+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6han | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | MamM CTD H264E-E289H | |||||||||
Components | Magnetosome protein MamM, Cation efflux protein family | |||||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / Cation diffusion facilitator / magnetotactic bacteria | |||||||||
Function / homology | Function and homology information magnetosome membrane / monoatomic cation transmembrane transporter activity / iron ion transport / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Magnetospirillum gryphiswaldense (magnetotactic) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | |||||||||
Authors | Barber-Zucker, S. / Zarivach, R. | |||||||||
Funding support | Israel, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: MamM CTD H264E-E289H Authors: Barber-Zucker, S. / Zarivach, R. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6han.cif.gz | 155.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6han.ent.gz | 123 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6han.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6han_validation.pdf.gz | 485.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6han_full_validation.pdf.gz | 489.7 KB | Display | |
Data in XML | 6han_validation.xml.gz | 15.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6han_validation.cif.gz | 21 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6han ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6han | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3w5xS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
|
-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 11910.398 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Magnetospirillum gryphiswaldense (magnetotactic) Gene: mamM, mgI491, MGR_4095 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): Rosetta / References: UniProt: Q6NE57, UniProt: V6F235*PLUS |
---|
-Non-polymers , 5 types, 66 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Chemical | ChemComp-1PE / | #5: Chemical | ChemComp-BME / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.5 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M AmSu, 0.1M HEPES pH=7.5, 25% PEG 3350, 1.7mM MnCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 19, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→46.75 Å / Num. obs: 15869 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 8.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.71 Å / Redundancy: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1849 / CC1/2: 0.595 / % possible all: 97.3 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3W5X Resolution: 2.6→46.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 24.623 / SU ML: 0.247 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.596 / ESU R Free: 0.316 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.638 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.6→46.75 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|