[日本語] English
万見
- PDB-5ak7: Structure of wt Porphyromonas gingivalis peptidylarginine deiminase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ak7
タイトルStructure of wt Porphyromonas gingivalis peptidylarginine deiminase
要素PEPTIDYLARGININE DEIMINASE
キーワードHYDROLASE / PPAD
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミジンに作用 / agmatine deiminase activity / putrescine biosynthetic process / protein-arginine deiminase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-arginine deiminase, Porphyromonas-type / Porphyromonas-type peptidyl-arginine deiminase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / ARGININE / Peptidylarginine deiminase
類似検索 - 構成要素
生物種PORPHYROMONAS GINGIVALIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Kopec, J. / Montgomery, A. / Shrestha, L. / Kiyani, W. / Nowak, R. / Burgess-Brown, N. / Venables, P.J. / Yue, W.W.
引用ジャーナル: Ann.Rheum.Dis. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Porphyromonas Gingivalis Peptidylarginine Deiminase: Implications for Autoimmunity in Rheumatoid Arthritis.
著者: Montgomery, A.B. / Kopec, J. / Shrestha, L. / Thezenas, M.L. / Burgess-Brown, N.A. / Fischer, R. / Yue, W.W. / Venables, P.J.
履歴
登録2015年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22015年8月19日Group: Structure summary
改定 1.32016年5月25日Group: Database references
改定 1.42019年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PEPTIDYLARGININE DEIMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,28121
ポリマ－48,9391
非ポリマー1,34220
水8,665481
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.860, 84.660, 55.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PEPTIDYLARGININE DEIMINASE / PPAD


分子量: 48938.707 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 49-484 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PORPHYROMONAS GINGIVALIS (バクテリア)
プラスミド: PNIC28-BSA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA
参照: UniProt: Q9RQJ2, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミジンに作用

-
非ポリマー , 5種, 501分子

#2: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#3: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.34 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 22% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS PH 5.5, 0.1M LITHIUM SULFATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→65.08 Å / Num. obs: 79913 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.46→1.5 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.46→65.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 2.203 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15402 3920 4.9 %RANDOM
Rwork0.12822 ---
obs0.12952 75992 97.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.083 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å2-0 Å20.04 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→65.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3289 0 85 481 3855
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0193484
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023191
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.271.9434715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8937349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9515433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.51124.94166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.45115535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5311513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02815
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0471.6841699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0471.6841698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.412.5312125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1381.91785
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.95836675
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.3545143
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.63456937
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.498 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 307 -
Rwork0.219 5415 -
obs--94.85 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る