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- PDB-5awv: Crystal structure of glycopeptide hexose oxidase DBV29 complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5awv
タイトルCrystal structure of glycopeptide hexose oxidase DBV29 complexed with teicoplanin
要素
  • Putative hexose oxidase
  • TEICOPLANIN
キーワードOXIDOREDUCTASE/ANTIBIOTIC / Oxidoreductase-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / glycosyltransferase activity / FAD binding / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
: / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type ...: / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
teicoplanin / CITRIC ACID / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / alpha-D-mannopyranose / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranuronic acid / 8-METHYLNONANOIC ACID / Putative hexose oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Nonomuraea sp. ATCC 39727 (バクテリア)
ACTINOPLANES TEICHOMYCETICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Liu, Y.C. / Li, T.L.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology96-2628-B-001-026-MY3 台湾
Ministry of Science and Technology98-2311-B-001-014-MY3 台湾
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2011
タイトル: Interception of teicoplanin oxidation intermediates yields new antimicrobial scaffolds.
著者: Liu, Y.C. / Li, Y.S. / Lyu, S.Y. / Hsu, L.J. / Chen, Y.H. / Huang, Y.T. / Chan, H.C. / Huang, C.J. / Chen, G.H. / Chou, C.C. / Tsai, M.D. / Li, T.L.
履歴
登録2015年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2015年8月19日ID: 4K3T
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative hexose oxidase
B: Putative hexose oxidase
C: Putative hexose oxidase
D: Putative hexose oxidase
I: TEICOPLANIN
J: TEICOPLANIN
K: TEICOPLANIN
L: TEICOPLANIN
M: TEICOPLANIN
N: TEICOPLANIN
O: TEICOPLANIN
P: TEICOPLANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,39849
ポリマ－237,89212
非ポリマー9,50637
水25,2211400
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.791, 150.778, 124.853
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 12分子 ABCDIJKLMNOP

#1: タンパク質
Putative hexose oxidase


分子量: 57059.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nonomuraea sp. ATCC 39727 (バクテリア)
遺伝子: dbv29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WZ62
#2: タンパク質・ペプチド
TEICOPLANIN


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 1206.984 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) ACTINOPLANES TEICHOMYCETICUS (バクテリア)
参照: teicoplanin

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糖 , 3種, 22分子

#6: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / 参照: teicoplanin
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / 参照: teicoplanin
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖
ChemComp-N1L / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranuronic acid / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucuronic acid / 2-amino-2-deoxy-D-glucuronic acid / 2-amino-2-deoxy-glucuronic acid


タイプ: D-saccharide, beta linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 193.155 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H11NO6 / 参照: teicoplanin
識別子タイププログラム
b-D-GlcpANIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 1415分子

#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物
ChemComp-T55 / 8-METHYLNONANOIC ACID / 8-メチルノナン酸


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 172.265 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2 / 参照: teicoplanin
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 17% PEG 3350, 0.2M diammonium hydrogen citrate, pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→29.51 Å / Num. obs: 163843 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.97
反射 シェル解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WDW

2wdw


解像度: 1.93→29.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.696 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20464 8214 5 %RANDOM
Rwork0.15594 ---
obs0.15842 155630 97.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.621 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.12 Å20 Å2-1.06 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---2.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.93→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16104 0 615 1400 18119
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0217285
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0215494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1622.04123721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2523.01535671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.76151988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.72623.26724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.113152380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.99415124
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.22502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02119295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023940
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8392.8367994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8222.8337986
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9564.239964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9564.239964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2453.679291
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2453.679292
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.4075.36613758
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.13527.95421503
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.13527.95621504
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.935→1.985 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 606 -
Rwork0.229 11036 -
obs--94.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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