PDB-2qf7: Crystal structure of a complete multifunctional pyruvate carboxyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qf7

タイトル

Crystal structure of a complete multifunctional pyruvate carboxylase from Rhizobium etli

要素

Pyruvate carboxylase protein

キーワード

LIGASE / MULTI-DOMAIN / MULTI-FUNCTIONAL / BIOTIN-DEPENDENT

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / pyruvate metabolic process / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium etli (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

St Maurice, M. / Surinya, K.H. / Rayment, I.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Domain architecture of pyruvate carboxylase, a biotin-dependent multifunctional enzyme
著者: St Maurice, M. / Reinhardt, L. / Surinya, K.H. / Attwood, P.V. / Wallace, J.C. / Cleland, W.W. / Rayment, I.

履歴

登録	2007年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2012年2月15日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 600

HETEROGEN The distance between atoms PG and S1G in ligand AGS is 1.95 angstroms.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qf7.cif.gz	461.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qf7.ent.gz	358.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qf7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2qf7_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qf7_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	2qf7_validation.xml.gz	103 KB	表示
CIF形式データ	2qf7_validation.cif.gz	141 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/2qf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/2qf7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ho8-d 3tw6-1 5vyw-d 5vz0-d 3hbl-d 4pjo-d 4qsk-1 5vyz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (7) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (6) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (7)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (6)
#192 - 2015年12月
バンコマイシン (Vancomycin)
類似性 (3)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (3)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate carboxylase protein

B: Pyruvate carboxylase protein

ヘテロ分子

258 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyruvate carboxylase protein

B: Pyruvate carboxylase protein

ヘテロ分子

A: Pyruvate carboxylase protein

B: Pyruvate carboxylase protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
515 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	234.729, 93.258, 137.222
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.330, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1548- HOH

詳細

The biological unit is a tetramer. The following symmetry operation is required to build the tetramer from the dimer in the asymmetric unit: rotation matrix: -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 translation vector: 234.72900 0.00000 0.00000 The equivalent Eulerean rotation is Phi = 0.00000, Theta = 180.00000, Psi = 0.00000

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Pyruvate carboxylase protein 分子量: 127562.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 株: CFN 42 / 遺伝子: pyc / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q2K340, pyruvate carboxylase

-
非ポリマー , 8種, 1336分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#6: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S 分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#7: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.84	56.7
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
298	1	蒸発脱水法	5.6	7.5 mg/mL PC, 2.5 mM ATP-gamma-S, 1 mM ethyl CoA, 280 mM sodium formate, 70 mM sodium acetate, 60 mM calcium chloride, 5.9% PEG 8K, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 298K
298	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	5.6	400 mM sodium formate, 80 mM sodium acetate, 80 mM calcium chloride, 14 mM 3-(N,N-Dimethyltetradecylammonio)propanesulfonate, 9% PEG 8K, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97907 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. all: 184567 / Num. obs: 184296 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 25.8 Å² / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / R_sym value: 0.321 / % possible all: 86

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	29.223	0.693	0.003	0.453	1.359
2	Se	6.207	0.867	0.267	0.131	0.681
3	Se	40.988	0.712	0.371	0.405	1.396
4	Se	26.672	0.243	0.014	0.447	1.045
5	Se	20.768	0.684	0.444	0.468	1.233
6	Se	19.277	0.177	0.391	0.316	0.879
7	Se	36.691	0.969	0.023	0.444	1.183
8	Se	40.403	0.177	0.464	0.456	1.174
9	Se	37.856	0.187	0.182	0.45	1.342
10	Se	32.871	0.587	0.431	0.227	1.176
11	Se	43.908	0.589	0.386	0.252	1.252
12	Se	7.718	0.864	0.267	0.141	0.712
13	Se	22.572	0.156	0.362	0.391	0.901
14	Se	39.214	0.145	0.124	0.456	1.1
15	Se	48.721	0.669	0.01	0.435	0.755
16	Se	35.081	0.111	0.032	0.289	1.059
17	Se	40.355	0.615	0.023	0.226	1.316
18	Se	54.035	0.598	0.384	0.219	1.614
19	Se	35.597	0.127	0.439	0.196	0.857
20	Se	45.035	0.852	0.031	0.18	1.134
21	Se	48.075	0.071	0.481	0.213	1.279
22	Se	60	0.185	0.486	0.222	1.646
23	Se	60	0.321	0.363	0.051	1.463
24	Se	32.789	0.694	0.384	0.375	0.726
25	Se	44.468	0.664	0.483	0.333	1.287
26	Se	45.257	0.088	0.283	0.24	0.894
27	Se	60	0.432	0.47	0.036	1.255
28	Se	59.514	0.65	0.025	0.45	1.101
29	Se	35.265	0.187	0.476	0.259	0.754
30	Se	41.817	0.182	0.086	0.488	0.815
31	Se	35.766	0.654	0.373	0.457	0.707
32	Se	51.476	0.63	0.438	0.498	0.848
33	Se	60	0.785	0.392	0.031	0.992
34	Se	42.033	0.751	0.313	0.207	0.663
35	Se	30.511	0.101	0.3	0.187	0.493
36	Se	44.486	0.565	0.386	0.253	0.677
37	Se	23.406	0.628	0.373	0.301	0.389
38	Se	39.614	0.119	0.205	0.213	0.523
39	Se	37.786	0.293	0.02	0.137	0.408
40	Se	36.524	0.165	0.032	0.378	0.461
41	Se	8.031	0.673	0.01	0.365	0.251
42	Se	60	0.961	0.46	0.258	1.032
43	Se	32.958	0.216	0.119	0.067	0.289
44	Se	60	0.176	0.34	0.168	0.477
45	Se	60	0.021	0.111	0.266	0.637
46	Se	60	0.999	0.042	0.3	0.918
47	Se	25.958	0.151	0.348	0.281	0.269
48	Se	37.031	0.397	0.306	0.113	0.243
49	Se	60	0.389	0.266	0.109	0.378
50	Se	1	0.712	0.018	0.462	0.075
51	Se	60	0.244	0.179	0.21	0.871

