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- PDB-5ahi: Crystal structure of salmonalla enterica HisA mutant D7N with ProFAR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ahi
タイトルCrystal structure of salmonalla enterica HisA mutant D7N with ProFAR
要素1-(5-PHOSPHORIBOSYL)-5-[(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO) METHYLIDENE AMINO] IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE ISOMERASE
キーワードISOMERASE / HISA / HISTIDINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HisA, bacterial-type / HisA/PriA, bacterial-type / Histidine biosynthesis, HisA-like / Histidine biosynthesis protein / Histidine biosynthesis protein / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GUO / PHOSPHATE ION / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種SALMONELLA ENTERICA (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Soderholm, A. / Guo, X. / Newton, M.S. / Evans, G.B. / Nasvall, J. / Patrick, W.M. / Selmer, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and Mechanism of Hisa from Salmonella Enterica
著者: Soderholm, A. / Guo, X. / Newton, M.S. / Evans, G.B. / Nasvall, J. / Patrick, W.M. / Selmer, M.
履歴
登録2015年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-(5-PHOSPHORIBOSYL)-5-[(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO) METHYLIDENE AMINO] IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9315
ポリマ－27,1311
非ポリマー8004
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.593, 85.593, 121.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2083-

HOH

21A-2091-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 1-(5-PHOSPHORIBOSYL)-5-[(5-PHOSPHORIBOSYLAMINO) METHYLIDENE AMINO] IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE ISOMERASE / PHOSPHORIBOSYLFORMIMINO-5-AMINOIMIDAZOLE CARBOXAMIDE RIBOTIDE ISOMERASE / HISA


分子量: 27130.943 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SALMONELLA ENTERICA (サルモネラ菌)
プラスミド: PEXP5-CT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P10372, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase

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非ポリマー , 5種, 110分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-GUO / [(2R,3S,4R,5R)-5-[4-aminocarbonyl-5-[(E)-[[(2R,3R,4S,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(phosphonooxymethyl)oxolan-2-yl]amino]methylideneamino]imidazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate / 1-(5-O-ホスホノ-β-D-リボフラノシル)-5-[[[(5-O-ホスホノ-β-D-リボフラノシル)アミノ]メチレ(以下略)


分子量: 577.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H25N5O15P2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細GUO: PARTLY OBSERVED LIGAND PROFAR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.2M LITHIUM SULFATE, 30% W/V PEG 8K, 0.1M SODIUM ACETATE PH4.5, PH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月27日 / 詳細: PT COATED MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.94 Å / Num. obs: 17983 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2.94 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 26.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 8.01 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.94 / % possible all: 79.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: THE WILD TYPE S. ENTERICA HISA

解像度: 1.999→46.942 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.02 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 17-24, 174, 178-179 AND 245- 253 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 934 5.1 %
Rwork0.1938 --
obs0.1965 18195 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.999→46.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1733 0 25 106 1864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091812
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1372462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.792673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006316
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.999-2.10440.31691490.27512353X-RAY DIFFRACTION98
2.1044-2.23630.2961380.25062433X-RAY DIFFRACTION100
2.2363-2.40890.26961390.22122437X-RAY DIFFRACTION100
2.4089-2.65130.25711220.2262470X-RAY DIFFRACTION100
2.6513-3.03490.26521460.20342435X-RAY DIFFRACTION99
3.0349-3.82340.24251180.1692515X-RAY DIFFRACTION99
3.8234-46.95520.19961220.1632618X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1861-0.0825-0.06090.36620.2456-0.07670.1763-0.1611-0.4087-0.3537-0.00080.72670.0594-0.22430.00490.22380.0178-0.02680.2567-0.01630.30966.696931.7747-8.1434
20.00450.0321-0.07650.01720.02950.0358-0.1441-0.15030.9975-0.41330.2863-0.30980.02540.047600.57530.0173-0.08640.50470.06620.88154.64640.9688-8.0503
30.8640.76380.23011.3564-0.2530.8597-0.01730.09950.3523-0.15040.02310.2495-0.103-0.032400.2256-0.0021-0.00950.20520.00910.23535.718227.083-12.5507
40.3685-0.02580.19890.1699-0.14190.3153-0.034-0.2077-0.07160.0133-0.13880.25170.0971-0.4505-0.00020.2309-0.00770.00980.2954-0.07730.226-1.787216.6896-9.3655
50.13350.13770.1808-0.10630.15910.528-0.1566-0.0522-0.44220.06430.12090.00250.1170.0717-0.00030.2237-0.01560.05880.2022-0.01850.2455-1.538213.33170.1553
60.81910.3015-0.28090.33870.23470.1828-0.05040.34810.3190.10410.12030.4074-0.110.19510.01440.24430.0144-0.00010.223-0.00070.2467-1.509126.848914.093
70.4067-0.03190.16330.3192-0.17860.2634-0.0849-0.1248-0.1456-0.09210.07110.0820.04190.03900.20780.01710.04470.2040.01110.21344.62816.54438.6463
8-0.0076-0.00730.0407-0.0176-0.094-0.05871.02330.1250.08880.24560.20330.3992-0.5663-0.746200.72270.23140.19420.41470.04090.620311.248433.94838.9083
91.0835-0.5427-0.51050.7461-0.29430.63870.0225-0.3247-0.05840.32390.0009-0.008-0.25640.33120.0290.2974-0.0612-0.02550.2675-0.00490.185416.003424.34288.8458
100.63560.54140.46710.52480.18120.34660.1762-0.0841-0.10230.1352-0.23350.1437-0.11090.0894-0.00670.2141-0.03570.03540.17680.01620.241219.422432.0353-2.0752
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:14)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 15:29)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 30:81)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 82:99)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 100:127)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 128:151)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 152:174)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 175:184)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 185:219)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 220:244)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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