PDB-5ayl: Crystal structure of ERdj5 form II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ayl

タイトル

Crystal structure of ERdj5 form II

要素

DnaJ homolog subfamily C member 10

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PDI FAMILY / THIOREDOXIN / ENDOPLASMIC RETICULUM

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体 / endoplasmic reticulum chaperone complex / disulfide oxidoreductase activity / protein folding in endoplasmic reticulum / misfolded protein binding / positive regulation of ATP-dependent activity / IRE1-mediated unfolded protein response / ATPase activator activity / protein-disulfide reductase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Watanabe, S. / Maegawa, K. / Inaba, K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Highly dynamic nature of ERdj5 is essential for enhancement of the ER associated degradation
著者: Maegawa, K. / Watanabe, S. / Okumura, M. / Noi, K. / Inoue, M. / Ushioda, R. / Ogura, T. / Nagata, K. / Inaba, K.

履歴

登録	2015年8月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ayl.cif.gz	312.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ayl.ent.gz	249.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ayl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ayl_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ayl_full_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示
XML形式データ	5ayl_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	5ayl_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/5ayl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/5ayl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5aykC 3apoS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3cue-2 1u6b-d 1zzn-d 6bmu-d 5a30-d 6bmw-d 5a2z-d 3cue-4 6bmx-d 3bo3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (3) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (4)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (4)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (3)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (3)

登録構造単位

A: DnaJ homolog subfamily C member 10

ヘテロ分子

89.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.981, 75.564, 79.237
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DnaJ homolog subfamily C member 10 / Endoplasmic reticulum DNA J domain-containing protein 5 / ERdj5 / Endoplasmic reticulum DnaJ-PDI ...Endoplasmic reticulum DNA J domain-containing protein 5 / ERdj5 / Endoplasmic reticulum DnaJ-PDI fusion protein 1 / J domain-containing protein disulfide isomerase-like protein / JPDI 分子量: 89317.570 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-793 変異: C148S, C151S, G389V, C409S, C470S, C473S, C578S, C581S, C690S, C693S 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dnajc10, Erdj5, Jpdi / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami 参照: UniProt: Q9DC23, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体
#2: 化合物	ChemComp-1PS / 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / 1-(3-SULFOPROPYL) PYRIDINIUM / PPS 分子量: 201.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁NO₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.04 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG8000, cystin / PH範囲: 7.5 or 8.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 68376 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.2 % / R_sym value: 0.126 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / R_merge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 82.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3APO

3apo

解像度: 2.4→39.085 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.34 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2302	3294	4.94 %
R_work	0.1896	-	-
obs	0.1916	66683	98.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.085 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5856	0	13	200	6069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6063
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.744	8233
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.525	2157
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	882
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1065

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4343	0.3673	82	0.2999	2245	X-RAY DIFFRACTION	82
2.4343-2.4707	0.3696	114	0.2707	2379	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4707-2.5093	0.3403	106	0.2677	2540	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5093-2.5504	0.3202	145	0.2459	2576	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5504-2.5944	0.267	149	0.2317	2622	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5944-2.6415	0.3215	153	0.241	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6415-2.6923	0.3093	122	0.2429	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6923-2.7473	0.286	136	0.2342	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7473-2.807	0.2971	111	0.2371	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.807-2.8722	0.3211	167	0.2341	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8722-2.9441	0.3004	149	0.2165	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9441-3.0236	0.2735	171	0.2102	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0236-3.1126	0.251	140	0.2084	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1126-3.213	0.2346	136	0.1951	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.213-3.3278	0.2554	151	0.1926	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3278-3.4609	0.2343	134	0.1783	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4609-3.6183	0.2153	116	0.1737	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6183-3.8089	0.2059	141	0.171	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8089-4.0474	0.1964	136	0.1618	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0474-4.3595	0.1686	144	0.1444	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3595-4.7975	0.1655	144	0.1423	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7975-5.4901	0.184	138	0.1641	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4901-6.9107	0.2862	154	0.1982	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9107-39.0905	0.1428	155	0.1632	2652	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9948	0.0071	-0.3728	0.6781	0.4966	0.2891	0.1346	0.5859	-0.0529	-0.0378	0.0872	-0.009	-0.4837	-0.2399	0.0123	0.258	0.0606	-0.0546	0.369	0.0986	0.226	10.5535	11.7316	25.0496
2	1.665	-0.7409	0.0259	1.4204	-0.2019	1.8002	-0.0606	0.117	-0.0975	-0.048	-0.0387	0.3188	0.0966	-0.0839	-0.001	0.174	-0.0014	-0.041	0.1584	0.0053	0.2335	8.4907	-6.5801	42.5166
3	0.7661	-0.3332	0.1145	1.409	0.2274	1.3352	0.0822	-0.1081	0.0237	0.0144	-0.0131	0.1459	-0.0557	-0.1699	-0	0.1977	0.0182	0.0058	0.2429	0.0559	0.2592	7.911	-5.9232	77.4203
4	1.1215	0.1255	-0.0899	1.7816	-0.7085	1.6541	-0.012	-0.1453	-0.0738	-0.0415	-0.0332	-0.0824	-0.0593	0.2528	0.0001	0.1518	-0.0076	-0.0084	0.2307	0.0255	0.1566	27.9285	9.6223	58.9873
5	0.3754	-0.0693	-0.3585	0.9119	-0.1982	0.7939	-0.0725	0.0075	-0.0487	-0.1859	0.0347	-0.2247	0.0296	-0.004	-0	0.2522	0.0111	0.0233	0.1695	-0.0036	0.2078	37.9892	9.5477	37.5491
6	1.5752	0.0766	0.6725	2.3215	0.2453	2.5957	-0.073	0.1285	0.0757	-0.1147	0.1166	-0.1242	-0.2387	0.2092	0.0013	0.3059	-0.0448	0.0322	0.2406	-0.0187	0.2553	44.5637	6.132	10.9226
7	2.5105	1.1435	-1.9445	1.7076	0.141	1.9243	0.0287	0.2199	-0.155	0.05	0.0352	-0.0714	-0.2095	0.0121	0.0015	0.2231	-0.066	0.0555	0.268	-0.0625	0.2177	65.4194	-18.6775	4.381

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 33 through 116 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 117 through 233)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 234 through 347)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 348 through 453)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 454 through 555)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 556 through 668)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 669 through 783)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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