Phasing dm

FOM : 0.68 / FOM acentric: 0.68 / FOM centric: 0.66 / 反射: 75150 / Reflection acentric: 72619 / Reflection centric: 2531

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.5-42.217	0.94	0.94	0.86	3547	3204	343
4.7-7.5	0.88	0.88	0.76	10989	10403	586
3.8-4.7	0.86	0.87	0.74	13546	13063	483
3.3-3.8	0.76	0.76	0.65	13339	12942	397
2.8-3.3	0.56	0.56	0.47	21803	21297	506
2.6-2.8	0.38	0.38	0.33	11926	11710	216

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE	2.1	位相決定
RESOLVE	2.1	位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→131.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 6.093 / SU ML: 0.095 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	9277	5 %	RANDOM
R_work	0.178	-	-	-
obs	0.18	184296	96.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.599 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.99 Å²	0 Å²	-0.86 Å²
2-	-	-0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.18 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.322 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→131.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15782	0	118	1318	17218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	16682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.623	1.972	22780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.761	5	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.466	24.008	716
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.836	15	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.306	15	118
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	12791
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	8016
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	11549
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.198	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.201	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.177	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.893	1.5	10947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.351	2	17093
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.205	3	6545
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.187	4.5	5638

LS精密化シェル

解像度: 2→2.054 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	591	-
R_work	0.195	11771	-
obs	-	12362	88.57 %

精密化 TLS

詳細: PH?A@?=?e ?jM=O>^)><,?v??\>3>< ?>P>+>16?#y> / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9903	-0.1261	0.0333	0.7843	0.1185	0.5357	0.0056	-0.0895	0.2653	0.0283	-0.0635	0.1524	-0.1968	-0.098	0.0579	-0.0787	-0.011	-0.0043	-0.0342	-0.0356	-0.0882	126.4151	100.9653	51.7892
2	3.5796	-0.4204	0.4089	2.1995	-0.5802	3.4096	-0.0368	-0.0271	0.0431	0.0163	0.0105	0.0823	-0.1005	-0.2534	0.0263	-0.1225	-0.0184	0.0332	0.0512	0.0004	-0.1779	132.914	92.5712	9.365
3	0.7616	0.0569	0.1748	0.8265	-0.104	1.1608	-0.0377	0.0758	0.1576	-0.0454	-0.0175	0.0045	-0.1374	-0.04	0.0553	-0.1507	-0.0135	-0.0107	-0.2069	0.0268	-0.1198	160.007	104.2973	-14.0319
4	13.8432	1.6868	0.4671	4.7487	0.597	5.5976	-0.241	0.0202	0.2958	-0.1269	0.1758	0.0907	-0.2534	-0.0192	0.0653	0.1525	-0.0193	0.0268	0.196	-0.0183	0.1227	107.8754	108.2044	22.0584
5	1.6618	-0.2547	0.048	0.7891	-0.2957	1.1472	0.0301	0.0725	-0.3023	-0.0708	-0.0736	-0.0325	0.2622	0.1524	0.0434	-0.0973	0.0082	0.019	-0.0366	0.0355	-0.1093	149.6885	75.6672	42.9189
6	3.7916	0.5856	1.3146	4.3094	-0.3405	2.0009	0.1279	-0.0891	-0.2409	0.0859	-0.0788	-0.3869	0.1596	0.3082	-0.0491	-0.0471	-0.0171	-0.0767	0.0304	0.0314	0.0803	110.1847	69.5796	38.6018
7	0.528	0.0576	0.4423	1.1856	0.1393	1.0585	0.0761	-0.1036	-0.116	0.1684	0.0159	0.0106	0.0488	-0.0569	-0.092	-0.127	-0.0237	0.0219	-0.1391	0.0264	-0.1288	73.5835	65.4572	29.6981

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 455	12 - 466
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	471 - 489	482 - 500
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	1014 - 1073	1025 - 1084
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	525 - 1000	536 - 1011
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	1079 - 1152	1090 - 1163
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	1 - 455	12 - 466
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	471 - 489	482 - 500
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	1014 - 1068	1025 - 1079
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	525 - 1000	536 - 1011

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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