PDB-2e67: Crystal structure of the hypothetical protein TTHB029 from Thermu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2.0E+67

タイトル

Crystal structure of the hypothetical protein TTHB029 from Thermus thermophilus HB8

要素

Hypothetical protein TTHB029

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Imagawa, T. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the YdjC-family protein TTHB029 from Thermus thermophilus HB8: structural relationship with peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase.
著者: Imagawa, T. / Iino, H. / Kanagawa, M. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Tsuge, H.

履歴

登録	2006年12月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月4日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e67.cif.gz	309.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e67.ent.gz	257.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e67.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2e67_validation.pdf.gz	478.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2e67_full_validation.pdf.gz	522.9 KB	表示
XML形式データ	2e67_validation.xml.gz	58.9 KB	表示
CIF形式データ	2e67_validation.cif.gz	80.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/2e67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/2e67	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3cko-1 3ckv-1 3gb6-d 3pjq-d 1wgi-d 5d6o-1 117e-d 1s0j-d 4lg5-d 4hg3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ttk003001525.1

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetDB: ttk003001525.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical protein TTHB029

B: Hypothetical protein TTHB029

C: Hypothetical protein TTHB029

D: Hypothetical protein TTHB029

E: Hypothetical protein TTHB029

F: Hypothetical protein TTHB029

ヘテロ分子

178 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical protein TTHB029

B: Hypothetical protein TTHB029

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Hypothetical protein TTHB029

E: Hypothetical protein TTHB029

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.3 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Hypothetical protein TTHB029

F: Hypothetical protein TTHB029

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	202.006, 202.006, 345.294
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-316- HOH

#1: タンパク質	Hypothetical protein TTHB029 分子量: 29634.873 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q53WD3
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.2 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20mM Na Acetate buffer, 300mM Mg Formate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL26B2	1	0.9
シンクロトロン	SPring-8	BL26B2	2	0.900, 0.97919, 0.97949

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU JUPITER 210	1	CCD	2004年11月5日
RIGAKU JUPITER 210	2	CCD	2004年11月5日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9	1
2	0.97919	1
3	0.97949	1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 56883 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.07

反射シェル

解像度: 2.9→3 Å / R_merge(I) obs: 0.354 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU B: 12.425 / SU ML: 0.235 / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.926 / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25934	3026	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21904	-	-	-
obs	0.22109	56883	100 %	-
all	-	59909	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.772 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	0.12 Å²	0 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12540	0	6	132	12678

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	12936
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.863	1.992	17688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.631	5	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.462	22.3	600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.04	15	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.872	15	126
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.253	0.2	6401
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.332	0.2	8641
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	455
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.058	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.239	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.192	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.903	1.5	8045
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.591	2	12738
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.404	3	5464
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.273	4.5	4950
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.433	228	-
R_work	0.392	4100	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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