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- PDB-5anm: Crystal structure of IgE Fc in complex with a neutralizing antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5anm
タイトルCrystal structure of IgE Fc in complex with a neutralizing antibody
要素
  • (IMMUNOGLOBULIN ...) x 2
  • IG EPSILON CHAIN C REGION
キーワードIMMUNE SYSTEM / THERAPEUTIC ANTIBODY / IGG / IGE / ASTHMA
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling ...adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / type 2 immune response / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / mast cell degranulation / B cell proliferation / macrophage differentiation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / immune response / inflammatory response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Cohen, E.S. / Dobson, C.L. / Kack, H. / Wang, B. / Sims, D.A. / Lloyd, C.O. / England, E. / Rees, D.G. / Guo, H. / Karagiannis, S.N. ...Cohen, E.S. / Dobson, C.L. / Kack, H. / Wang, B. / Sims, D.A. / Lloyd, C.O. / England, E. / Rees, D.G. / Guo, H. / Karagiannis, S.N. / O'Brien, S. / Persdotter, S. / Ekdahl, H. / Butler, R. / Keyes, F. / Oakley, S. / Carlsson, M. / Briend, E. / Wilkinson, T. / Anderson, I.K. / Monk, P.D. / vonWachenfeldt, K. / Eriksson, P.O. / Gould, H.J. / Vaughan, T.J. / May, R.D.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2015
タイトル: A Novel Ige-Neutralizing Antibody for the Treatment of Severe Uncontrolled Asthma.
著者: Cohen, E.S. / Dobson, C.L. / Kack, H. / Wang, B. / Sims, D.A. / Lloyd, C.O. / England, E. / Rees, D.G. / Guo, H. / Karagiannis, S.N. / O'Brien, S. / Persdotter, S. / Ekdahl, H. / Butler, R. / ...著者: Cohen, E.S. / Dobson, C.L. / Kack, H. / Wang, B. / Sims, D.A. / Lloyd, C.O. / England, E. / Rees, D.G. / Guo, H. / Karagiannis, S.N. / O'Brien, S. / Persdotter, S. / Ekdahl, H. / Butler, R. / Keyes, F. / Oakley, S. / Carlsson, M. / Briend, E. / Wilkinson, T. / Anderson, I.K. / Monk, P.D. / Von Wachenfeldt, K. / Eriksson, P.F. / Gould, H.J. / Vaughan, T.J. / May, R.D.
履歴
登録2015年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMMUNOGLOBULIN G
B: IMMUNOGLOBULIN G
C: IMMUNOGLOBULIN G
D: IMMUNOGLOBULIN G
E: IG EPSILON CHAIN C REGION
F: IG EPSILON CHAIN C REGION
G: IG EPSILON CHAIN C REGION
H: IMMUNOGLOBULIN G
L: IMMUNOGLOBULIN G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,13112
ポリマ－225,0749
非ポリマー3,0573
水3,423190
1
A: IMMUNOGLOBULIN G
B: IMMUNOGLOBULIN G
G: IG EPSILON CHAIN C REGION
ヘテロ分子

A: IMMUNOGLOBULIN G
B: IMMUNOGLOBULIN G
G: IG EPSILON CHAIN C REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,1958
ポリマ－150,0506
非ポリマー2,1462
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
手法PQS
2
C: IMMUNOGLOBULIN G
D: IMMUNOGLOBULIN G
E: IG EPSILON CHAIN C REGION
F: IG EPSILON CHAIN C REGION
H: IMMUNOGLOBULIN G
L: IMMUNOGLOBULIN G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,0338
ポリマ－150,0506
非ポリマー1,9842
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)140.957, 140.957, 244.448
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

-
抗体 , 2種, 6分子 ACLBDH

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN G


分子量: 22930.264 Da / 分子数: 3 / 断片: FAB, LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHINESE HAMSTER OVARY-EBNA
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN G


