / COPI-coated vesicle membrane / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced eIF2 alpha phosphorylation / smoothened binding ...maintenance of protein localization in organelle / chorion development / endoplasmic reticulum membrane organization / COPI coating of Golgi vesicle / regulation of SREBP signaling pathway / vesicle cargo loading / somite rostral/caudal axis specification / COPI-coated vesicle membrane / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced eIF2 alpha phosphorylation / smoothened binding / COPI-coated vesicle / maternal placenta development / zymogen granule membrane / PERK-mediated unfolded protein response / allantois development / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Pre-NOTCH Processing in Golgi / COPII vesicle coating / post-anal tail morphogenesis / Cargo concentration in the ER / frizzled binding / COPII-mediated vesicle transport / negative regulation of GTPase activity / cargo receptor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / labyrinthine layer blood vessel development / Golgi cisterna membrane / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / heart looping / Golgi organization / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / negative regulation of protein localization to plasma membrane / COPI-mediated anterograde transport / negative regulation of smoothened signaling pathway / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / neural tube closure / protein localization to plasma membrane / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / multicellular organism growth / inflammatory response / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
Transmembrane emp24 domain-containing protein / emp24/gp25L/p24 family/GOLD / emp24/gp25L/p24 family/GOLD / GOLD domain superfamily / GOLD domain / GOLD domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane emp24 domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Nagae, M. / Yamaguchi, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
MEXT25121738 日本
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: 3D Structure and Interaction of p24 beta and p24 delta Golgi Dynamics Domains: Implication for p24 Complex Formation and Cargo Transport
著者: Nagae, M. / Hirata, T. / Morita-Matsumoto, K. / Theiler, R. / Fujita, M. / Kinoshita, T. / Yamaguchi, Y.
履歴
登録2015年10月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane emp24 domain-containing protein 2
B: Transmembrane emp24 domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4644
ポリマ－21,3402
非ポリマー1242
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area10090 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)97.772, 35.664, 62.312
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-312-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transmembrane emp24 domain-containing protein 2 / Membrane protein p24A / p24 / p24 family protein beta-1 / p24beta1


分子量: 10670.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMED2, RNP24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15363
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 0.2 M sodium chloride and 25 % (w/v) PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月31日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→100 Å / Num. obs: 26802 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 79
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→24.137 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2331 1344 5.02 %Random selection
Rwork0.2208 ---
obs0.2214 26761 99.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.137 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1458 0 8 55 1521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071498
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9692007
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.464873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061212
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006257
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.55360.29631290.24832552X-RAY DIFFRACTION99
1.5536-1.61580.29231260.23722530X-RAY DIFFRACTION100
1.6158-1.68930.23211220.22612540X-RAY DIFFRACTION100
1.6893-1.77840.23311310.23362521X-RAY DIFFRACTION100
1.7784-1.88970.2041360.22132558X-RAY DIFFRACTION100
1.8897-2.03560.22691270.21932534X-RAY DIFFRACTION100
2.0356-2.24030.26841310.22082574X-RAY DIFFRACTION100
2.2403-2.56420.24661410.24712543X-RAY DIFFRACTION100
2.5642-3.22940.24161550.22782570X-RAY DIFFRACTION100
3.2294-24.13970.20761460.19942495X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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