PDB-5ayy: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN QUINOLINATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ayy

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN QUINOLINATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH THE REACTANT QUINOLINATE

要素

Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

quinolinate catabolic process / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) activity / Nicotinate metabolism / NAD+ metabolic process / NAD+ biosynthetic process / catalytic complex / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.09 Å

データ登録者

Youn, H.S. / Kim, T.G. / Kim, M.K. / Kang, G.B. / Kang, J.Y. / Seo, Y.J. / Lee, J.G. / An, J.Y. / Park, K.R. / Lee, Y. ...

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into the Quaternary Catalytic Mechanism of Hexameric Human Quinolinate Phosphoribosyltransferase, a Key Enzyme in de novo NAD Biosynthesis
著者: Youn, H.S. / Kim, T.G. / Kim, M.K. / Kang, G.B. / Kang, J.Y. / Lee, J.G. / An, J.Y. / Park, K.R. / Lee, Y. / Im, Y.J. / Lee, J.H. / Eom, S.H.

履歴

登録	2015年9月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2016年2月3日	ID: 4R3X
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月29日	Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_oper_list Item: _audit_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ayy.cif.gz	467.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ayy.ent.gz	386.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ayy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ayy_validation.pdf.gz	526.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ayy_full_validation.pdf.gz	547.2 KB	表示
XML形式データ	5ayy_validation.xml.gz	85.5 KB	表示
CIF形式データ	5ayy_validation.cif.gz	114.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/5ayy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/5ayy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ayxC 5ayzC 3lar PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4i9a-1 5ayz-2 2jbm-1 2b7n-1 1x1o-1 2b7p-1 4kww-d 4kwv-d 5hup-2 2jbm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

B: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

C: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

D: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

E: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

F: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

G: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

H: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

I: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

ヘテロ分子

289 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

C: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

D: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

G: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

H: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

I: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
193 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

E: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

F: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

ヘテロ分子

B: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

E: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

F: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
193 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.245, 174.245, 211.684
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 289 / Label seq-ID: 1 - 289

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating] / Quinolinate phosphoribosyltransferase [decarboxylating] 分子量: 31916.645 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HEL-S-90n, QPRT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: V9HWJ5, UniProt: Q15274*PLUS, nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating)
#2: 化合物	ChemComp-NTM / QUINOLINIC ACID / キノリン酸分子量: 167.119 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅NO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.91 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 8% PEG8000, 0.1M MEGNESIUM ACETATE, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 273.0K PH範囲: 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月16日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.09→50 Å / Num. obs: 67428 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 3.09→3.17 Å / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	6.5.0	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LAR

3lar
PDB 未公開エントリ

解像度: 3.09→45.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 16.792 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.388 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	3421	5.1 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.229	60586	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.09→45.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18972	0	108	37	19117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	19420
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	18940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.747	1.974	26452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.459	3	43471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.575	5	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.861	24.177	711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.041	15	2943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.636	15	99
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	3087
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	22326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	4189
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	15963	0.09
1	2	B	15963	0.09
2	1	A	16806	0.06
2	2	C	16806	0.06
3	1	A	16763	0.06
3	2	D	16763	0.06
4	1	A	16822	0.05
4	2	E	16822	0.05
5	1	A	16705	0.06
5	2	F	16705	0.06
6	1	A	16695	0.06
6	2	G	16695	0.06
7	1	A	16645	0.06
7	2	H	16645	0.06
8	1	A	16811	0.06
8	2	I	16811	0.06
9	1	B	16015	0.09
9	2	C	16015	0.09
10	1	B	16011	0.09
10	2	D	16011	0.09
11	1	B	16007	0.09
11	2	E	16007	0.09
12	1	B	16013	0.09
12	2	F	16013	0.09
13	1	B	16057	0.09
13	2	G	16057	0.09
14	1	B	15945	0.09
14	2	H	15945	0.09
15	1	B	16018	0.09
15	2	I	16018	0.09
16	1	C	16737	0.05
16	2	D	16737	0.05
17	1	C	16849	0.05
17	2	E	16849	0.05
18	1	C	16828	0.05
18	2	F	16828	0.05
19	1	C	16826	0.05
19	2	G	16826	0.05
20	1	C	16786	0.05
20	2	H	16786	0.05
21	1	C	16962	0.04
21	2	I	16962	0.04
22	1	D	16743	0.06
22	2	E	16743	0.06
23	1	D	16775	0.06
23	2	F	16775	0.06
24	1	D	16882	0.05
24	2	G	16882	0.05
25	1	D	16764	0.06
25	2	H	16764	0.06
26	1	D	16821	0.05
26	2	I	16821	0.05
27	1	E	16857	0.05
27	2	F	16857	0.05
28	1	E	16951	0.04
28	2	G	16951	0.04
29	1	E	16717	0.06
29	2	H	16717	0.06
30	1	E	16993	0.04
30	2	I	16993	0.04
31	1	F	16919	0.06
31	2	G	16919	0.06
32	1	F	16812	0.06
32	2	H	16812	0.06
33	1	F	16895	0.05
33	2	I	16895	0.05
34	1	G	16872	0.05
34	2	H	16872	0.05
35	1	G	16954	0.04
35	2	I	16954	0.04
36	1	H	16826	0.05
36	2	I	16826	0.05

LS精密化シェル

解像度: 3.09→3.17 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	232	-
R_work	0.292	4556	-
obs	-	-	96.18 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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