分子量: 24752.887 Da / 分子数: 3 / 断片: FAB, HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHINESE HAMSTER OVARY-EBNA
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 193分子 EFG

#3: タンパク質 IG EPSILON CHAIN C REGION / IMMUNOGLOBULIN E


分子量: 27341.619 Da / 分子数: 3 / 断片: FC DOMAIN, CE3-CE4, RESIDUES 211-428 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-EBNA / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01854
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 3種, 3分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpb1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THIS IS A UNIQUE FAB RAISED AGAINST IGE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM MGCL2, 100 MM SODIUM CITRATE PH 5.0 AND 15% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→109.11 Å / Num. obs: 66338 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1AQK, 1FP5

1aqk

1fp5


解像度: 2.85→31.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 30.044 / SU ML: 0.281 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.133 / ESU R Free: 0.366 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25993 3355 5.1 %RANDOM
Rwork0.19553 ---
obs0.1988 62860 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.613 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→31.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14393 0 205 190 14788
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0214988
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0181.97220459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.96451865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10523.574568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.743152314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.441581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.22360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02111159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1713.2557526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7244.8659369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4843.4197459
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.923 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 227 -
Rwork0.275 4564 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5525-0.1138-0.14142.2729-0.7251.42740.0776-0.0966-0.19420.05120.01730.21650.198-0.1143-0.0950.1885-0.10880.04770.2236-0.04360.1052-38.954128.470261.1058
21.57410.33280.15232.52080.02171.59870.1433-0.09970.21830.0361-0.103-0.2023-0.33080.1288-0.04030.2155-0.0860.00510.2374-0.01860.0837-78.578699.009440.5424
32.2860.720.6531.8351-0.844.33280.4682-0.35410.11980.294-0.21940.7227-0.6307-0.5595-0.24880.4145-0.20640.32490.5802-0.47730.7247-112.9354112.269683.7606
40.9963-0.6602-0.1571.50070.02392.09410.1071-0.0914-0.09410.04980.0445-0.0196-0.36190.1449-0.15160.2189-0.11770.06840.1972-0.00290.0644-21.727558.504372.3046
51.00970.27240.21673.39880.17923.45890.402-0.49270.16650.3362-0.257-0.3244-0.3780.877-0.14510.2408-0.34070.04690.9769-0.13510.2375-78.9835103.392275.7987
61.9120.3049-0.48961.86610.76513.80120.1388-0.5320.02980.2543-0.16530.1310.51280.08520.02650.2042-0.14680.05820.4329-0.03010.0299-97.952984.070267.396
72.11440.793-0.03563.8318-0.30331.9030.0061-0.1224-0.3047-0.0485-0.0320.7086-0.0497-0.35540.0260.0140.00140.00010.328-0.02040.2603-68.499348.325950.7023
82.29610.3292-0.05823.705-0.92071.03540.02710.30450.3075-0.276-0.2825-0.14090.03320.18350.25530.13830.0638-0.00190.38120.10770.1106-50.581174.932941.5971
93.4689-0.4803-0.82455.7904-0.77151.6474-0.0809-0.4591-0.78830.01420.20.90540.15450.6389-0.1190.2525-0.13760.22940.5138-0.13060.5496-111.650690.3077112.461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 113
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 121
3X-RAY DIFFRACTION2C1 - 113
4X-RAY DIFFRACTION2D1 - 121
5X-RAY DIFFRACTION3L1 - 113
6X-RAY DIFFRACTION3H1 - 121
7X-RAY DIFFRACTION4G1 - 999
8X-RAY DIFFRACTION5E1 - 999
9X-RAY DIFFRACTION6F1 - 999
10X-RAY DIFFRACTION7A114 - 999
11X-RAY DIFFRACTION7B122 - 999
12X-RAY DIFFRACTION8C114 - 999
13X-RAY DIFFRACTION8D122 - 999
14X-RAY DIFFRACTION9L114 - 999
15X-RAY DIFFRACTION9H122 - 999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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