PDB-5az3: Crystal structure of heme binding protein HmuT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5az3

タイトル

Crystal structure of heme binding protein HmuT

要素

ABC-type transporter, periplasmic component

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Heme / ABC transporter

機能・相同性

: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / ABC-type transporter, periplasmic component

機能・相同性情報

生物種

Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.423 Å

データ登録者

Muraki, N. / Aono, S.

引用

ジャーナル: Chem Lett. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Heme Recognition by HmuT Responsible for Heme Transport to the Heme Transporter in Corynebacterium glutamicum
著者: Muraki, N. / Aono, S.

履歴

登録	2015年9月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5az3.cif.gz	142.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5az3.ent.gz	109.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5az3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5az3_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5az3_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5az3_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	5az3_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/5az3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/5az3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3md9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tcy-1 4fil-2 4elp-4 1r1n-2 3efw-2 5b4z-d 5eyk-1 1xc1-4 2ysk-1 4g34-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ABC-type transporter, periplasmic component

ヘテロ分子

36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.040, 73.040, 147.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	ABC-type transporter, periplasmic component / HmuT 分子量: 36016.031 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-359 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア) 株: ATCC 13032 / 遺伝子: Cgl0389 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NTB8
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium thiocyanate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→35.59 Å / Num. obs: 75260 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.42→1.5 Å / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
iMOSFLM		data processing
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MD9

3md9

解像度: 1.423→35.447 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1815	3769	5.01 %	Random selection
R_work	0.1682	-	-	-
obs	0.1689	75158	99.61 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.423→35.447 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2244	0	43	184	2471

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2472
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.116	3419
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.281	885
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	398
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	451

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.423-1.441	0.2154	124	0.1831	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
1.441-1.46	0.195	166	0.1715	2565	X-RAY DIFFRACTION	99
1.46-1.48	0.1901	130	0.1642	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.5011	0.2054	122	0.1602	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5011-1.5235	0.1749	149	0.1564	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5235-1.5473	0.1558	148	0.1509	2556	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5473-1.5727	0.1657	118	0.1488	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5727-1.5998	0.1714	135	0.1469	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5998-1.6289	0.1804	127	0.1462	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6289-1.6602	0.152	124	0.1471	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6602-1.6941	0.2051	140	0.1499	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6941-1.731	0.1775	148	0.1487	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.731-1.7712	0.1546	136	0.1512	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7712-1.8155	0.1553	151	0.1483	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8155-1.8646	0.1622	133	0.1516	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8646-1.9195	0.1456	145	0.1515	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9195-1.9814	0.1468	133	0.152	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9814-2.0522	0.1504	113	0.1523	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0522-2.1344	0.1563	156	0.1602	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1344-2.2315	0.147	136	0.17	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2315-2.3491	0.1979	118	0.1708	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3491-2.4963	0.208	161	0.1759	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4963-2.689	0.2009	166	0.1852	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.689-2.9594	0.2092	124	0.1904	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9594-3.3874	0.1966	154	0.1954	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3874-4.2666	0.1737	161	0.1711	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2666-35.4581	0.2042	151	0.167	2800	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 27.0411 Å / Origin y: 64.9175 Å / Origin z: 160.9131 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1022 Å²	-0.0089 Å²	0.0036 Å²	-	0.0905 Å²	0.0048 Å²	-	-	0.1011 Å²
L	0.6085 °²	-0.4918 °²	-0.4707 °²	-	0.897 °²	0.465 °²	-	-	0.8035 °²
S	-0.0222 Å °	0.0044 Å °	-0.0241 Å °	0.0106 Å °	0.0086 Å °	0.0303 Å °	0.0114 Å °	0.0246 Å °	0.0134 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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