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- PDB-3w8p: MamM-CTD D249A&H28A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w8p
タイトルMamM-CTD D249A&H28A mutant
要素Magnetosome protein MamM
キーワードMETAL TRANSPORT / Cation diffusion facilitator / CDF / Metal ion transport
機能・相同性
機能・相同性情報


magnetosome membrane / monoatomic cation transmembrane transporter activity / iron ion transport / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / : / Dimerisation domain of Zinc Transporter / Cation efflux protein, cytoplasmic domain superfamily / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux family / Alpha-Beta Plaits ...: / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / : / Dimerisation domain of Zinc Transporter / Cation efflux protein, cytoplasmic domain superfamily / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux family / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Magnetosome protein MamM / Magnetosome protein MamM
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zeytuni, N. / Davidov, G. / Zarivach, R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Cation diffusion facilitators transport initiation and regulation is mediated by cation induced conformational changes of the cytoplasmic domain
著者: Zeytuni, N. / Uebe, R. / Maes, M. / Davidov, G. / Baram, M. / Raschdorf, O. / Nadav-Tsubery, M. / Kolusheva, S. / Bitton, R. / Goobes, G. / Friedler, A. / Miller, Y. / Schuler, D. / Zarivach, R.
履歴
登録2013年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnetosome protein MamM
B: Magnetosome protein MamM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1356
ポリマ－23,7512
非ポリマー3844
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area10660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.560, 87.526, 64.693
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-562-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 212 - 300 / Label seq-ID: 2 - 90

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Magnetosome protein MamM / Magnetosome protein MamM / Cation efflux protein family / MamM protein


分子量: 11875.437 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 215-318 / 変異: D249A, H285A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)
株: MSR-1 / 遺伝子: mamM, mgI491, MGR_4095 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta / 参照: UniProt: Q6NE57, UniProt: V6F235*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 % / Mosaicity: 0.818 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1M BIS-TRIS PH=6.2, 26% PEG 3350, 0.2M AmSO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.947 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 19801 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 2.501 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.8310.90.5019741.5471100
1.83-1.8610.90.4659851.6821100
1.86-1.910.70.4179742.4691100
1.9-1.9410.50.3649912.9941100
1.94-1.9810.80.2459871.7971100
1.98-2.03110.1979731.711100
2.03-2.0810.60.2049852.5161100
2.08-2.1310.90.1499932.0431100
2.13-2.210.90.1319881.9231100
2.2-2.2710.10.1489793.0231100
2.27-2.3510.80.1159962.2431100
2.35-2.4410.90.0939752.041100
2.44-2.5510.80.099892.3721100
2.55-2.6910.70.08310032.5181100
2.69-2.8610.70.089982.7621100
2.86-3.0810.50.08210093.3151100
3.08-3.399.80.08210063.801199.8
3.39-3.8790.0759853.849197.7
3.87-4.878.60.0639903.073195.8
4.87-258.80.06210213.015194.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W5X

3w5x


解像度: 1.8→24.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.649 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 992 5 %RANDOM
Rwork0.2067 ---
obs0.2086 19682 97.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.41 Å2 / Biso mean: 35.3942 Å2 / Biso min: 19.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7 Å20 Å20 Å2
2---1.49 Å2-0 Å2
3----2.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1386 0 20 166 1572
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191487
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9761.9532027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4233323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.585197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57823.52171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.09115255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6451516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02335
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.342.353742
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3362.351741
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.183.505929
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4803 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.19 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.804→1.851 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 55 -
Rwork0.22 1215 -
all-1270 -
obs--86.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7632-0.82620.62331.0894-0.17121.8393-0.0042-0.0088-0.07980.043-0.0040.110.0409-0.10250.00820.04280.0456-0.00670.07160.00640.118.01927.9982-13.5295
20.1967-0.4032-0.24531.64710.04610.58910.00630.02820.0454-0.0914-0.0328-0.1933-0.0056-0.08140.02650.08770.07060.00610.06960.0040.084926.920913.9731-35.9228
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A212 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2B212 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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